MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK

Analysis of the molecular variability of mitochondrial DNA (mtDNA) control region sequences has shown no differentiation between samples of spawning herring from various parts of the Okhotsk Sea (p > 0,05). The lack of differentiation may be attributed to a constant gene flow between schools, whi...

Full description

Bibliographic Details
Main Authors: V. V. Gorbachev, В. В. Горбачев
Other Authors: А.А.Смирнов, А.Г. Лапинский, рецензент "Вавиловского журнала генетики и селекции»
Format: Article in Journal/Newspaper
Language:Russian
Published: Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RAS 2014
Subjects:
поток генов
Clupea pallasii
the Sea of Okhotsk
mtDNA control region
population structure
gene flow
Охотское море
мтДНК
контрольный регион
популяционная структура
Okhotsk
Pacific
okhotsk sea
Online Access:https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/90
id ftjvavilov:oai:oai.vavilov.elpub.ru:article/90
record_format openpolar
institution Open Polar
collection Vavilov Journal of Genetics and Breeding
op_collection_id ftjvavilov
language Russian
topic поток генов
Clupea pallasii
the Sea of Okhotsk
mtDNA control region
population structure
gene flow
Охотское море
мтДНК
контрольный регион
популяционная структура
spellingShingle поток генов
Clupea pallasii
the Sea of Okhotsk
mtDNA control region
population structure
gene flow
Охотское море
мтДНК
контрольный регион
популяционная структура
V. V. Gorbachev
В. В. Горбачев
MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK
topic_facet поток генов
Clupea pallasii
the Sea of Okhotsk
mtDNA control region
population structure
gene flow
Охотское море
мтДНК
контрольный регион
популяционная структура
description Analysis of the molecular variability of mitochondrial DNA (mtDNA) control region sequences has shown no differentiation between samples of spawning herring from various parts of the Okhotsk Sea (p > 0,05). The lack of differentiation may be attributed to a constant gene flow between schools, while the proportion of migrants (Nm) can be calculated only indirectly. Global AMOVA for sample pairs or bulked samples shows that the intersample component comprises about 0,1–0,2 % of the total polymorphism (p > 0,1). This fact is considered to be a consequence of intense migration. The minimum portion of migrants for a locality per year varies within 3,6–9,5 %. С применением параметров молекулярной изменчивости, рассчитанных на основании сравнения последовательностей контрольного региона митохондриальной ДНК (мтДНК), не выявлено дифференциации между выборками нерестовой сельди из различных частей Охотского моря (p > 0,05). Отсутствие дифференциации может быть приписано постоянному потоку генов между стадами, причем величину потока мигрантов (Nm) возможно установить только косвенным образом. Анализ суммарной молекулярной изменчивости (global AMOVA) показал, что при объединении всех исследованных выборок или при попарном их объединении на межвыборочный компонент приходится примерно от 0,1 до 0,2 % полиморфизма при высоком уровне значимости (p > 0,1), что может быть расценено как следствие влияния интенсивных миграций. При оценке минимальной доли мигрантов установлено, что их количество составляет 3,6–,5 % за год на локальность.
author2 А.А.Смирнов, А.Г. Лапинский, рецензент "Вавиловского журнала генетики и селекции»
format Article in Journal/Newspaper
author V. V. Gorbachev
В. В. Горбачев
author_facet V. V. Gorbachev
В. В. Горбачев
author_sort V. V. Gorbachev
title MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK
title_short MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK
title_full MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK
title_fullStr MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK
title_full_unstemmed MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK
title_sort migrations as a cause of genetic homogeneity in pacific herring (clupea pallasii) from the sea of okhotsk
publisher Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RAS
publishDate 2014
url https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/90
geographic Okhotsk
Pacific
geographic_facet Okhotsk
Pacific
genre okhotsk sea
genre_facet okhotsk sea
op_source Vavilov Journal of Genetics and Breeding; Том 16, № 4/2 (2012); 914-921
Вавиловский журнал генетики и селекции; Том 16, № 4/2 (2012); 914-921
2500-3259
2500-0462
op_relation https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/90/91
Амброз А.И. Характеристика уловов сельди в заливе Де-Кастри за 1929 год // Рыбное хозяйство Дальнего Востока. 1930. № 7/8. С. 38–43.
