Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования
Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала. Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое чис...
Published in: | Генетика |
---|---|
Main Authors: | , , , , , , , , , , |
Other Authors: | , |
Format: | Article in Journal/Newspaper |
Language: | unknown |
Published: |
2016
|
Subjects: | |
Online Access: | http://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964 https://doi.org/10.7868/S0016675816120031 |
id |
ftsiberianfuniv:oai:elib.sfu-kras.ru:2311/32964 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftsiberianfuniv:oai:elib.sfu-kras.ru:2311/32964 2023-05-15T18:19:41+02:00 Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования Белоконь, М. М. Политов, Д. В. Мудрик, Е. А. Полякова, Т. А. Шатохина, А. В. Белоконь, Ю. С. Орешкова, Н. В. Путинцева, Ю. А. Шаров, В. В. Кузмин, Д. А. Крутовский, К. В. Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Базовая кафедра защиты и современных технологии мониторинга лесов 2016-12 http://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964 https://doi.org/10.7868/S0016675816120031 unknown http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/11177 Генетика Белоконь, М. М. Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования [Текст] / М. М. Белоконь, Д. В. Политов, Е. А. Мудрик, Т. А. Полякова, А. В. Шатохина, Ю. С. Белоконь, Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева, В. В. Шаров, Д. А. Кузмин, К. В. Крутовский // Генетика. — 2016. — Т. 52 (№ 12). — С. 1-10 http://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964 doi:10.7868/S0016675816120031 геном микросателлитные маркеры полногеномное секвенирование сосна кедро- вая сибирская генетическое разнообразие гетерозиготность 34.23 Journal Article Journal Article Postprint 2016 ftsiberianfuniv https://doi.org/10.7868/S0016675816120031 2019-12-31T15:46:50Z Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала. Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое число молекулярно-генетических маркеров, особое место среди которых занимают высокополиморфные кодоминантные микросателлитные локусы. Разработка микросателлитных маркеров традиционными методами изоляции из геномных библиотек весьма трудоемка. В настоящей работе использованы данные полногеномного анализа сосны кедровой сибирской на основе высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения. Этот подход позволил идентифицировать в геномной сборке P. sibirica большое число контигов, содержащих простые моно-, ди-, три-, тетра- и пентануклеотидные тандемные повторы и предположительно представляющие микросателлитные локусы. На их основе были разработаны 70 пар видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами. По результатам тестирования этих праймеров были отобраны 18 наиболее перспективных средне- и высокополиморфных локусов, которые можно использовать в дальнейшем как генетические маркеры в популяционно-генетических исследованиях сибирской кедровой сосны. Праймеры, разработанные на основе контигов, содержащих большее число повторов (не менее 10), дали более высокий процент локусов с неспецифической амплификацией и “нуль-аллелями”, но и больший выход полиморфных локусов. Article in Journal/Newspaper Sibirica Siberian Federal University: Archiv Elektronnych SFU Генетика 52 12 1418 1427 |
institution |
Open Polar |
collection |
Siberian Federal University: Archiv Elektronnych SFU |
op_collection_id |
ftsiberianfuniv |
language |
unknown |
topic |
геном микросателлитные маркеры полногеномное секвенирование сосна кедро- вая сибирская генетическое разнообразие гетерозиготность 34.23 |
spellingShingle |
геном микросателлитные маркеры полногеномное секвенирование сосна кедро- вая сибирская генетическое разнообразие гетерозиготность 34.23 Белоконь, М. М. Политов, Д. В. Мудрик, Е. А. Полякова, Т. А. Шатохина, А. В. Белоконь, Ю. С. Орешкова, Н. В. Путинцева, Ю. А. Шаров, В. В. Кузмин, Д. А. Крутовский, К. В. Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования |
topic_facet |
геном микросателлитные маркеры полногеномное секвенирование сосна кедро- вая сибирская генетическое разнообразие гетерозиготность 34.23 |
description |
Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала. Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое число молекулярно-генетических маркеров, особое место среди которых занимают высокополиморфные кодоминантные микросателлитные локусы. Разработка микросателлитных маркеров традиционными методами изоляции из геномных библиотек весьма трудоемка. В настоящей работе использованы данные полногеномного анализа сосны кедровой сибирской на основе высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения. Этот подход позволил идентифицировать в геномной сборке P. sibirica большое число контигов, содержащих простые моно-, ди-, три-, тетра- и пентануклеотидные тандемные повторы и предположительно представляющие микросателлитные локусы. На их основе были разработаны 70 пар видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами. По результатам тестирования этих праймеров были отобраны 18 наиболее перспективных средне- и высокополиморфных локусов, которые можно использовать в дальнейшем как генетические маркеры в популяционно-генетических исследованиях сибирской кедровой сосны. Праймеры, разработанные на основе контигов, содержащих большее число повторов (не менее 10), дали более высокий процент локусов с неспецифической амплификацией и “нуль-аллелями”, но и больший выход полиморфных локусов. |
author2 |
Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Базовая кафедра защиты и современных технологии мониторинга лесов |
format |
Article in Journal/Newspaper |
author |
Белоконь, М. М. Политов, Д. В. Мудрик, Е. А. Полякова, Т. А. Шатохина, А. В. Белоконь, Ю. С. Орешкова, Н. В. Путинцева, Ю. А. Шаров, В. В. Кузмин, Д. А. Крутовский, К. В. |
author_facet |
Белоконь, М. М. Политов, Д. В. Мудрик, Е. А. Полякова, Т. А. Шатохина, А. В. Белоконь, Ю. С. Орешкова, Н. В. Путинцева, Ю. А. Шаров, В. В. Кузмин, Д. А. Крутовский, К. В. |
author_sort |
Белоконь, М. М. |
title |
Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования |
title_short |
Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования |
title_full |
Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования |
title_fullStr |
Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования |
title_full_unstemmed |
Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования |
title_sort |
разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (pinus sibirica du tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования |
publishDate |
2016 |
url |
http://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964 https://doi.org/10.7868/S0016675816120031 |
genre |
Sibirica |
genre_facet |
Sibirica |
op_relation |
http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/11177 Генетика Белоконь, М. М. Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования [Текст] / М. М. Белоконь, Д. В. Политов, Е. А. Мудрик, Т. А. Полякова, А. В. Шатохина, Ю. С. Белоконь, Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева, В. В. Шаров, Д. А. Кузмин, К. В. Крутовский // Генетика. — 2016. — Т. 52 (№ 12). — С. 1-10 http://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964 doi:10.7868/S0016675816120031 |
op_doi |
https://doi.org/10.7868/S0016675816120031 |
container_title |
Генетика |
container_volume |
52 |
container_issue |
12 |
container_start_page |
1418 |
op_container_end_page |
1427 |
_version_ |
1766196876734889984 |