GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE

• Main Author: Tunjić Cvitanić, Monika
• Other Authors: Plohl, Miroslav, Šatović Vukšić, Eva
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: Croatian
• Published: Sveučilište u Zagrebu. Prirodoslovno-matematički fakultet. Biološki odsjek. 2024
• Subjects: školjkaši; satelitom; repeatom; centromere; heterokromatin; bivalves; satellitome; repeatome; heterochromatin; PRIRODNE ZNANOSTI. Biologija; NATURAL SCIENCES. Biology; Biokemija. Molekularna biologija. Biofizika; Biochemistry. Molecular biology. Biophysics; info:eu-repo/classification/udc/577(043.2); Crassostrea gigas
• Online Access: https://dr.nsk.hr/islandora/object/pmf:12840; https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005; https://repozitorij.unizg.hr/islandora/object/pmf:12840; https://repozitorij.unizg.hr/islandora/object/pmf:12840/datastream/PDF

Ponavljajuća DNA u mnogim organizmima čini velik, ali neistražen dio genoma. Za vrstu Crassostrea gigas bioinformatički je utvrđeno da repeatom dominantno grade satDNA i PGE, a najbrojnija satDNA je Cg170. Bioinformatički su utvrđeni satelitomi srodnih vrsta kamenica C. gigas, Crassostrea angulata, Crassostrea virginica i Ostrea edulis. U sklopu centromere C. gigas najbrojnije DNA su transpozoni i satDNA, a u heterokromatinu najbrojniji su DNA transpozoni. Više od 75 % satelitoma te vrste pokazalo je sličnost s elementima Helitron. Analizom postranih regija monomera ili nizova satDNA utvrđeno je da se samo jedna satDNA nalazi isključivo u sklopu elementa Helitron, dvjema je većina monomera/nizova monomera samostalna, a osam satDNA u podjednakim je omjerima prisutno samostalno i u sklopu elementa. Niz satDNA zajednički je svim ispitanim vrstama, a C. gigas i C. angulata dijele najveći broj zajedničkih satDNA. U C. gigas nije otkriveno tipično nakupljanje satDNA na određenim kromosomskim pozicijama, čime je u ovoj vrsti ustanovljen novi (visokoraspršeni) obrazac organizacije satDNA na razini genoma. Repetitive DNA constitutes big, but still uninvestigated genome part. For the oyster Crassostrea gigas it was bioinformatically determined that the repeatome is mainly constituted of satDNAs and mobile elements, and the most abundant satDNA is Cg170. The satellitomes of four closely related species, C. gigas, Crassostrea angulata, Crassostrea virginica and Ostrea edulis, were bioinformatically determined. The most abundant sequences in the centromere of C. gigas are DNA transposons and satDNAs, while in heterochromatin the most abundant are DNA transposons. More than 75% of satellitome of this species showed similarity to Helitrons. Analysis of conserved boxes adjacent to monomers or tandem repeats of satDNAs showed that only one satDNA exists integrated into Helitrons, two have majority of their monomers/tandem repeats as standalone organizational form, and eight satDNAs have equally present monomers/tandem repeats ...