Андреев В.Л. Результаты мечения сельди в заливе Ныйво (северо-восточный Сахалин) в 1963 году // Изв. ТИНРО. 1968. Т. 65. С. 257–258.
Аюшин Б.И. Некоторые данные о нагульной сельди северной части Охотского моря // Изв. ТИНРО. 1951. Т. 35. С. 81–86.
Горбачев В.В., Соловенчук Л.Л., Черноиванова Л.А. Внутривидовая структура тихоокеанской сельди Clupea pallasii Valenciennes, 1847 (Clupeidae: Clupeiformes) Японского и южной части Охотского морей по данным об изменчивости контрольного региона митохондриальной ДНК // Биология моря. 2011. Т. 37. № 6. С. 472–476.
Калчугин П.В., Вдовин А.Н. Некоторые аспекты внутривидовой дифференциации тихоокеанской сельди (Clupea pallasi) в водах Приморья // Изв. ТИНРО. 2000. Т. 127. С. 166–170.
Лапинский А.Г., Смирнов А.А., Горбачев В.В., Соловенчук Л.Л. Генетическая дифференциация североохото-морской группировки тихоокеанской сельди Clupea pallasi Valenciennes, 1847 (Clupeidae; Clupeiformes), по данным RAPD // Вопросы рыболовства. 2008. Т. 9. № 1 (33). С. 128–137.
Науменко Н.И. Биология и промысел морских сельдей Дальнего Востока. Петропавловск-Камчатский: Камчатский печатный двор, 2001. 330 с.
Пискунов И.А. Материалы по биологии сельди Гижигинской губы // Изв. ТИНРО. 1954. Т. 39. С. 59–72.
Правоторова Е.П. О районах нагула гижигинско-камчатского стада сельди // Рыбное хозяйство. 1963. № 12. С. 14–17.
Рыбникова И.Г. Популяционно-генетическая структура сельдей Охотского моря // Сельдевые северной части Тихого океана. Владивосток: Известия ТИНРО, 1985. С. 57–62.
Смирнов А.А., Марченко С.Л., Кащенко Е.В. Оценка популяционного статуса сельди Тауйской губы Охотского моря по результатам морфометрического анализа 2001–2002 гг. // Тез. докл. VI науч. конф. «Сохранение биоразнообразия Камчатки и прилегающих морей». Петропавловск-Камчатский: Камчатпресс, 2005. С. 253–255.
Тюрнин Б.В. Нерестовый ареал охотской сельди // Изв. ТИНРО. 1973. Т. 86. С. 12–21.
Aris-Brosou S., Excoffi er L. The impact of population expansion and mutation rate heterogeneity on DNA sequence polymorphism // Mol. Biol. Evol. 1996. V. 13. P. 494–504.
Avise J.C. Phylogeography: The History and Formation of Species. 2000. 447 p.
Bandelt H., Forster P., Rőhl A. Median-joining networks for inferring intraspecifi c phylogenies // Mol. Biol. Evol. 1999. V. 16. P. 37–48.
Excoffi er L., Laval G., Schneider S. Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis // Evolutionary Bioinformatics Online. 2005. V. 1. P. 47–50.
Fu Y. Statistical tests of neutrality of mutations against population growth, hitchhiking and backgroud selection // Genetics. 1997. V. 147. P. 915–925.
Gaggiotti O., Excoffi er L. A simple method of removing the effect of a bottleneck and unequal population sizes on pairwise genetic distances // Proc. of the Royal Soc. London. 2000. V. 267. P. 81–87.
Hay D.E., McCarter P.B., Daniel K.S. Tagging of Pacifi c herring Clupea pallasi from 1936–1992: a review with comments on homing, geographic fi delity, and straying // Can. J. Fisheries Aquat. Sci. 2001. V. 58. P. 1356–1370.
