Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)

• Main Author: Vojvoda Zeljko, Tanja
• Other Authors: Plohl, Miroslav
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: Croatian
• Published: Sveučilište u Zagrebu. Prirodoslovno-matematički fakultet. Biološki odsjek. 2015
• Subjects: Crassostrea gigas; uzastopna ponavljanja; satelitna DNA; transpozon; Helitron; tandem repeats; satellite DNA; transposable elements; PRIRODNE ZNANOSTI. Biologija; NATURAL SCIENCES. Biology; Opća genetika. Opća citogenetika; General genetics. General cytogenetics; info:eu-repo/classification/udc/575(043.3); Pacific; Pacific oyster
• Online Access: https://dr.nsk.hr/islandora/object/pmf:1340; https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:414616; https://repozitorij.unizg.hr/islandora/object/pmf:1340; https://repozitorij.unizg.hr/islandora/object/pmf:1340/datastream/PDF

Uzastopno i raspršeno ponovljene sekvence sačinjavaju velik dio eukariotskih genoma, pa tako i genoma školjkaša (razred Bivalvia). Nedavno sekvencirani genom pacifičke kamenice Crassostrea gigas pokazuje visok udio ponovljenih sekvenci od 36 %. Bioinformatičkom pretragom genoma u ovom je radu izdvojeno 10 najzastupljenijih tipova uzastopno ponovljenih sekvenci. S obzirom na duljinu monomera tipičnu za satelitne DNA te mogućnost stvaranja dugačkih nizova, navedena ponavljanja su potencijalno nove satelitne DNA. Međutim, njihova je specifičnost da se gotovo bez iznimke nalaze uklopljeni u transpozone. Detaljna analiza okolnih regija koje omeđuju odabrane nizove uzastopnih ponavljanja pokazala je da sadrže strukturne osobine karakteristične za neautonomne pokretne genetičke elemente Helitron. Postojanje navedenih elemenata istraženo je eksperimentalno i u srodnoj vrsti Ostrea edulis. Utvrđena je uska veza između transpozona nadporodice Helitron i uzastopno ponovljenih sekvenci DNA te su raspravljena dva modela kojim transpozoni šire satelitne nizove. Dobiveni rezultati pokazuju kako pokretni genetički elementi i uzastopno ponovljene sekvence zajedno doprinose složenoj i dinamičnoj organizaciji eukariotskih genoma. Tandem and interspersed repetitive DNA sequences make up a large part of eukaryotic genomes, being present also in bivalve molluscs (class Bivalvia). Recently sequenced genome of Crassostrea gigas shows high abundance of repetitive sequences (36 %). In this work, using bioinformatic approach, 10 most abundant types of tandemly repeated sequences were found. Taking into account monomer lengths typical for satellite DNA and the ability of forming long arrays, these tandem repetas are potentially new satellite DNAs. On the other hand, they are quite special in being inserted into transposons. In fact, a detailed analysis of their flanking regions showed that they bear structural characteristics typical for non – autonomous mobile genetic elements of the Helitron superfamily. The presence of such elements ...