Etude des Pithoviridae à travers leur pangénome et métagénomes

• Main Author: Rigou, Sofia
• Other Authors: Aix-Marseille, Legendre, Matthieu
• Format: Thesis
• Language: French; English
• Published: 2022
• Subjects: Génomique; Virus géants; Métagénomique; Évolution; Genomics; Giant viruses; Metagenomics; Evolution; 572; Géants; Kamchatka; permafrost; pergélisol
• Online Access: http://www.theses.fr/2022AIXM0430/document

Le pergélisol est un réservoir d’organismes anciens, où des amibes survivent jusqu’à plusieurs centaines de milliers d’années. En 2014, le virus géant d’amibe Pithovirus sibericum devient le premier virus ancien réactivé. Depuis, douze Pithoviridae ont été isolés dont six par le laboratoire IGS depuis le début de cette thèse. Les Pithoviridae intriguent de par leur morphologie unique, leurs génomes complexes et leur résistance au pergélisol.En premier lieu, cette thèse décrit à travers la métagénomique, la place des virus géants au sein des microbiomes complexes du pergélisol russe. Des échantillons profonds de Yukechi, pourtant dominés par les bactéries, se sont avérés très riches en séquences proches des Pithoviridae. Parmi celles-ci se trouve Hydrivirus, dont le génome circularisé, donc complet, fait 1,6 Mégabases. Dans une deuxième partie nous proposons d’étudier l’histoire évolutive des Pithoviridae. Cela a montré que les génomes circulaires des Pithoviridae, bien que complexes, sont conservatifs. Par ailleurs, trois génomes contiennent plus de 20% de séquences répétées. Ces régions génomiques se sont avérées être constituées de deux types de séquences à répétition Inversée qui se suivent séquentiellement.Le troisième chapitre présente une analyse préliminaire d’un cycle infectieux chez l’amibe A. castellanii. L’objectif est de plonger plus précisément dans le fonctionnement de ces virus avec Cedratvirus kamchatka comme modèle. Nous constatons, dans un transcriptome largement dominé par les gènes nucléaires de l’hôte, que la quasi-totalité des gènes viraux prédits s’expriment. Permafrost is a reservoir of ancient organisms, including amoebas surviving up to several hundred thousand years. In 2014, the giant amoeba-infecting Pithovirus sibericum became the first ancient virus to be reactivated. Since then, twelve Pithoviridae have been isolated including six by the IGS laboratory since the beginning of this thesis. The Pithoviridae are intriguing because of their unique morphology, complex genomes and ...