The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing
The objective: to assess the stability of circulation of S genotype and S-like strains of M. tuberculosis (MTB) in the Republic of Sakha (Yakutia) over a 12-year period and perform their phylogenetic identification relative to the L4.4 Euro-American subline.Subjects and Methods. Between 2009 and 202...
| Published in: | Izvestia Ural Federal University Journal Series 1. Issues in Education, Science and Culture |
|---|---|
| Main Authors: | , , , , , , , , , , , |
| Other Authors: | , |
| Format: | Article in Journal/Newspaper |
| Language: | Russian |
| Published: |
Медицинские знания и технологии
2023
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1762 https://doi.org/10.58838/2075-1230-2023-101-5-14-19 |
| id |
ftjtibl:oai:oai.tiblj.elpub.ru:article/1762 |
|---|---|
| record_format |
openpolar |
| institution |
Open Polar |
| collection |
Tuberculosis and Lung Diseases (E-Journal) |
| op_collection_id |
ftjtibl |
| language |
Russian |
| topic |
Якутия S genotype phylogeography of the L4.4genetic line Yakutia генотип S филогеография генетической линии L4.4 |
| spellingShingle |
Якутия S genotype phylogeography of the L4.4genetic line Yakutia генотип S филогеография генетической линии L4.4 V. V. Sinkov G. I. Alekseeva S. N. Zhdanova M. K. Vinokurova E. S. Prokopiev O. B. Ogarkov В. В. Синьков Г. И. Алексеева С. Н. Жданова М. К. Винокурова Е. С. Прокопьев О. Б. Огарков The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing |
| topic_facet |
Якутия S genotype phylogeography of the L4.4genetic line Yakutia генотип S филогеография генетической линии L4.4 |
| description |
The objective: to assess the stability of circulation of S genotype and S-like strains of M. tuberculosis (MTB) in the Republic of Sakha (Yakutia) over a 12-year period and perform their phylogenetic identification relative to the L4.4 Euro-American subline.Subjects and Methods. Between 2009 and 2022, 513 MTB strains isolated from pulmonary tuberculosis patients were studied using molecular genetic methods. 92 isolates belonging to S genotype or having an S-like genetic profile were found. Whole-genome sequencing of five strains of S genotype that circulated in the territory of the Republic of Sakha (Yakutia) in 2020-2022 was carried out. A global phylogenetic analysis was performed and evolutionary relationship of the obtained genomes was determined, a RT-PCR test was developed for the rapid detection of S genotype strains.Results. In the territory of the Republic of Sakha (Yakutia), there is a stable circulation of S and S-like MTB genotypes belonging to the L4.4 Euro-American subline, the L4.4.1.1 subtype. The evolutionary model has confirmed the previously stated hypothesis that the spread of the S genotype among the indigenous population of Yakutia is associated with mass exposure to the Russian settlers which started from the beginning of the 17th century.Conclusion. Spread of MTB strains of the L4.4 Euro-American subline, L4.4.1.1 subtype, among the indigenous populations of New Zealand, Canada and Yakutia in the 17th-19th centuries is very similar. Цель исследования: оценить устойчивость циркуляции генотипа S и S-подобных штаммов M. tuberculosis (МБТ) на территории Республики Саха (Якутия) за 12-летний период и провести их филогенетическую идентификацию относительно Евро-Американской сублинии L4.4.Материалы и методы. В период с 2009 по 2022 гг. молекулярно-генетическими методами исследовано 513 штаммов МБТ от больных туберкулезом легких. Обнаружено 92 изолята, принадлежащих генотипу S или имевшему S-подобный генетический профиль. Проведено полногеномное секвенирование пяти штаммов генотипа S, ... |
| author2 |
This research was carried out within the framework of the Research Center of NORTH: TERRITORY OF SUSTAINABLE DEVELOPMENT and R&D No. 0416-2021-003 Работа выполнена в рамках НОЦ «СЕВЕР: ТЕРРИТОРИЯ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ» и НИР № 0416-2021-003. |
| format |
Article in Journal/Newspaper |
| author |
