Microorganisms in vegetable production : real-time PCR detection of E. coli in cucumber and interviews with horticultural farmers

• Main Author: Olga Ýr Björgvinsdóttir 1993-
• Other Authors: Háskólinn á Akureyri
• Format: Bachelor Thesis
• Language: English
• Published: 2018
• Subjects: Líftækni; Ylrækt; Grænmetisrækt; Escherichia coli; Biotechnology; Akureyri; Háskólans á Akureyri
• Online Access: http://hdl.handle.net/1946/30749

Kröfur neytenda um fersk og óunnin matvæli hafa aukist síðustu ár, líkt og ferskt grænmeti í hentugum stærðum og umbúðum. Sú staðreynd veldur áhyggjum þar sem matvælaöryggi er ótryggt í slíkum matvælum, m.a. vegna útbreiðslu sýkla í matvælum. Því hefur orðið til meiri eftirspurn á fljótvirkari aðferðum til greininga á mannasýklum í matvælum. Margar hópsýkingar og skaðlegar menganir í grænmeti hafa verið tengdar við matvælasýkilinn E. coli O157:H7, sem getur valdið lífshættulegum sjúkdómum. Meginmarkmið rannsóknarinnar er tvenns konar. Í fyrsta lagi að fá innsýn í reynslu grænmetisbænda á sýkingum í grænmetisplöntum og fá skoðanir þeirra á greiningaraðferðum í dag, með hálf-opnum viðtölum. Í öðru lagi er framkvæmd PCR og rauntíma-PCR á stofnum, af ættkvíslum Escherichia og/eða Shigella, úr stofnasafni Auðlindardeildar Háskólans á Akureyri í ferskum gúrkum. Skimað var eftir þrem genum sýkingarþátta E. coli O157:H7: eae, rfbE og stx2. Gúrka (Cucumis sativus) var valin vegna þess að mesta hætta á mannasýklum er til staðar í óelduðum matvælum en neysla á smáum tómötum og gúrkum hefur aukist á Íslandi síðustu ár. Niðurstöður verkefnisins leiddu í ljós að sýkingarþættir E. coli O157:H7 voru ekki til staðar í stofnum rannsóknarinnar. Algengar sveppasýkingar, ásamt nýframkomnum vírusssýkingum komu fram í viðtölum, en engar bakteríusýkingar nefndar. Greiningaraðferðir sýkla virðast vera í höndum ráðunauta frá bandalögum tengdum garðyrkju eða landbúnaði. Lykilorð: Escherichia coli, gróðurhúsaræktun, grænmetisbændur, rauntíma-PCR, greiningaraðferðir. The increasing demands of fresh and ready-to-eat food poses many health concerns among transmission of foodborne pathogens. Therefore, an escalating request is for more rapid methods of detecting foodborne pathogens. Many outbreaks and common food contamination are associated with infections because of E. coli O157:H7, which can cause life-threatening conditions in humans. The main objective of the research was twofold. The first part was to gain insight to microorganism in ...