Veiruskimun í íslenskum kvíalaxi og villtum laxi til fiskræktar. ISAV, PMCV og PRV - Harpa Mjöll Gunnarsdóttir 1978- (2017)
Með auknu sjókvíaeldi við strendur Íslands, verður þörfin fyrir vitneskju um helstu sýkla sem algengir eru í laxi við Norður-Atlantshafið augljós. Markmið rannsóknarinnar sem skiptist í tvo verkhluta, var að skoða Atlantshaflax (Salmo Salar L.) af villtum uppruna og eldislax með tilliti til þriggja veira. Þær eru ISAV (infectious salmon anemia virus), PRV (piscine reovirus) og PMCV (piscine myocarditis virus). Í fyrri hlutanum, sem var varinn til diplómaprófs í lífeindafræði vorið 2016, voru bornar saman aðferðir við hreinsun á sýnum sem voru jákvæð fyrir ómeinvirka afbrigði ISAV veirunnar (ISAV-HPR0). Þetta voru 112 sýni sem safnast höfðu á árunum 2011-2015 í þjónusturannsóknum á fisksjúkdómadeild Keldna. Alls voru 79 ISAV-HPR0 sýni raðgreind og reyndust þau öll vera nákvæmlega eins. Diplómaritgerðina má nálgast í Skemmu: http://hdl.handle.net/1946/24684 Í seinni verkhlutanum, til MS prófs, var skimað eftir veirunum þremur í 774 sýnum alls sem skiptust í þrjá hópa, þ.e. lax af villtum uppruna, hafbeitarlax og eldislax. Sýnum var safnað úr seiðum sem voru undan villtum klakfiski (úr 5 ám) og alin til sleppinga í sömu ár, tveimur hópum seiða sem alin voru til sleppinga í hafbeitarár og klaklaxi sem snéri aftur í sömu ár ári síðar. Í eldishópnum voru seiði skimuð áður en þau voru flutt í sjókvíar, síðan eftir 8-9 mánuði í sjó og að lokum við slátrun eftir 18-24 mánuði í sjó. Einn eldishópur fór á Vestfirði (Patreksfjörð) og annar á Austfirði (Berufjörð). Sýni voru tekin úr hjarta og nýra úr hverjum fiski og sett í RLT-buffer (RNeasy Mini kit, Quiagen). RNA var einangrað og sett í RT-qPCR veiru greiningu. Nokkur PRV jákvæð sýni úr hverjum hópi voru valin og greind áfram í RT-PCR fyrir PRV-S1 geni veirunnar. Sýni úr öllum jákvæðum hópum voru send í raðgreiningu (Genewiz®, UK). Öll sýnin voru neikvæð fyrir ISAV og PMCV, en PRV greindist í öllum hópum nema einum. Í hópi laxa af villtum uppruna var tíðni jákvæðra sýna á bilinu 0-95%, en í hópum hafbeitar og eldisuppruna var tíðnin frá 95-100%. Dreifing Ct gilda í ...