The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae)
International audience The pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Teleostei, Salmonidae) is a North Pacific species. It arrived in Northern Europe through freshwater migration each odd year since 2017, creating management issues. In this study, we sequenced a complete mitochondrial genome for a pink sa...
Main Authors: | , , , |
---|---|
Other Authors: | , , , , , , , , , , , , , |
Format: | Article in Journal/Newspaper |
Language: | English |
Published: |
HAL CCSD
2024
|
Subjects: | |
Online Access: | https://hal.inrae.fr/hal-04493472 https://hal.inrae.fr/hal-04493472/document https://hal.inrae.fr/hal-04493472/file/Denys%201221%20early%20view.pdf https://doi.org/10.26028/CYBIUM/2024-005 |
id |
ftofficefbiodive:oai:HAL:hal-04493472v1 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftofficefbiodive:oai:HAL:hal-04493472v1 2024-06-16T07:42:30+00:00 The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) Denys, Gaël P.J. Josset, Quentin Verde Ferreira, Amélie Dettai, Agnes Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Université de Caen Normandie (UNICAEN) Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA) Patrimoine naturel (PatriNat) Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction surveillance, évaluation,données (OFB - DSUED) Office français de la biodiversité (OFB)-Office français de la biodiversité (OFB) Service conservation et gestion durable des espèces exploitées (OFB SEEX) Direction de la recherche et de l’appui scientifique (OFB - DRAS) Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME) Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ) Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE) Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA) 2024 https://hal.inrae.fr/hal-04493472 https://hal.inrae.fr/hal-04493472/document https://hal.inrae.fr/hal-04493472/file/Denys%201221%20early%20view.pdf https://doi.org/10.26028/CYBIUM/2024-005 en eng HAL CCSD Paris : Muséum national d'histoire naturelle info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.26028/CYBIUM/2024-005 hal-04493472 https://hal.inrae.fr/hal-04493472 https://hal.inrae.fr/hal-04493472/document https://hal.inrae.fr/hal-04493472/file/Denys%201221%20early%20view.pdf doi:10.26028/CYBIUM/2024-005 info:eu-repo/semantics/OpenAccess ISSN: 0399-0974 EISSN: 2101-0315 Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie https://hal.inrae.fr/hal-04493472 Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2024, pp.1-10. ⟨10.26028/CYBIUM/2024-005⟩ Long PCR Metabarcoding Mitogenome Pink salmon Sample multiplexing [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics info:eu-repo/semantics/article Journal articles 2024 ftofficefbiodive https://doi.org/10.26028/CYBIUM/2024-005 2024-05-22T23:31:09Z International audience The pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Teleostei, Salmonidae) is a North Pacific species. It arrived in Northern Europe through freshwater migration each odd year since 2017, creating management issues. In this study, we sequenced a complete mitochondrial genome for a pink salmon caught in the Bresle River (France) with a museum voucher. The sequence is 16,695 bp in length and is similar to previous mitogenomes published within this genus. Length heteroplasmy on the control region for this species was detected, as described in previous molecular studies. We tested several primers commonly used for metabarcoding studies on four markers (12S, 16S, COI and Cytb), and all allow the discrimination of this species. This mitogenome is a reference for molecular identification, for instance in like environmental DNA studies. Article in Journal/Newspaper Oncorhynchus gorbuscha Pink salmon Portail HAL OFB (Office français de la biodiversité) Pacific |
institution |
Open Polar |
collection |
Portail HAL OFB (Office français de la biodiversité) |
op_collection_id |
ftofficefbiodive |
language |
English |
topic |
Long PCR Metabarcoding Mitogenome Pink salmon Sample multiplexing [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics |
spellingShingle |
Long PCR Metabarcoding Mitogenome Pink salmon Sample multiplexing [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics Denys, Gaël P.J. Josset, Quentin Verde Ferreira, Amélie Dettai, Agnes The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) |
topic_facet |
Long PCR Metabarcoding Mitogenome Pink salmon Sample multiplexing [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics |
description |
International audience The pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Teleostei, Salmonidae) is a North Pacific species. It arrived in Northern Europe through freshwater migration each odd year since 2017, creating management issues. In this study, we sequenced a complete mitochondrial genome for a pink salmon caught in the Bresle River (France) with a museum voucher. The sequence is 16,695 bp in length and is similar to previous mitogenomes published within this genus. Length heteroplasmy on the control region for this species was detected, as described in previous molecular studies. We tested several primers commonly used for metabarcoding studies on four markers (12S, 16S, COI and Cytb), and all allow the discrimination of this species. This mitogenome is a reference for molecular identification, for instance in like environmental DNA studies. |
author2 |
Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Université de Caen Normandie (UNICAEN) Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA) Patrimoine naturel (PatriNat) Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction surveillance, évaluation,données (OFB - DSUED) Office français de la biodiversité (OFB)-Office français de la biodiversité (OFB) Service conservation et gestion durable des espèces exploitées (OFB SEEX) Direction de la recherche et de l’appui scientifique (OFB - DRAS) Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME) Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ) Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE) Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA) |
format |
Article in Journal/Newspaper |
author |
Denys, Gaël P.J. Josset, Quentin Verde Ferreira, Amélie Dettai, Agnes |
author_facet |
Denys, Gaël P.J. Josset, Quentin Verde Ferreira, Amélie Dettai, Agnes |
author_sort |
Denys, Gaël P.J. |
title |
The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) |
title_short |
The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) |
title_full |
The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) |
title_fullStr |
The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) |
title_full_unstemmed |
The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) |
title_sort |
complete mitochondrial genome of a new invader fish in france, the pink salmon oncorhynchus gorbuscha (walbaum, 1792) (teleostei, salmonidae) |
publisher |
HAL CCSD |
publishDate |
2024 |
url |
https://hal.inrae.fr/hal-04493472 https://hal.inrae.fr/hal-04493472/document https://hal.inrae.fr/hal-04493472/file/Denys%201221%20early%20view.pdf https://doi.org/10.26028/CYBIUM/2024-005 |
geographic |
Pacific |
geographic_facet |
Pacific |
genre |
Oncorhynchus gorbuscha Pink salmon |
genre_facet |
Oncorhynchus gorbuscha Pink salmon |
op_source |
ISSN: 0399-0974 EISSN: 2101-0315 Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie https://hal.inrae.fr/hal-04493472 Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2024, pp.1-10. ⟨10.26028/CYBIUM/2024-005⟩ |
op_relation |
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.26028/CYBIUM/2024-005 hal-04493472 https://hal.inrae.fr/hal-04493472 https://hal.inrae.fr/hal-04493472/document https://hal.inrae.fr/hal-04493472/file/Denys%201221%20early%20view.pdf doi:10.26028/CYBIUM/2024-005 |
op_rights |
info:eu-repo/semantics/OpenAccess |
op_doi |
https://doi.org/10.26028/CYBIUM/2024-005 |
_version_ |
1802009983378784256 |