Exploring the Role of Egg Microbiota in the Initial Colonization of Yolk-Sac Fry of Atlantic Salmon (Salmo salar)

• Main Author: Pedersen, Thea Sørvik
• Other Authors: Bakke, Ingrid
• Format: Master Thesis
• Language: English
• Published: NTNU 2023
• Subjects: Eggene; Finnes; Atlantic salmon; Salmo salar
• Online Access: https://hdl.handle.net/11250/3096520

Mikrobiell kolonisering av skinn, tarm og gjeller er kjent for å påvirke fiskens utvikling og helse. Det finnes imidlertid lite forskning som fokuserer på å forstå eggmikrobiotaens bidrag til kolonisering av yngel etter klekking. Tradisjonelt sett har vannet blitt antatt til å være hovedkilden til den første koloniseringen av fisk, spesielt innen akvakultur der eggene desinfiseres før klekking. Imidlertid så har det mulige bidraget fra eggmikrobiotaen på yngel blitt oversett. Målet med denne masteroppgaven var å forstå rollen til eggmikrobiotaen på nylig klekkede plommesekkyngel. Bakteriefrie lakseegg ble kolonisert enten med skinn-mucus fra en eldre laks, vann fra en tank med plommesekkyngel, eller forble bakteriefrie frem til klekking. På klekkedagen ble vannet i flaskene enten byttet ut med vann fra et RAS-anlegg for smoltproduksjon eller startfôring av lakse-yngel. Prøver av vann, egg og plommesekkyngel ble tatt for å undersøke de mikrobielle samfunnene i de ulike gruppene ved hjelp av Illumina-sekvensering av V3-V4-regionen av 16S rDNA-amplikon. Variasjoner i fisken og vannets mikrobiota ble observert mellom behandlingsgruppene, men \textit{Oxalobacteraceae} og \textit{Flavobacteriaceae} familiene ble funnet på tvers av alle behandlinsgruppene. Gruppene eksponert for lakseskinnmucus hadde en høyere forekomst av \textit{Comamonadaceae}, mens \textit{Pseudomonadaceae} var mer vanlig i gruppene eksponert for plommesekkyngelvann og de ubehandlede gruppene. Høy overlevelsesrate indikerte gunstige forhold, men bakteriell kontaminering ble funnet i noen av de bakteriefrie gruppene. Funnene i oppgaven synliggjør en signifikant forskjell mellom mikrobiotaen til plommesekkyngelen som ble eksponert for behandlingene sammenlignet med de uten mikrobiell behandling på egg stadiet. Videre viste plommesekkyngelen som var eksponert for lakseskinnmucus mindre følsomhet overfor mikrobielle behandlinger etter klekking, mens plommesekkyngel som var eksponert for plommesekkyngelvann var betydelig påvirket av mikrobiell ...