Treponema pallidum tprII subfamily genes internal fragments sequencing

• Published in: Vestnik dermatologii i venerologii
• Main Authors: Plakhova X.I., Chestkov A.V., Abuduev N.K., Vasiliev M.M.
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: Russian
• Published: Rossijskoe Obschestvo Dermatovenerologov i Kosmetologov 2020
• Subjects: Treponema pallidum subsp. pallidum; molecular typing; tprII genes; sequencing; молекулярное типирование; гены tprII; секвенирование; Sakha; Republic of Sakha; Саха; Республика Саха
• Online Access: https://vestnikdv.ru/jour/article/view/1204; https://doi.org/10.25208/vdv1204

Background. The modern system of molecular typing of the Russian population of T. pallidum makes it possible to obtain results with a significant dominance of the 14d/f type, which determines the need to increase the differentiating ability of the applied methods of molecular typing of T. pallidum. Aim. Identification and analysis of nucleotide sequence variability of internal gene fragments of the tprII family of Russian T. pallidum subsp. pallidum strains. Material and methods. The study of internal variable fragments of genes of the tprII family was carried out among 240 clinical isolates of T. pallidum obtained from the Central (Kaluga Region, Moscow), North Caucasian (Stavropol Territory), Far East (Republic of Sakha), Volga (Chuvash Republic), Southern (Astrakhan Region) and Siberian (Novosibirsk and Omsk Regions, Republic of Tyva) federal districts in 20142020. The sequence of internal variable fragments of genes of the tprII family was determined using capillary sequencialng technology. Results. The primers allowing both direct amplification of the internal variable region of the tprII genes subfamily and correct sequencing of their internal regions have been proposed. It was found one SNP at positions 1340 of tprG gene. The polymorphism differs the reference Nichols strain from globally distributed Street 14 genogroup variants. Conclusion. The variability of tprII subfamily genes nucleotide sequences in modern Russian strains of T. pallidum subsp. pallidum is an additional fund to increase the efficiency of the modern T. pallidum molecular typing system. Обоснование. Современная система молекулярного типирования российской популяции T. pallidum позволяет получать результаты с существенным доминированием типа 14d/f, что определяет необходимость повышения дифференцирующей способности применяемых методов молекулярного типирования T. pallidum. Цель. Идентификация с использованием технологии капиллярного секвенирования и анализ вариабельности нуклеотидных последовательностей внутренних фрагментов генов подсемейства tprII современных российских штаммов T. pallidum subsp. pallidum. Материал и методы. Исследование внутренних вариабельных фрагментов генов подсемейства tprII проведено среди 240 клинических изолятов T. pallidum, полученных из специализированных медицинских учреждений дерматовенерологического профиля Центрального (Калужская область, г. Москва), Северо-Кавказского (Ставропольский край), Дальневосточного (Республика Саха), Приволжского (Чувашская Республика), Южного (Астраханская область) и Сибирского (Новосибирская и Омская области, Республика Тыва) федеральных округов в 20142020 гг. Последовательность внутренних вариабельных фрагментов генов подсемейства tprII определена с использованием технологии капиллярного секвенирования. Результаты. Предложены олигонуклеотиды, позволяющие проводить амплификацию внутренних участков генов непосредственно из ДНК изолята и обеспечивать корректное прочтение его нуклеотидной последовательности при секвенировании. Описаны 2 варианта последовательностей внутренних вариабельных участков, отличающихся по составу, в нуклеотидной позиции 1340 гена tprG штамма Nichols T. pallidum. Заключение. Вариабельность нуклеотидных последовательностей генов подсемейства tprII современных российских штаммов T. pallidum subsp. pallidum является одним из резервов для повышения эффективности современной системы молекулярного типирования T. pallidum.