Samsetning erfðamengis Pseudomonas syringae stofn DG134 og skýring meinvirknigena - Andrés Tryggvi Jakobsson 1987- (2019)
Ein mest rannsakaði plöntusýkillinn er Pseudomonas syringae. Aðalmarkmið þessa verkefnis var að samraða genemengis af stofni DG134 úr stofnasafni Háskólans á Akureyri. Þá var þessu verkefni ætlað að skera úr hvort DG134 innihéldi meinvirknigen og væri þar af leiðandi plöntusýkill. Að auki átti að rannsaka stofninn með prófum til að athuga hvort þessi meinvirknigen væru tjáð. Verkefnið leiddi í ljós að 30.741 samfella var samraðað, með 113.176.459 bösum í heildarlengd og N50 upp á 8.927 basa. 343.265 táknar fundust sem voru bornir saman við Uniprot Reference Cluster þar sem fundust 84.417 samsvaranir. Þar fundust samsvaranir við meinvirknigen og DG134 er því plöntusýkill. One of the best studied plant pathogens is Pseudomonas syringae. This project was mainly aimed at assembling the entirely sequenced genome of a DG134 Isolate Pseudomonas syringae from the University of Akureyri Microbial Culture Collection. The objective of the project was to see whether a DG134 isolate has virulence genes and is therefore a potential phytopathogen. In addition, the selected isolate was further examined with an additional test to see whether these virulence genes are expressed. The study results showed that 30,741 contigs were assembled, with a total length of 113,176,459 bases and N50 of 8,927 bases. 343,265 codon sequences were found, read with 84,417 hits against the Uniprot Reference Cluster. Evidence has been found that DG134 contains a virulence gene and is thus a pathogen.