| Summary: | Le groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC, 2014) prévoit que les écosystèmes marins feront face à de nombreuses pressions environnementales d’ici 2100, en particulier l’acidification et le réchauffement océaniques. Dans les zones côtières, les tapis microbiens jouent des rôles clefs dans la transformation de la matière organique et la dynamique des cycles biogéochimiques. Les impacts du changement climatique sur les écosystèmes marins ont été très largement étudiés au niveau mondial mais très peu au niveau local. Ils sont particulièrement méconnus en région Nouvelle-Aquitaine (France). Il est essentiel de comprendre les modifications et les dynamiques structurales et fonctionnelles des communautés microbiennes en réponse au changement climatique. Cette thèse a pour but de définir l’impact du réchauffement et de l’acidification de l’océan sur les tapis microbiens de l’île de Ré. Dans un premier temps, une étude de cette structure microbienne a été réalisée in situ, dans plusieurs types de marais salants et en fonction des saisons. Cela a permis de choisir la zone de provenance du tapis microbien et la saison de prélèvement les plus adéquates. Ensuite, les tapis microbiens choisis ont été échantillonnés et placés dans des mésocosmes en laboratoire. Une augmentation de la température et une diminution du pH de l’eau ont été simulés durant 8 semaines selon les prédictions les plus pessimistes (RCP8.5) du GIEC (2014) pour 2100. Un suivi journalier des paramètres physico-chimiques et un échantillonnage hebdomadaire du tapis microbien ont été effectués afin de suivre les dynamiques fonctionnelles et de caractériser la modification de sa diversité. L’acidification a impacté la diversité et le fonctionnement des tapis microbiens, notamment des communautés phototrophes. Il a notamment contribué à la diminution de la diversité procaryotique et à l’augmentation de certaines archées parasites d’autres archées. Le réchauffement de l’eau a plutôt affecté les communautés eucaryotes, avec une ...
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