Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing
Ekspresjonen av stressrelaterte gen i laks (Salmo salar) er av stor interesse når det kommer til velferdsstudier hos oppdrettsfisk. Det å ha en bedre forståelse for stressrespons på et genetisk nivå, kan hjelpe til med å forbedre fiskevelferden. Mekanisk avlusning er en kjent stressfaktor for laksen...
Main Authors: | , |
---|---|
Other Authors: | |
Format: | Bachelor Thesis |
Language: | unknown |
Published: |
NTNU
2020
|
Subjects: | |
Online Access: | https://hdl.handle.net/11250/2663748 |
id |
ftntnutrondheimi:oai:ntnuopen.ntnu.no:11250/2663748 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftntnutrondheimi:oai:ntnuopen.ntnu.no:11250/2663748 2023-05-15T15:31:11+02:00 Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing Fodnes, Jan Ola Kvaal, Gina Tveten, Ann-Kristin 2020 application/pdf application/zip https://hdl.handle.net/11250/2663748 unknown NTNU https://hdl.handle.net/11250/2663748 Bachelor thesis 2020 ftntnutrondheimi 2020-07-15T22:32:54Z Ekspresjonen av stressrelaterte gen i laks (Salmo salar) er av stor interesse når det kommer til velferdsstudier hos oppdrettsfisk. Det å ha en bedre forståelse for stressrespons på et genetisk nivå, kan hjelpe til med å forbedre fiskevelferden. Mekanisk avlusning er en kjent stressfaktor for laksen. Vevsprøver ble samlet fra testgrupper før (B), under (D), og etter (AA) avlusing, og analysen av genekspresjon ble utført via RT-qPCR med seks stressrelaterte målgen (hsp70, p53, pcna, nrf2, lox5 og tnfα), som så ble normalisert mot et referansegen (ef1aα). ef1aα ble brukt som referansegen basert på dets stabile og tidligere viste pålitelighet som referansegen i laks. Det ble brukt en variansanalyse for å avdekke signifikante forskjeller i genekspresjon mellom gruppene fra RT-qPCR forsøkene. Det ble påvist statistiske signifikante forskjeller i gruppe B og D, men ikke i gruppe AA. Det er indikert at tiden det tar å samle prøvene, påvirker de statistiske trendene i resultatene, der raskere prøvetaking per individ gir mer stabile resultater. Det ble brukt betydelig lengre tid for gruppe B og D, realtivt til gruppe AA. Dette kan resultere i ulik genekspresjon mellom første og siste individ per gruppe. Videre forskning er anbefalt for å standardisere prøvetakningen. The expression of stress-related genes in Atlantic salmon (Salmo salar) is of major interest when it comes to welfare studies in farmed fish. Having a greater understanding of the stress response at a genetic level in fish can aid in improving fish welfare. Mechanical delousing is a known stressor of Atlantic salmon. Tissue samples were collected from test groups before (B), during (D), and after (AA) mechanical delousing. Gene expression analysis was performed by RT-qPCR with six stress-related genes of interest (hsp70, p53, pcna, nrf2, lox5 and tnfα), which were normalised against a reference gene (ef1aα). ef1aα was chosen because of its stability and proven reliability as a reference gene in Atlantic salmon. Analysis of variance was used to detected significant inter-group differences in relative gene expression from the RT-qPCR assays. Statistically significant variances were detected in groups B and D, but not in group AA. It is indicated that total sampling time influences the statistical trends in gene expression, where shorter sampling time per individual produces more stable results. Groups B and D had significantly larger sampling time relative to group AA. This may result in different gene expression between the first and last individual per group. Further research is recommended to standardise sampling. Bachelor Thesis Atlantic salmon Salmo salar NTNU Open Archive (Norwegian University of Science and Technology) Laksen ENVELOPE(12.319,12.319,65.351,65.351) |
institution |
Open Polar |
collection |
NTNU Open Archive (Norwegian University of Science and Technology) |
op_collection_id |
ftntnutrondheimi |
language |
unknown |
description |
Ekspresjonen av stressrelaterte gen i laks (Salmo salar) er av stor interesse når det kommer til velferdsstudier hos oppdrettsfisk. Det å ha en bedre forståelse for stressrespons på et genetisk nivå, kan hjelpe til med å forbedre fiskevelferden. Mekanisk avlusning er en kjent stressfaktor for laksen. Vevsprøver ble samlet fra testgrupper før (B), under (D), og etter (AA) avlusing, og analysen av genekspresjon ble utført via RT-qPCR med seks stressrelaterte målgen (hsp70, p53, pcna, nrf2, lox5 og tnfα), som så ble normalisert mot et referansegen (ef1aα). ef1aα ble brukt som referansegen basert på dets stabile og tidligere viste pålitelighet som referansegen i laks. Det ble brukt en variansanalyse for å avdekke signifikante forskjeller i genekspresjon mellom gruppene fra RT-qPCR forsøkene. Det ble påvist statistiske signifikante forskjeller i gruppe B og D, men ikke i gruppe AA. Det er indikert at tiden det tar å samle prøvene, påvirker de statistiske trendene i resultatene, der raskere prøvetaking per individ gir mer stabile resultater. Det ble brukt betydelig lengre tid for gruppe B og D, realtivt til gruppe AA. Dette kan resultere i ulik genekspresjon mellom første og siste individ per gruppe. Videre forskning er anbefalt for å standardisere prøvetakningen. The expression of stress-related genes in Atlantic salmon (Salmo salar) is of major interest when it comes to welfare studies in farmed fish. Having a greater understanding of the stress response at a genetic level in fish can aid in improving fish welfare. Mechanical delousing is a known stressor of Atlantic salmon. Tissue samples were collected from test groups before (B), during (D), and after (AA) mechanical delousing. Gene expression analysis was performed by RT-qPCR with six stress-related genes of interest (hsp70, p53, pcna, nrf2, lox5 and tnfα), which were normalised against a reference gene (ef1aα). ef1aα was chosen because of its stability and proven reliability as a reference gene in Atlantic salmon. Analysis of variance was used to detected significant inter-group differences in relative gene expression from the RT-qPCR assays. Statistically significant variances were detected in groups B and D, but not in group AA. It is indicated that total sampling time influences the statistical trends in gene expression, where shorter sampling time per individual produces more stable results. Groups B and D had significantly larger sampling time relative to group AA. This may result in different gene expression between the first and last individual per group. Further research is recommended to standardise sampling. |
author2 |
Tveten, Ann-Kristin |
format |
Bachelor Thesis |
author |
Fodnes, Jan Ola Kvaal, Gina |
spellingShingle |
Fodnes, Jan Ola Kvaal, Gina Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing |
author_facet |
Fodnes, Jan Ola Kvaal, Gina |
author_sort |
Fodnes, Jan Ola |
title |
Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing |
title_short |
Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing |
title_full |
Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing |
title_fullStr |
Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing |
title_full_unstemmed |
Variance in relative gene expression RT-qPCR analysis of Atlantic salmon - before, during and after delousing |
title_sort |
variance in relative gene expression rt-qpcr analysis of atlantic salmon - before, during and after delousing |
publisher |
NTNU |
publishDate |
2020 |
url |
https://hdl.handle.net/11250/2663748 |
long_lat |
ENVELOPE(12.319,12.319,65.351,65.351) |
geographic |
Laksen |
geographic_facet |
Laksen |
genre |
Atlantic salmon Salmo salar |
genre_facet |
Atlantic salmon Salmo salar |
op_relation |
https://hdl.handle.net/11250/2663748 |
_version_ |
1766361674198024192 |