V. V. Sinkov G. I. Alekseeva S. N. Zhdanova M. K. Vinokurova E. S. Prokopiev O. B. Ogarkov В. В. Синьков Г. И. Алексеева С. Н. Жданова М. К. Винокурова Е. С. Прокопьев О. Б. Огарков |
| author_facet |
V. V. Sinkov G. I. Alekseeva S. N. Zhdanova M. K. Vinokurova E. S. Prokopiev O. B. Ogarkov В. В. Синьков Г. И. Алексеева С. Н. Жданова М. К. Винокурова Е. С. Прокопьев О. Б. Огарков |
| author_sort |
V. V. Sinkov |
| title |
The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing |
| title_short |
The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing |
| title_full |
The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing |
| title_fullStr |
The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing |
| title_full_unstemmed |
The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing |
| title_sort |
place of s genotype of mycobacterium tuberculosis which is endemic to the republic of sakha (yakutia), in the global phylogeny according to results of whole-genome sequencing |
| publisher |
Медицинские знания и технологии |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1762 https://doi.org/10.58838/2075-1230-2023-101-5-14-19 |
| geographic |
Sakha Canada New Zealand |
| geographic_facet |
Sakha Canada New Zealand |
| genre |
Republic of Sakha Yakutia Саха Якути* Якутия |
| genre_facet |
Republic of Sakha Yakutia Саха Якути* Якутия |
| op_source |
Tuberculosis and Lung Diseases; Том 101, № 5 (2023); 14-19 Туберкулез и болезни легких; Том 101, № 5 (2023); 14-19 2542-1506 2075-1230 |
| op_relation |
https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1762/1771 Евдокимова Н. Е., Винокурова М. К., Алексеева Г. И., Кравченко А. Ф., Жданова С. Н., Огарков О. Б., Савилов Е. Д. Клинико-бактериологическая характеристика туберкулеза легких с генотипом S Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутия) // Туберкулёз и болезни лёгких. – 2019. – Т. 97, № 6. – С. 54–55. Евдокимова Н. Е., Винокурова М. К., Жданова С. Н., Огарков О. Б., Кравченко А. Ф., Савилов Е. Д. Результаты лечения новых случаев туберкулеза легких в зависимости от основных генотипов Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутия) // Туберкулёз и болезни лёгких. – 2021. – Т. 99, № 1. – С. 41–47. Жданова С. Н., Алексеева Г. И., Огарков О. Б., Кравченко А. Ф., Зоркальцева Е. Ю., Винокурова М. К., Савилов Е. Д. Сравнительный анализ генотипов Mycobacterium tuberculosis в республике Саха (Якутия) и Иркутской области // Якутский медицинский журнал. – 2013. – № 1 (41). – С. 68–71. Жданова С. Н., Огарков О. Б., Алексеева Г. И., Винокурова М. К., Синьков В. В., Астафьев В. А., Савилов Е. Д., Кравченко А. Ф. Генетическое разнообразие изолятов микобактерий туберкулеза из Республики Саха (Якутия), Россия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2016. – Т. 34, № 2. – С. 43–48. Жданова С. Н., Огарков О. Б., Лац А. А., Зарбуев А. Н., Бадлеева М. В., Унтанова Л. С., Савилов Е. Д. Выявление убиквитарных и эндемичных генотипов Mycobacterium tuberculosis на территории республики Бурятия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2014. – № 2. – С. 12- Синьков В. В., Савилов Е. Д., Огарков О. Б. Реконструкция эпидемической истории «пекинского» генотипа Mycobacterium tuberculosis в России и странах бывшего СССР по результатам сполиготипирования // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2011. – № 3. – С. 25–29. Синьков В. В., Савилов Е. Д., Огарков О. Б. Эпидемиология туберкулеза в России: эпидемиологические и исторические доказательства в пользу сценария распространения "пекинского" генотипа M. tuberculosis в XX веке // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2010. – № 6 (55). – С. 23–28. Dabernat H., Thèves C., Bouakaze C., Nikolaeva D., Keyser C., Mokrousov I., Géraut A., Duchesne S., Gérard P., Alexeev A.N., Crubézy E., Ludes B. Tuberculosis epidemiology and selection in an autochthonous Siberian population from the 16th–19th century // PLoS One. – 2014. – Vol. 9, №2. – Р. e89877. