Leit og skilgreining nýrra ensíma úr örverum er nýta má til niðurbrots fjölsykra - Kristín Fjóla Theódórsdóttir 2000- (2024)
CAZyme klasar finnast í ýmsum örverum en þeir eru skipulagðir samstýrðir genaklasar sem innihalda nauðsynlega þætti fyrir niðurbrot ákveðinna fjölsykra. Aðalmarkmið verkefnisins var að klóna, tjá og skilgreina óskilgreind ensímgen úr slíkum klösum, Ellefu óskilgreind ensímgen úr CAZyme klösum úr safnserfðamengjum örvera voru valin. Safnserfðamengin voru samsett úr sýnum úr jarðhitalaugum við strendur Íslands. Ensímgenin voru mögnuð, hreinsuð og klónuð í plasmíð. Tvö voru klónuð með og án MalE en hin eingöngu með MalE. Heildarfjöldi plasmíð gerða var því 13. Echerichia coli frumur voru ummyndaðar með plasmíðum, plasmíð einangruð úr bakteríunum, tjáning virkjuð og tjáð próteinsýni greind. Rétt tjáning greindist fyrir 10 af 13 plasmíð gerðum. Fyrir eina greindist engin tjáning og fyrir tvær greindist röng próteinstærð en það voru þær sem tjáðar voru án MalE. Ekki var lagt frekar í að ná fram réttri tjáningu að þessu sinni. Til viðbótar voru fimmtán fleiri óskilgreind ensímgen valin en þau tilheyrðu 7 CAZyme klösum úr erfðamengi Rhodothermus marinus stofns DSM 4252. Möguleg virkni klasanna var ákvörðuð út frá lífupplýsingafræðilegri greiningu. Klasi 1 var talinn hafa virkni gagnvart maltódextríni og sterkju, klasi 2 gagnvart xýlani, klasar 3 og 4 gagnvart mannani og klasar 5, 6 og 7 gagnvart pektíni. Virkniprófanir voru framkvæmdar fyrir óskilgreindu ensímin með samsvarandi hvarfefnum við ólíkar aðstæður og afurðirnar greindar með TLC. Engin virkni var greind fyrir óskilgreindu ensímin. CAZyme clusters can be found in many microorganisms but they are organized co-regulated gene clusters that contain necessary components for the breakdown of certain polysaccharides. The main aim of this project was to clone, express and characterize uncharacterized enzyme genes from such clusters. Eleven uncharacterized enzyme genes were selected from CAZyme clusters derived from microbial metagenomes. The metagenomes were assembled from samples originating from intertidal hot springs off the coast of Iceland. The enzyme genes were ...