Mantel N. The detection of disease clustering and a generalized regression approach // Cancer Res. 1967. V. 27. 209–220.
Ray N., Currat M., Excoffi er L. Intra – deme molecular diversity in spatially expanding populations // Mol. Biol. Evol. 2003. V. 20 (1). P. 76–86.
Slatkin M. A measure of population subdivision based on microsatellite allele frequencies // Genetics. 1995. V. 139. P. 457–462.
Schneider S., Excoffi er L. Estimation of demographic parameters from the distribution of pairwise differences when the mutation rates vary among sites: Application to human mitochondrial
DNA // Genetics. 1999. No. 152. P. 1079–1089.
Tajima F. Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism // Genetics. 1989a. V. 122. P. 585–595.
Tajima F. The effect of change in population size on DNA polymorphism // Genetics 1989b. V. 123. P. 597–601.
Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 // Mol. Biol. Evol. 2007. V. 24. P. 1596–1599.
Weir B.S. Genetic Data Analysis II: Methods for Discrete Population Genetic Data. Sinauer Assoc., Inc., Sunderland, MA, USA. 1996. 376 p.
Weir B.S., Hill W.G. Estimating F – statistics // Ann. Rev Genet. 2002. V. 36. P. 721–750.
Wright S. The genetical structure of population // Ann. Eugen. 1951. V. 15. P. 323–354.
Whitehead P. Clupeoid fi shes of the world (Suborder Clupeoidei). An Annotated and Illustrated Catalogue of the Herrings, Sardines, Pilchards, Sprats, Shads, Anchovies and Wolf-herrings. 1985. V. 125/7(1). 303 p.
https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/90
op_rights Authors who publish their articles in this journal give their consent to the following:Authors reserve their rights and vest the journal with the authority to make the first publication of their manuscripts, which would automatically be licensed upon the expiry of 6 months after publication subject to the terms of Creative Commons Attribution License; the latter will allow anyone to disseminate the article in question, with mandatory preservation of references to the authors of the original article and to its first publication in this journal.Authors may display their articles on the Internet (for example, in the Institute’s data warehouse or on a personal website) prior to or during the process of their consideration by this journal, as it may lead to a more productive discussion and expand the number of references to the article in question (see The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие статьи в данном журнале, соглашаются на следующее:Авторы сохраняют за собой авторские права и предоставляют журналу право первой публикации работы, которая по истечении 6 месяцев после публикации автоматически лицензируется на условиях Creative Commons Attribution License , которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать свою работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access).
op_rightsnorm CC-BY
_version_ 1766160381679501312
spelling ftjvavilov:oai:oai.vavilov.elpub.ru:article/90 2023-05-15T17:52:41+02:00 MIGRATIONS AS A CAUSE OF GENETIC HOMOGENEITY IN PACIFIC HERRING (CLUPEA PALLASII) FROM THE SEA OF OKHOTSK МИГРАЦИИ КАК ПРИЧИНА ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОДНОРОДНОСТИ ТИХООКЕАНСКОЙ СЕЛЬДИ (CLUPEA PALLASII) ОХОТСКОГО МОРЯ V. V. Gorbachev В. В. Горбачев А.А.Смирнов, А.Г. Лапинский, рецензент "Вавиловского журнала генетики и селекции» 2014-12-16 application/pdf https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/90 rus rus Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RAS https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/90/91 Амброз А.И. Характеристика уловов сельди в заливе Де-Кастри за 1929 год // Рыбное хозяйство Дальнего Востока. 1930. № 7/8. С. 38–43. Андреев В.Л. Результаты мечения сельди в заливе Ныйво (северо-восточный Сахалин) в 1963 году // Изв. ТИНРО. 1968. Т. 65. С. 257–258. Аюшин Б.