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089877 David M. Hillis, James J. Bull, An Empirical Test of Bootstrapping as a Method for Assessing Confidence in Phylogenetic Analysis // Systematic Biology. – 1993. – Vol. 42, № 2. – P. 182–192. https://doi.org/10.1093/sysbio/42.2.182 Homolka S., Projahn M., Feuerriegel S., Ubben T., Diel R., Nübel U., Niemann S. High resolution discrimination of clinical Mycobacterium tuberculosis complex strains based on single nucleotide polymorphisms // PLoS One. – 2012. – Vol. 7, № 7. – P. e39855. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039855 Lew J. M., Kapopoulou A., Jones L. M., Cole S. T. TubercuList-10 years after // Tuberculosis (Edinb). – 2011. – Vol. 91, № 1. – P. 1–7. https://doi.org/10.1016/j.tube.2010.09.008 Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform // Bioinformatics. – 2009. – Vol. 25, № 14. – P. 1754–1760. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools // Bioinformatics. – 2009. – Vol. 25, № 16. – P. 2078–2079. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 Minh B. Q., Schmidt H. A., Chernomor O., Schrempf D., Woodhams M. D., Haeseler A. von, Lanfear R. IQ-TREE 2 New models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era // Molecular Biology and Evolution – 2020.– Vol. 37. – P. 1530–1534. https://doi.org/10.1093/molbev/msaa015 MIRU. URL: http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/miruinfo.faces;jsessionid=89112F274226E781C7B0B0D9118FDD70 Mulholland C. V., Shockey A. C., Aung H. L., Cursons R. T., O'Toole R. F., Gautam S. S., Brites D., Gagneux S., Roberts S. A., Karalus N., Cook G. M., Pepperell C. S., Arcus V. L. Dispersal of Mycobacterium tuberculosis Driven by Historical European Trade in the South Pacific // Front. Microbiol. – 2019. – Vol. 10. – P. 2778. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02778 Pepperell C. S., Granka J. M., Alexander D. C., Behr M. A., Chui L., Gordon J., Guthrie J. L., Jamieson F. B., Langlois-Klassen D., Long R., Nguyen D., Wobeser W., Feldman M. W. Dispersal of Mycobacterium tuberculosis via the Canadian fur trade // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2011. – Vol. 108, № 16. – P. 6526–31. https://doi.org/10.1073/pnas.1016708108 SNP BSATool https://zenodo.org/record/3352204#.Y_XkC3ZByUk Stucki D., Brites D., Jeljeli L., Coscolla M., et al. Mycobacterium tuberculosis lineage 4 comprises globally distributed and geographically restricted sublineages. Nat Genet. – 2016. – Vol. 48, № 12. – P. 1535–1543. https://doi.org/10.1038/ng.3704 https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1762 doi:10.58838/2075-1230-2023-101-5-14-19 |
| op_rights |
Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| op_doi |
https://doi.org/10.58838/2075-1230-2023-101-5-14-1910.1371/journal.pone.008987710.1093/sysbio/42.2.18210.1371/journal.pone.003985510.1016/j.tube.2010.09.00810.1093/bioinformatics/btp32410.1093/bioinformatics/btp35210.1093/molbev/msaa01510.3389/fmicb.2019. |
| container_title |
Izvestia Ural Federal University Journal Series 1. Issues in Education, Science and Culture |
| container_volume |
29 |
| container_issue |
4 |
| container_start_page |
21 |
| op_container_end_page |
29 |
| _version_ |
1788701177137856512 |
| spelling |
ftjtibl:oai:oai.tiblj.elpub.ru:article/1762 2024-01-21T10:10:00+01:00 The Place of S Genotype of Mycobacterium Tuberculosis Which is Endemic to the Republic of Sakha (Yakutia), in the Global Phylogeny according to Results of Whole-Genome Sequencing Место эндемичного для республики Саха (Якутия) генотипа S возбудителя туберкулеза в глобальной филогении по результатам полногеномного секвенирования V. V. Sinkov G. I. Alekseeva S. N. Zhdanova M. K. Vinokurova E. S. Prokopiev O. B. Ogarkov В. В. Синьков Г. И. Алексеева С. Н. Жданова М. К. Винокурова Е. С. Прокопьев О. Б. Огарков This research was carried out within the framework of the Research Center of NORTH: TERRITORY OF SUSTAINABLE DEVELOPMENT and R&D No. 0416-2021-003 Работа выполнена в рамках НОЦ «СЕВЕР: ТЕРРИТОРИЯ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ» и НИР № 0416-2021-003. 