Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann
Prosjektleder Trine Dale Et fellestrekk ved flere av de algene som skaper problemer i akvakultur er at den konvensjonelle metoden for deteksjon og mengdebestemmelse er mikroskop. Når det gjelder skadelige alger er mange arter små og skjøre og blir lett ødelagt ved konservering. Flere arter er vanske...
Main Authors: | , , |
---|---|
Format: | Report |
Language: | Norwegian Bokmål |
Published: |
Norsk institutt for vannforskning
2022
|
Subjects: | |
Online Access: | https://hdl.handle.net/11250/3005719 |
id |
ftnorskinstvf:oai:niva.brage.unit.no:11250/3005719 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftnorskinstvf:oai:niva.brage.unit.no:11250/3005719 2023-05-15T15:32:32+02:00 Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann Dale, Trine Anglès d'Auriac, Marc Hobæk, Anders 2022 application/pdf https://hdl.handle.net/11250/3005719 nob nob Norsk institutt for vannforskning NIVA-rapport NIVA-rapport;7757-2022 urn:isbn:978-82-577-7493-6 urn:issn:1894-7948 https://hdl.handle.net/11250/3005719 cristin:2038302 © Norsk institutt for vannforskning. Publikasjonen kan siteres fritt med kildeangivelse. 17 7757-2022 Akvakultur Aquaculture QPCR Laks Atlantic salmon Prymnesium parvum VDP::Matematikk og naturvitenskap: 400 VDP::Mathematics and natural scienses: 400 Research report 2022 ftnorskinstvf 2023-02-21T08:46:05Z Prosjektleder Trine Dale Et fellestrekk ved flere av de algene som skaper problemer i akvakultur er at den konvensjonelle metoden for deteksjon og mengdebestemmelse er mikroskop. Når det gjelder skadelige alger er mange arter små og skjøre og blir lett ødelagt ved konservering. Flere arter er vanskelige å identifisere og identifisering krever kvalifisert personell med mye praktisk erfaring. Realtime og kvantitativ real-time PCR (qPCR) metodene er blant de alternative metodene som har blitt testet i overvåkningsøyemed. Helt fra slutten av 1980 tallet har blomstringer av svepeflagellaten Prymnesium parvum vært et problem i Hylsfjorden og tilgrensende fjordsystem, hvor den periodevis har forårsaket betydelig dødelighet hos oppdrettsfisk. Med utgangspunkt i publiserte protokoller har vi tilpasset/utviklet assays for identifisering av P. parvum i vannprøver. I 2018 ble protokollen testet ut i overvåkningsprogrammet som Grieg Seafood Rogaland kjører hver sommer i Hylsfjorden. Programmet av ukentlige vannprøver fra to dyp i perioden mai til desember. Det antydes en deteksjonsgrense på 1000 celler/L ved bruk av denne protokollen. Det ble detektert forekomster av P. parvum i fire prøver med qPCR metoden. P. parum ble ikke detektert med mikroskopi i noen prøver dette året. Lav deteksjonsgrense er viktig fordi det kan avdekke en blomstring som er under oppbygging og dermed gi oppdrettere bedre tid til å iverksette tiltak. publishedVersion Report Atlantic salmon Norwegian Institute for Water research: NIVA Open Access Archive (Brage) Grieg ENVELOPE(-73.189,-73.189,-71.568,-71.568) |
institution |
Open Polar |
collection |
Norwegian Institute for Water research: NIVA Open Access Archive (Brage) |
op_collection_id |
ftnorskinstvf |
language |
Norwegian Bokmål |
topic |
Akvakultur Aquaculture QPCR Laks Atlantic salmon Prymnesium parvum VDP::Matematikk og naturvitenskap: 400 VDP::Mathematics and natural scienses: 400 |
spellingShingle |
Akvakultur Aquaculture QPCR Laks Atlantic salmon Prymnesium parvum VDP::Matematikk og naturvitenskap: 400 VDP::Mathematics and natural scienses: 400 Dale, Trine Anglès d'Auriac, Marc Hobæk, Anders Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann |
topic_facet |
Akvakultur Aquaculture QPCR Laks Atlantic salmon Prymnesium parvum VDP::Matematikk og naturvitenskap: 400 VDP::Mathematics and natural scienses: 400 |
description |
Prosjektleder Trine Dale Et fellestrekk ved flere av de algene som skaper problemer i akvakultur er at den konvensjonelle metoden for deteksjon og mengdebestemmelse er mikroskop. Når det gjelder skadelige alger er mange arter små og skjøre og blir lett ødelagt ved konservering. Flere arter er vanskelige å identifisere og identifisering krever kvalifisert personell med mye praktisk erfaring. Realtime og kvantitativ real-time PCR (qPCR) metodene er blant de alternative metodene som har blitt testet i overvåkningsøyemed. Helt fra slutten av 1980 tallet har blomstringer av svepeflagellaten Prymnesium parvum vært et problem i Hylsfjorden og tilgrensende fjordsystem, hvor den periodevis har forårsaket betydelig dødelighet hos oppdrettsfisk. Med utgangspunkt i publiserte protokoller har vi tilpasset/utviklet assays for identifisering av P. parvum i vannprøver. I 2018 ble protokollen testet ut i overvåkningsprogrammet som Grieg Seafood Rogaland kjører hver sommer i Hylsfjorden. Programmet av ukentlige vannprøver fra to dyp i perioden mai til desember. Det antydes en deteksjonsgrense på 1000 celler/L ved bruk av denne protokollen. Det ble detektert forekomster av P. parvum i fire prøver med qPCR metoden. P. parum ble ikke detektert med mikroskopi i noen prøver dette året. Lav deteksjonsgrense er viktig fordi det kan avdekke en blomstring som er under oppbygging og dermed gi oppdrettere bedre tid til å iverksette tiltak. publishedVersion |
format |
Report |
author |
Dale, Trine Anglès d'Auriac, Marc Hobæk, Anders |
author_facet |
Dale, Trine Anglès d'Auriac, Marc Hobæk, Anders |
author_sort |
Dale, Trine |
title |
Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann |
title_short |
Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann |
title_full |
Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann |
title_fullStr |
Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann |
title_full_unstemmed |
Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann |
title_sort |
tilpasning av en kvantitativ pcr metode for deteksjon av prymnesium parvum i sjøvann |
publisher |
Norsk institutt for vannforskning |
publishDate |
2022 |
url |
https://hdl.handle.net/11250/3005719 |
long_lat |
ENVELOPE(-73.189,-73.189,-71.568,-71.568) |
geographic |
Grieg |
geographic_facet |
Grieg |
genre |
Atlantic salmon |
genre_facet |
Atlantic salmon |
op_source |
17 7757-2022 |
op_relation |
NIVA-rapport NIVA-rapport;7757-2022 urn:isbn:978-82-577-7493-6 urn:issn:1894-7948 https://hdl.handle.net/11250/3005719 cristin:2038302 |
op_rights |
© Norsk institutt for vannforskning. Publikasjonen kan siteres fritt med kildeangivelse. |
_version_ |
1766363034090995712 |