Разработка микросателлитных маркеров лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе полногеномного de novo секвенирования

• Main Author: Бондар, Евгения Ивановна
• Other Authors: Орешкова, Наталья Викторовна, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Базовая кафедра защиты и современных технологии мониторинга лесов
• Format: Master Thesis
• Language: Russian
• Published: Сибирский федеральный университет 2018
• Subjects: ХВОЙНЫЕ; МИКРОСАТЕЛЛИТЫ; МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ; СЕКВЕНИРОВАНИЕ; ПОПУЛЯЦИОННО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ; 34.15.23; Sibirica
• Online Access: http://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/79243

Текст работы публикуется с изъятиями. Магистерская диссертация по теме «Разработка микросателлитных маркеров лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе полногеномного de novo секвенирования» состоит из введения, 6 глав, вывододв, библиографического списка и приложений. Работа изложена на 63 страницах текстового документа, содержит 5 рисунков, 9 таблиц, 6 формул, 2 приложения, 77 использованных источников литературы. Цель исследования — разработка полиморфных ядерных микросателлитных (SSR) маркеров для лиственницы сибирской и их апробация. Задачи: 1. поиск тандемно повторяющихся последовательностей с заданными параметрами и дизайн праймеров для отобранных повторов; 2. проверка праймеров на однократную встречаемость в геноме; 3. отбор полиморфных маркеров и оценка уровня аллельного разнообразия; 4. тестирование отобранных маркеров на популяциях трех видов лиственницы. В работе был разработан набор из 14 SSR-локусов, подходящих для проведения популяционно-генетических исследований Larix sibirica Ledeb., L. gmelinii (Rupr.) Rupr. и L. cajanderi Mayr. Проведен первичный популяционно-генетический анализ выборок из популяций трех видов лиственницы, определены значения основных параметров генетического разнообразия, получены оценки подразделенности и степени дифференциации, показана эффективность разработанных маркеров.