2023-12-24 application/pdf https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1762 https://doi.org/10.58838/2075-1230-2023-101-5-14-19 rus rus Медицинские знания и технологии https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1762/1771 Евдокимова Н. Е., Винокурова М. К., Алексеева Г. И., Кравченко А. Ф., Жданова С. Н., Огарков О. Б., Савилов Е. Д. Клинико-бактериологическая характеристика туберкулеза легких с генотипом S Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутия) // Туберкулёз и болезни лёгких. – 2019. – Т. 97, № 6. – С. 54–55. Евдокимова Н. Е., Винокурова М. К., Жданова С. Н., Огарков О. Б., Кравченко А. Ф., Савилов Е. Д. Результаты лечения новых случаев туберкулеза легких в зависимости от основных генотипов Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутия) // Туберкулёз и болезни лёгких. – 2021. – Т. 99, № 1. – С. 41–47. Жданова С. Н., Алексеева Г. И., Огарков О. Б., Кравченко А. Ф., Зоркальцева Е. Ю., Винокурова М. К., Савилов Е. Д. Сравнительный анализ генотипов Mycobacterium tuberculosis в республике Саха (Якутия) и Иркутской области // Якутский медицинский журнал. – 2013. – № 1 (41). – С. 68–71. Жданова С. Н., Огарков О. Б., Алексеева Г. И., Винокурова М. К., Синьков В. В., Астафьев В. А., Савилов Е. Д., Кравченко А. Ф. Генетическое разнообразие изолятов микобактерий туберкулеза из Республики Саха (Якутия), Россия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2016. – Т. 34, № 2. – С. 43–48. Жданова С. Н., Огарков О. Б., Лац А. А., Зарбуев А. Н., Бадлеева М. В., Унтанова Л. С., Савилов Е. Д. Выявление убиквитарных и эндемичных генотипов Mycobacterium tuberculosis на территории республики Бурятия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2014. – № 2. – С. 12- Синьков В. В., Савилов Е. Д., Огарков О. Б. Реконструкция эпидемической истории «пекинского» генотипа Mycobacterium tuberculosis в России и странах бывшего СССР по результатам сполиготипирования // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2011. – № 3. – С. 25–29. Синьков В. В., Савилов Е. Д., Огарков О. Б. Эпидемиология туберкулеза в России: эпидемиологические и исторические доказательства в пользу сценария распространения "пекинского" генотипа M. tuberculosis в XX веке // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2010. – № 6 (55). – С. 23–28. Dabernat H., Thèves C., Bouakaze C., Nikolaeva D., Keyser C., Mokrousov I., Géraut A., Duchesne S., Gérard P., Alexeev A.N., Crubézy E., Ludes B. Tuberculosis epidemiology and selection in an autochthonous Siberian population from the 16th–19th century // PLoS One. – 2014. – Vol. 9, №2. – Р. e89877. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089877 David M. Hillis, James J. Bull, An Empirical Test of Bootstrapping as a Method for Assessing Confidence in Phylogenetic Analysis // Systematic Biology. – 1993. – Vol. 42, № 2. – P. 182–192. https://doi.org/10.1093/sysbio/42.2.182 Homolka S., Projahn M., Feuerriegel S., Ubben T., Diel R., Nübel U., Niemann S. High resolution discrimination of clinical Mycobacterium tuberculosis complex strains based on single nucleotide polymorphisms // PLoS One. – 2012. – Vol. 7, № 7. – P. e39855. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039855 Lew J. M., Kapopoulou A., Jones L. M., Cole S. T. TubercuList-10 years after // Tuberculosis (Edinb). – 2011. – Vol. 91, № 1. – P. 1–7. https://doi.org/10.1016/j.tube.2010.09.008 Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform // Bioinformatics. – 2009. – Vol. 25, № 14. – P. 1754–1760. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools // Bioinformatics. – 2009. – Vol. 25, № 16. – P. 2078–2079. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 Minh B. Q., Schmidt H. A., Chernomor O., Schrempf D., Woodhams M. D., Haeseler A. von, Lanfear R. IQ-TREE 2 New models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era // Molecular Biology and Evolution – 2020.