Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum
Örtungl eða einfaldar raðir endurtekninga (SSR) eru svæði í erfðamenginu af endurteknum niturbösum þar sem að ákveðin mótíf eru endurtekin. Endurtekningarnar geta verið allt frá 5-50 sinnum og eru um 1-10 núkleótíð að lengd. SSR er að finna allsstaðar um erfðamengið í lífverum, upp í þúsundir eintak...
Main Author: | |
---|---|
Other Authors: | |
Format: | Thesis |
Language: | Icelandic |
Published: |
2022
|
Subjects: | |
Online Access: | http://hdl.handle.net/1946/41804 |
id |
ftskemman:oai:skemman.is:1946/41804 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftskemman:oai:skemman.is:1946/41804 2023-05-15T17:06:23+02:00 Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum Hugrún Ása Gylfadóttir 1999- Háskólinn á Akureyri 2022-05 application/pdf http://hdl.handle.net/1946/41804 is ice http://hdl.handle.net/1946/41804 Líftækni Genamengi Stofnerfðafræði Rjúpa Örtungl Thesis Bachelor's 2022 ftskemman 2022-12-11T06:54:36Z Örtungl eða einfaldar raðir endurtekninga (SSR) eru svæði í erfðamenginu af endurteknum niturbösum þar sem að ákveðin mótíf eru endurtekin. Endurtekningarnar geta verið allt frá 5-50 sinnum og eru um 1-10 núkleótíð að lengd. SSR er að finna allsstaðar um erfðamengið í lífverum, upp í þúsundir eintaka. Þessi svæði hafa meiri tíðni stökkbreytinga en önnur svæði í erfðamenginu sem leiðir til mikillar fjölbreytni og breytilegra merkja meðal einstaklinga í þýði. SSR henta því mjög vel til t.d. stofnerfðafræðirannsókna allt að einstaklingsgreiningu í réttarrannsóknum. Í þessari rannsókn höfum við staðsett og auðkennt öll örtungl úr hágæða erfðamengi rjúpunnar (Lagopus muta). GMATA hugbúnaðurinn staðsetti alla 168,789 stuttraðaendurtekningar. Algengi fyrir tvíkirna-endurtekningar var 53,2%, þrí-endurtekningar 11,8 %, fjór-endurtekningar 9,6 %, fimm-endurtekningar 21,4 % og sex-endurteknignar 4,0%. Algengustu endurekningamynstrin voru AT, TA, TCGTC, TG og CA. Til þess að finna fjölbreytilegar endurteknar raðir þá notuðuðum við valdar kenniraðir til að skima fyrir með in silico aðferð, í fimm nýsamsettum erfðamengjum rjúpunnar. Niðurstöður sýndu fram á það að fýsilegra sé að að framkvæma og þróa SSR greiningar með in silico aðferð, frekar en að notast við tímafrekt og dýrt ferli með PCR og raðgreiningu. Lykilorð: örtungl, SSR, erfðamengi, stofnerfðafræði, GMATA. Microsatellite or simple sequence repeat (SSR) is a tract of repetitive DNA in which certain DNA motifs are repeated. The repeats are 1-10 nucleotides in length and typically repeated 5–50 times. The SSR occur at thousands of locations within an organism's genome. They have a higher mutation rate than other areas of DNA leading to high genetic diversity and variable markers among individuals in a population. SSRs are therefore suitable in population genetic studies and identifying individuals in forensic studies. In this study we have extracted and characterized all microsatellites from a high quality genome assembly of rock ptarmigan (Lagopus muta). In total ... Thesis Lagopus muta rock ptarmigan Skemman (Iceland) Svæði ENVELOPE(-18.200,-18.200,65.933,65.933) |
institution |
Open Polar |
collection |
Skemman (Iceland) |
op_collection_id |
ftskemman |
language |
Icelandic |
topic |
Líftækni Genamengi Stofnerfðafræði Rjúpa Örtungl |
spellingShingle |
Líftækni Genamengi Stofnerfðafræði Rjúpa Örtungl Hugrún Ása Gylfadóttir 1999- Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum |
topic_facet |
Líftækni Genamengi Stofnerfðafræði Rjúpa Örtungl |
description |
Örtungl eða einfaldar raðir endurtekninga (SSR) eru svæði í erfðamenginu af endurteknum niturbösum þar sem að ákveðin mótíf eru endurtekin. Endurtekningarnar geta verið allt frá 5-50 sinnum og eru um 1-10 núkleótíð að lengd. SSR er að finna allsstaðar um erfðamengið í lífverum, upp í þúsundir eintaka. Þessi svæði hafa meiri tíðni stökkbreytinga en önnur svæði í erfðamenginu sem leiðir til mikillar fjölbreytni og breytilegra merkja meðal einstaklinga í þýði. SSR henta því mjög vel til t.d. stofnerfðafræðirannsókna allt að einstaklingsgreiningu í réttarrannsóknum. Í þessari rannsókn höfum við staðsett og auðkennt öll örtungl úr hágæða erfðamengi rjúpunnar (Lagopus muta). GMATA hugbúnaðurinn staðsetti alla 168,789 stuttraðaendurtekningar. Algengi fyrir tvíkirna-endurtekningar var 53,2%, þrí-endurtekningar 11,8 %, fjór-endurtekningar 9,6 %, fimm-endurtekningar 21,4 % og sex-endurteknignar 4,0%. Algengustu endurekningamynstrin voru AT, TA, TCGTC, TG og CA. Til þess að finna fjölbreytilegar endurteknar raðir þá notuðuðum við valdar kenniraðir til að skima fyrir með in silico aðferð, í fimm nýsamsettum erfðamengjum rjúpunnar. Niðurstöður sýndu fram á það að fýsilegra sé að að framkvæma og þróa SSR greiningar með in silico aðferð, frekar en að notast við tímafrekt og dýrt ferli með PCR og raðgreiningu. Lykilorð: örtungl, SSR, erfðamengi, stofnerfðafræði, GMATA. Microsatellite or simple sequence repeat (SSR) is a tract of repetitive DNA in which certain DNA motifs are repeated. The repeats are 1-10 nucleotides in length and typically repeated 5–50 times. The SSR occur at thousands of locations within an organism's genome. They have a higher mutation rate than other areas of DNA leading to high genetic diversity and variable markers among individuals in a population. SSRs are therefore suitable in population genetic studies and identifying individuals in forensic studies. In this study we have extracted and characterized all microsatellites from a high quality genome assembly of rock ptarmigan (Lagopus muta). In total ... |
author2 |
Háskólinn á Akureyri |
format |
Thesis |
author |
Hugrún Ása Gylfadóttir 1999- |
author_facet |
Hugrún Ása Gylfadóttir 1999- |
author_sort |
Hugrún Ása Gylfadóttir 1999- |
title |
Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum |
title_short |
Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum |
title_full |
Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum |
title_fullStr |
Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum |
title_full_unstemmed |
Greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á Íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum |
title_sort |
greining á breytilegum örtunglum í erfðamengi rjúpu á íslandi : breytileiki örtungla í rjúpum |
publishDate |
2022 |
url |
http://hdl.handle.net/1946/41804 |
long_lat |
ENVELOPE(-18.200,-18.200,65.933,65.933) |
geographic |
Svæði |
geographic_facet |
Svæði |
genre |
Lagopus muta rock ptarmigan |
genre_facet |
Lagopus muta rock ptarmigan |
op_relation |
http://hdl.handle.net/1946/41804 |
_version_ |
1766061506625011712 |