И. Некоторые данные о нагульной сельди северной части Охотского моря // Изв. ТИНРО. 1951. Т. 35. С. 81–86. Горбачев В.В., Соловенчук Л.Л., Черноиванова Л.А. Внутривидовая структура тихоокеанской сельди Clupea pallasii Valenciennes, 1847 (Clupeidae: Clupeiformes) Японского и южной части Охотского морей по данным об изменчивости контрольного региона митохондриальной ДНК // Биология моря. 2011. Т. 37. № 6. С. 472–476. Калчугин П.В., Вдовин А.Н. Некоторые аспекты внутривидовой дифференциации тихоокеанской сельди (Clupea pallasi) в водах Приморья // Изв. ТИНРО. 2000. Т. 127. С. 166–170. Лапинский А.Г., Смирнов А.А., Горбачев В.В., Соловенчук Л.Л. Генетическая дифференциация североохото-морской группировки тихоокеанской сельди Clupea pallasi Valenciennes, 1847 (Clupeidae; Clupeiformes), по данным RAPD // Вопросы рыболовства. 2008. Т. 9. № 1 (33). С. 128–137. Науменко Н.И. Биология и промысел морских сельдей Дальнего Востока. Петропавловск-Камчатский: Камчатский печатный двор, 2001. 330 с. Пискунов И.А. Материалы по биологии сельди Гижигинской губы // Изв. ТИНРО. 1954. Т. 39. С. 59–72. Правоторова Е.П. О районах нагула гижигинско-камчатского стада сельди // Рыбное хозяйство. 1963. № 12. С. 14–17. Рыбникова И.Г. Популяционно-генетическая структура сельдей Охотского моря // Сельдевые северной части Тихого океана. Владивосток: Известия ТИНРО, 1985. С. 57–62. Смирнов А.А., Марченко С.Л., Кащенко Е.В. Оценка популяционного статуса сельди Тауйской губы Охотского моря по результатам морфометрического анализа 2001–2002 гг. // Тез. докл. VI науч. конф. «Сохранение биоразнообразия Камчатки и прилегающих морей». Петропавловск-Камчатский: Камчатпресс, 2005. С. 253–255. Тюрнин Б.В. Нерестовый ареал охотской сельди // Изв. ТИНРО. 1973. Т. 86. С. 12–21. Aris-Brosou S., Excoffi er L. The impact of population expansion and mutation rate heterogeneity on DNA sequence polymorphism // Mol. Biol. Evol. 1996. V. 13. P. 494–504. Avise J.C. Phylogeography: The History and Formation of Species. 2000. 447 p. Bandelt H., Forster P., Rőhl A. Median-joining networks for inferring intraspecifi c phylogenies // Mol. Biol. Evol. 1999. V. 16. P. 37–48. Excoffi er L., Laval G., Schneider S. Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis // Evolutionary Bioinformatics Online. 2005. V. 1. P. 47–50. Fu Y. Statistical tests of neutrality of mutations against population growth, hitchhiking and backgroud selection // Genetics. 1997. V. 147. P. 915–925. Gaggiotti O., Excoffi er L. A simple method of removing the effect of a bottleneck and unequal population sizes on pairwise genetic distances // Proc. of the Royal Soc. London. 2000. V. 267. P. 81–87. Hay D.E., McCarter P.B., Daniel K.S. Tagging of Pacifi c herring Clupea pallasi from 1936–1992: a review with comments on homing, geographic fi delity, and straying // Can. J. Fisheries Aquat. Sci. 2001. V. 58. P. 1356–1370. Mantel N. The detection of disease clustering and a generalized regression approach // Cancer Res. 1967. V. 27. 209–220. Ray N., Currat M., Excoffi er L. Intra – deme molecular diversity in spatially expanding populations // Mol. Biol. Evol. 2003. V. 20 (1). P. 76–86. Slatkin M. A measure of population subdivision based on microsatellite allele frequencies // Genetics. 1995. V. 139. P. 457–462. Schneider S., Excoffi er L. Estimation of demographic parameters from the distribution of pairwise differences when the mutation rates vary among sites: Application to human mitochondrial DNA // Genetics. 1999. No. 152. P. 1079–1089. Tajima F. Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism // Genetics. 1989a. V. 122. P. 585–595. Tajima F. The effect of change in population size on DNA polymorphism // Genetics 1989b. V. 123. P. 597–601. Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 // Mol. Biol. Evol. 2007. V. 24. P. 1596–1599. Weir B.S. Genetic Data Analysis II: Methods for Discrete Population Genetic Data. Sinauer Assoc., Inc., Sunderland, MA, USA. 1996. 