Étude des microbiotes endogènes et exogènes de patients atteints de maladie respiratoire chronique

• Main Author: VANDENBORGHT, Louise-Eva
• Other Authors: Delhaes, Laurence, Ferreira, Stéphanie, Bouchara, Jean-Philippe, Millon, Laurence, Botterel-Chartier, Françoise
• Format: Other/Unknown Material
• Language: French
• Published: 2019
• Subjects: Microbiote; Mycobiote; Séquençage haut-Débit; Asthme; Air intérieur; Mucoviscidose; Microbiota; Mycobiota; Deep-Sequencing; Asthma; Indoor air; Cystic fibrosis; Découverte; Pôle Nord
• Online Access: http://www.theses.fr/2019BORD0410/abes; https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03112231

Du pôle nord au fin fond des océans jusque dans l’atmosphère, des microorganismes, qui nous ont précédé pour certain il y a des milliards d’années, ont été identifiés. L’avènement des technologies de séquençage haut débit (NGS) a facilité la découverte et l’étude de ces communautés microbiennes issues de divers milieux, dont le corps humain. Ainsi, le corps humain apparait composé de dix fois plus de microorganismes que de ses propres cellules. Le microbiote intestinal, de biomasse importante, est l’un des plus étudiés. En revanche, les études portant sur le microbiote pulmonaire n’en sont qu’à leurs prémisses, en particuliers dans le cadre de maladies respiratoires chroniques (MRC). Alors que les poumons étaient jusque très récemment considérés comme stériles, ils s’avèrent être composés d’une communauté poly-microbienne constituée de bactéries, de virus, de phages et de micromycètes. Dans le cas des MRC, comme l'asthme et la mucoviscidose étudiés dans ce travail, la composition du microbiote pulmonaire déterminée par NGS semble corrélée à l’évolution clinique des patients.Dans la mucoviscidose (maladie génétique la plus fréquente dans la population caucasienne) comme dans l’asthme (une pathologie multifactorielle attribuée à des facteurs environnementaux associés à une prédisposition génétique qui connait une prévalence en constante augmentation), les modifications en abondance et diversité (ou dysbiose) des communautés bactériennes (microbiote endogène) sont bien documentées. Cependant, l’étude du mycobiote endogène (des communautés de micromycètes au niveau pulmonaire) reste beaucoup moins réalisée. En effet, cette étude du mycobiote présente des défis méthodologiques inhérents à sa très faible biomasse, mais aussi à la structure même de la paroi des champignons.De plus, peu d’informations existent sur les relations entre ce microbiote pulmonaire endogène et celui de l’environnement immédiat des patients (microbiote exogène ou exposome), alors que cet exposome microbien en particulier fongique représente un ...