– Vol. 37. – P. 1530–1534. https://doi.org/10.1093/molbev/msaa015 MIRU. URL: http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/miruinfo.faces;jsessionid=89112F274226E781C7B0B0D9118FDD70 Mulholland C. V., Shockey A. C., Aung H. L., Cursons R. T., O'Toole R. F., Gautam S. S., Brites D., Gagneux S., Roberts S. A., Karalus N., Cook G. M., Pepperell C. S., Arcus V. L. Dispersal of Mycobacterium tuberculosis Driven by Historical European Trade in the South Pacific // Front. Microbiol. – 2019. – Vol. 10. – P. 2778. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02778 Pepperell C. S., Granka J. M., Alexander D. C., Behr M. A., Chui L., Gordon J., Guthrie J. L., Jamieson F. B., Langlois-Klassen D., Long R., Nguyen D., Wobeser W., Feldman M. W. Dispersal of Mycobacterium tuberculosis via the Canadian fur trade // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2011. – Vol. 108, № 16. – P. 6526–31. https://doi.org/10.1073/pnas.1016708108 SNP BSATool https://zenodo.org/record/3352204#.Y_XkC3ZByUk Stucki D., Brites D., Jeljeli L., Coscolla M., et al. Mycobacterium tuberculosis lineage 4 comprises globally distributed and geographically restricted sublineages. Nat Genet. – 2016. – Vol. 48, № 12. – P. 1535–1543. https://doi.org/10.1038/ng.3704 https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1762 doi:10.58838/2075-1230-2023-101-5-14-19 Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). Tuberculosis and Lung Diseases; Том 101, № 5 (2023); 14-19 Туберкулез и болезни легких; Том 101, № 5 (2023); 14-19 2542-1506 2075-1230 Якутия S genotype phylogeography of the L4.4genetic line Yakutia генотип S филогеография генетической линии L4.4 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion 2023 ftjtibl https://doi.org/10.58838/2075-1230-2023-101-5-14-1910.1371/journal.pone.008987710.1093/sysbio/42.2.18210.1371/journal.pone.003985510.1016/j.tube.2010.09.00810.1093/bioinformatics/btp32410.1093/bioinformatics/btp35210.1093/molbev/msaa01510.3389/fmicb.2019. 2023-12-26T18:09:14Z The objective: to assess the stability of circulation of S genotype and S-like strains of M. tuberculosis (MTB) in the Republic of Sakha (Yakutia) over a 12-year period and perform their phylogenetic identification relative to the L4.4 Euro-American subline.Subjects and Methods. Between 2009 and 2022, 513 MTB strains isolated from pulmonary tuberculosis patients were studied using molecular genetic methods. 92 isolates belonging to S genotype or having an S-like genetic profile were found. Whole-genome sequencing of five strains of S genotype that circulated in the territory of the Republic of Sakha (Yakutia) in 2020-2022 was carried out. A global phylogenetic analysis was performed and evolutionary relationship of the obtained genomes was determined, a RT-PCR test was developed for the rapid detection of S genotype strains.Results. In the territory of the Republic of Sakha (Yakutia), there is a stable circulation of S and S-like MTB genotypes belonging to the L4.4 Euro-American subline, the L4.4.1.1 subtype. The evolutionary model has confirmed the previously stated hypothesis that the spread of the S genotype among the indigenous population of Yakutia is associated with mass exposure to the Russian settlers which started from the beginning of the 17th century.Conclusion. Spread of MTB strains of the L4.4 Euro-American subline, L4.4.1.1 subtype, among the indigenous populations of New Zealand, Canada and Yakutia in the 17th-19th centuries is very similar. Цель исследования: оценить устойчивость циркуляции генотипа S и S-подобных штаммов M. tuberculosis (МБТ) на территории Республики Саха (Якутия) за 12-летний период и провести их филогенетическую идентификацию относительно Евро-Американской сублинии L4.4.Материалы и методы. В период с 2009 по 2022 гг. молекулярно-генетическими методами исследовано 513 штаммов МБТ от больных туберкулезом легких. Обнаружено 92 изолята, принадлежащих генотипу S или имевшему S-подобный генетический профиль. Проведено полногеномное секвенирование пяти штаммов генотипа S, ... Article in Journal/Newspaper Republic of Sakha Yakutia Саха Якути* Якутия Tuberculosis and Lung Diseases (E-Journal) Sakha Canada New Zealand Izvestia Ural Federal University Journal Series 1. Issues in Education, Science and Culture 29 4 21 29 |