Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования

• Published in: Генетика
• Main Authors: Белоконь, М. М., Политов, Д. В., Мудрик, Е. А., Полякова, Т. А., Шатохина, А. В., Белоконь, Ю. С., Орешкова, Н. В., Путинцева, Ю. А., Шаров, В. В., Кузмин, Д. А., Крутовский, К. В.
• Other Authors: Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Базовая кафедра защиты и современных технологии мониторинга лесов
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: unknown
• Published: 2016
• Subjects: геном; микросателлитные маркеры; полногеномное секвенирование; сосна кедро-; вая сибирская; генетическое разнообразие; гетерозиготность; 34.23; Sibirica
• Online Access: https://doi.org/10.7868/S0016675816120031; https://openrepository.ru/article?id=458944

Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала. Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое число молекулярно-генетических маркеров, особое место среди которых занимают высокополиморфные кодоминантные микросателлитные локусы. Разработка микросателлитных маркеров традиционными методами изоляции из геномных библиотек весьма трудоемка. В настоящей работе использованы данные полногеномного анализа сосны кедровой сибирской на основе высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения. Этот подход позволил идентифицировать в геномной сборке P. sibirica большое число контигов, содержащих простые моно-, ди-, три-, тетра- и пентануклеотидные тандемные повторы и предположительно представляющие микросателлитные локусы. На их основе были разработаны 70 пар видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами. По результатам тестирования этих праймеров были отобраны 18 наиболее перспективных средне- и высокополиморфных локусов, которые можно использовать в дальнейшем как генетические маркеры в популяционно-генетических исследованиях сибирской кедровой сосны. Праймеры, разработанные на основе контигов, содержащих большее число повторов (не менее 10), дали более высокий процент локусов с неспецифической амплификацией и “нуль-аллелями”, но и больший выход полиморфных локусов.