376 p. Weir B.S., Hill W.G. Estimating F – statistics // Ann. Rev Genet. 2002. V. 36. P. 721–750. Wright S. The genetical structure of population // Ann. Eugen. 1951. V. 15. P. 323–354. Whitehead P. Clupeoid fi shes of the world (Suborder Clupeoidei). An Annotated and Illustrated Catalogue of the Herrings, Sardines, Pilchards, Sprats, Shads, Anchovies and Wolf-herrings. 1985. V. 125/7(1). 303 p. https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/90 Authors who publish their articles in this journal give their consent to the following:Authors reserve their rights and vest the journal with the authority to make the first publication of their manuscripts, which would automatically be licensed upon the expiry of 6 months after publication subject to the terms of Creative Commons Attribution License; the latter will allow anyone to disseminate the article in question, with mandatory preservation of references to the authors of the original article and to its first publication in this journal.Authors may display their articles on the Internet (for example, in the Institute’s data warehouse or on a personal website) prior to or during the process of their consideration by this journal, as it may lead to a more productive discussion and expand the number of references to the article in question (see The Effect of Open Access). Авторы, публикующие статьи в данном журнале, соглашаются на следующее:Авторы сохраняют за собой авторские права и предоставляют журналу право первой публикации работы, которая по истечении 6 месяцев после публикации автоматически лицензируется на условиях Creative Commons Attribution License , которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать свою работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). CC-BY Vavilov Journal of Genetics and Breeding; Том 16, № 4/2 (2012); 914-921 Вавиловский журнал генетики и селекции; Том 16, № 4/2 (2012); 914-921 2500-3259 2500-0462 поток генов Clupea pallasii the Sea of Okhotsk mtDNA control region population structure gene flow Охотское море мтДНК контрольный регион популяционная структура info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion 2014 ftjvavilov 2022-04-29T11:27:14Z Analysis of the molecular variability of mitochondrial DNA (mtDNA) control region sequences has shown no differentiation between samples of spawning herring from various parts of the Okhotsk Sea (p > 0,05). The lack of differentiation may be attributed to a constant gene flow between schools, while the proportion of migrants (Nm) can be calculated only indirectly. Global AMOVA for sample pairs or bulked samples shows that the intersample component comprises about 0,1–0,2 % of the total polymorphism (p > 0,1). This fact is considered to be a consequence of intense migration. The minimum portion of migrants for a locality per year varies within 3,6–9,5 %. С применением параметров молекулярной изменчивости, рассчитанных на основании сравнения последовательностей контрольного региона митохондриальной ДНК (мтДНК), не выявлено дифференциации между выборками нерестовой сельди из различных частей Охотского моря (p > 0,05). Отсутствие дифференциации может быть приписано постоянному потоку генов между стадами, причем величину потока мигрантов (Nm) возможно установить только косвенным образом. Анализ суммарной молекулярной изменчивости (global AMOVA) показал, что при объединении всех исследованных выборок или при попарном их объединении на межвыборочный компонент приходится примерно от 0,1 до 0,2 % полиморфизма при высоком уровне значимости (p > 0,1), что может быть расценено как следствие влияния интенсивных миграций. При оценке минимальной доли мигрантов установлено, что их количество составляет 3,6–,5 % за год на локальность. Article in Journal/Newspaper okhotsk sea Vavilov Journal of Genetics and Breeding Okhotsk Pacific

Similar Items