Katalitičke RNA - molekulski fosili RNA-svijeta

• Main Author: Mrnjavac, Natalia
• Other Authors: Gruić-Sovulj, Ita
• Format: Bachelor Thesis
• Language: Croatian
• Published: Sveučilište u Zagrebu. Prirodoslovno-matematički fakultet. Biološki odsjek. 2012
• Subjects: katalitičke RNA; catalytic RNAs; PRIRODNE ZNANOSTI. Biologija; NATURAL SCIENCES. Biology; Rani; sami
• Online Access: https://zir.nsk.hr/islandora/object/pmf:4363; https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387061; https://repozitorij.unizg.hr/islandora/object/pmf:4363; https://repozitorij.unizg.hr/islandora/object/pmf:4363/datastream/PDF

Katalitičke RNA se ubrajaju u skupinu bioloških katalizatora, u koju spadaju i mnogo rašireniji, efikasniji i mlađi proteinski enzimi. Okosnica molekule RNA je gusto negativno nabijena s vrlo fleksibilnim vezama, a funkcionalne skupine za katalizu su malobrojne i monotone. Ipak, RNA katalizira nekoliko centralnih staničnih reakcija koristeći najviše katalizu metalnim ionima i kiselinsko-baznu katalizu, ali i doprinos vezne energije, elektrostatsku katalizu, kovalentnu, te ponekad čak i organske kofaktore i sam supstrat kao pomoć u katalizi. Mali ribozimi (hammerhead, hairpin i HDV) cijepaju sami sebe koristeći kao nukleofil 2'-OH riboze na čijem se 3' kraju nalazi veza koja podliježe cijepanju. Veliki ribozimi (introni grupe I i II) koriste hidroksilnu skupinu riboze udaljenog ili vanjskog nukleotida kao nukleofil, a sudjeluju u procesu izrezivanja introna iz pre-RNA i ligaciji eksona. U stanici postoji i nekoliko ribonukleoproteinskih kompleksa gdje RNA ima katalitičku ulogu, među kojima je najbitniji ribosom. Činjenica da RNA može sadržavati genetički zapis i omogućavati njegov kontinuitet, s jedne strane, te katalizirati kemijske reakcije, s druge, ide u prilog hipotezi o RNA-svijetu prema kojoj je ova molekula, u počecima života na Zemlji, objedinila rani metabolizam i prijenos informacije. Catalytic RNAs are biological catalysts, a group of molecules which also comprises a much bigger number of younger and more effective catalysts – the enzymes. The RNA backbone is highly negatively charged with very flexible bonds, and the functional groups are few and monotonous. However, RNA catalyzes a few biochemical reactions that are of central importance for cells, using mostly metal ion catalysis and acid-base catalysis, as well as the contribution of binding energy, electrostatic and covalent catalysis, and even sometimes using organic cofactors and the supstrate itself as a contributing factor in catalysis. Small ribozymes (the hammerhead, hairpin and HDV) are self-cleaving; they activate the 2'-OH group of the ...