Organizacija ponovljenih sekvenci DNA u genomima tri vrste školjkaša

• Main Author: Šatović, Eva
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: English
• Published: 2013
• Subjects: Biochemistry and Molecular Biology; Genetics; Evolution and Phylogenetics; General Biology; sami; Mite
• Online Access: http://fulir.irb.hr/7396/; http://fulir.irb.hr/7396/1/Eva%20Satovic%20DOKTORAT.pdf

Značajan dio eukariotskog genetičkog materijala čine uzastopno i raspršeno ponovljene sekvence DNA. Među njima, satelitne DNA predstavljaju dominantnu skupinu uzastopno ponovljenih sekvenci koje svojim rasporedom definiraju arhitekturu kromosoma, dok transponirajući elementi svojim širenjem imaju ključnu ulogu u genomskoj evoluciji. Školjkaši predstavljaju veliku skupinu beskralješnjaka izuzetnog ekološkog značaja i gospodarskog potencijala, međutim istraživanja ovih vrsta na razini gena i genoma uglavnom su zapostavljena. Kako bi se omogućio potpuniji uvid u strukturu i organizaciju genoma vrsta ove skupine s obzirom na ponovljene sekvence DNA te kako bi upotpunili naše spoznaje o samoj prirodi tih sljedova, u ovom sam radu istražila 3 vrste školjkaša od ekološke i komercijalne važnosti: Donax trunculus, Ruditapes decussatus i Ruditapes philippinarum. U tu svrhu konstruirane su genomske biblioteke dotičnih vrsta koje su u potrazi za različitim tipovima ponovljenih sekvenci pretražene hibridizacijskim metodama, uz korištenje ukupnih genomskih DNA kao hibridizacijskih sondi. Kod sve tri vrste školjkaša izdvojen je niz različitih uzastopno i raspršeno ponovljenih sljedova, a gledajući relativnu zastupljenost raspršeno ponovljenih elemenata uočena je blaga dominacija transpozona u odnosu na retrotranspozone. U vrsti Donax trunculus opisan je minijaturni transponirajući element s obrnutim ponavljanjima (MITE), nazvan DTC84, koji dijeli modularnu organizaciju, a donekle i nukleotidnu sličnost s elementima pearl iz kamenice Crassostrea virginica. Ovi elementi sadrže kratki niz centralnih ponavljanja, a kod DTC84 je po prvi put opažen uređeni raspored njihovih varijanti. Palindromske sekvence prisutne unutar ~160 pb dugih jedinica centralnih ponavljanja predstavljaju motive koji bi mogli biti odgovorni za njihove insercijske i/ili delecijske rearanžmane, a sami nizovi centralnih ponavljanja mogu predstavljati ishodišta satelitnih DNA. U prilog ovakvoj pretpostavci govori činjenica da nekoliko porodica satelitnih DNA ...