Auðkenning CYP1A1 og CYP1A2 genanna í rjúpunni (Lagopus muta) og hönnun genatjáningarprófs - Rakel Birta Guðnadóttir 1996- (2021)
CYP ensím gegna því lykilhlutverki í að afvirkja eiturefni og stuðla að samvægi í frumuefnaskiptum. Þau hafa fundist í dýrum, plöntum, sveppum, bakteríum og fornbakteríum. Hugmyndir eru uppi um að Cytochrome P450 (CYP) ensím í lifur gætu gengt því hlutverki að brjóta niður eiturefni í plöntum sem íslenska rjúpan neytir, svo hún geti nýtt fæðuna. Markmið verkefnisins var að hanna tjáningapróf fyrir CYP kandídat gen í rjúpunni. Notast var við nýtt hágæða PacBio erfðamengi, denovo umritamengi og íslensku rjúpunnar (Lagopus muta) úr átta vefjagerðum til að staðsetja og skilgreina CYP genin. Einangrað var RNA úr lifur og milta nokkurra rjúpa úr Þingeyjarsýslu sem var umbreytt í cDNA sem var tilraunaefniviður prófsins. Í verkefninu voru staðsett tvö CYP gen, CYP1A1 og CYP1A2 og skilgreind bygging þeirra í erfðamengi rjúpunnar ásamt tjáningu í vefjum rjúpunnar. Upplýsingarnar um byggingu genanna og tjáningu þeirra lögðu þannig grunninn að hönnun tjáningarprófsins. Hannaðir voru prímerar í útröðum CYP1A1 og CYP1A2, og tveimur viðmiðunargenum RPL4 og GAPDH. Að lokum voru valin prímerapör sem komu best út í PCR. CYP tjáningarprófið gerir kleift á að skoða einstaklingsbreytileika í tjáningu og mismun í svörun við eiturefnum úr plöntum sem eru til staðar í lifrinni. CYP enzymes play a key role to inactivate xenobiotics and promote homeostasis in metabolism in cells. They have been found in animals, plants, fungi, bacteria and archaea. There are ideas that the Cytochrome P450 (CYP) enzyme in the liver could play the role of degradation toxins in plants that the Icelandic ptarmigan consumes, so she can use this feed. The aim of the project was to design an expression test for CYP candidate genes in rock ptarmigan (Lagopus muta). A new high quality PacBio genome, and denovo transcriptomes generated from eight different tissues to define an dannotate the CYP genes. RNA was isolated from liver and spleen of several rock ptarmigans from Þingeyjarsýsla and transformed into cDNA, which was the experimental material of the test. ...