Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World
Six cultures of tularemia microbe from fallen and captured live animals were isolated during epizootiological monitoring in the steppe focus in the south-east of the Rostov Region in 2020 against the background of extensive epizootics in the populations of the common vole Microtus arvalis obscurus a...
| Main Authors: | , , , , , , , , , , , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article in Journal/Newspaper |
| Language: | Russian |
| Published: |
Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe”
2023
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855 https://doi.org/10.21055/0370-1069-2023-3-59-65 |
| id |
ftjppdi:oai:oai.microbe.elpub.ru:article/1855 |
|---|---|
| record_format |
openpolar |
| institution |
Open Polar |
| collection |
Problems of Particularly Dangerous Infections (E-Journal) |
| op_collection_id |
ftjppdi |
| language |
Russian |
| topic |
SNP INDEL whole-genome sequencing PCR genotyping полногеномное секвенирование ПЦР генотипирование |
| spellingShingle |
SNP INDEL whole-genome sequencing PCR genotyping полногеномное секвенирование ПЦР генотипирование A. S. Vodop’yanov R. V. Pisanov S. O. Vodop’yanov M. V. Tsimbalistova N. L. Pichurina V. M. Sorokin N. V. Pavlovich A. K. Noskov А. С. Водопьянов Р. В. Писанов С. О. Водопьянов М. В. Цимбалистова Н. Л. Пичурина В. М. Сорокин Н. В. Павлович А. К. Носков Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World |
| topic_facet |
SNP INDEL whole-genome sequencing PCR genotyping полногеномное секвенирование ПЦР генотипирование |
| description |
Six cultures of tularemia microbe from fallen and captured live animals were isolated during epizootiological monitoring in the steppe focus in the south-east of the Rostov Region in 2020 against the background of extensive epizootics in the populations of the common vole Microtus arvalis obscurus and the public vole Microtus socialis.The aim of the work was to develop an SNP-typing scheme and to conduct a comparative study of the phylogenetic relations between Francisella tularensis strains isolated in the Rostov Region (2020) and strains from other regions.Materials and methods. Genome-wide sequencing was performed on the MiSeq Illumina platform. The author’s software GeneExpert, PrimerM and VirtualPCR, written in the Java programming language, were used for the analysis.Results and discussion. The strains of tularemia agent, isolated on the territory of the Rostov Region in 2020, can be allocated to two different clusters. It is established that two strains of tularemia pathogen (F0884 and F0889) isolated in Turkey are genetically close to some isolates circulating in the Rostov Region. A unique INDEL marker characteristic of this group of strains has been identified. The comparison of our proposed typing scheme with the scheme of “canonical” SNPs has showed a fairly good consistency and convergence of results within large clusters, meanwhile using a set of 6626 SNPs allows for differentiating the strains within one canSNP type. It is revealed that the vaccine strain has a common canSNP type with clinical and natural strains. A set of SNP markers has been selected for comparative analysis. A new INDEL marker that enables intraspecific typing of F. tularensis has been discovered and the possibility of its application in vitro and in silico has been comfirmed. В 2020 г. при проведении эпизоотологического мониторинга в очаге степного типа на юго-востоке Ростовской области на фоне разлитой эпизоотии в популяциях обыкновенной полевки Microtus arvalis obscurus и общественной полевки Microtus socialis изолировано ... |
| format |
Article in Journal/Newspaper |
| author |
A. S. Vodop’yanov R. V. Pisanov S. O. Vodop’yanov M. V. Tsimbalistova N. L. Pichurina V. M. Sorokin N. V. Pavlovich A. K. Noskov А. С. Водопьянов Р. В. Писанов С. О. Водопьянов М. В. Цимбалистова Н. Л. Пичурина В. М. Сорокин Н. В. Павлович А. К. Носков |
| author_facet |
A. S. Vodop’yanov R. V. Pisanov S. O. Vodop’yanov M. V. Tsimbalistova N. L. Pichurina V. M. Sorokin N. V. Pavlovich A. K. Noskov А. С. Водопьянов Р. В. Писанов С. О. Водопьянов М. В. Цимбалистова Н. Л. Пичурина В. М. Сорокин Н. В. Павлович А. К. Носков |
| author_sort |
A. S. Vodop’yanov |
| title |
Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World |
| title_short |
Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World |
| title_full |
Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World |
| title_fullStr |
Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World |
| title_full_unstemmed |
Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World |
| title_sort |
comparative molecular-genetic analysis of francisella tularensis strains isolated in the rostov region in 2020 and genome sequences of the strains collected in various regions of the world |
| publisher |
Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855 https://doi.org/10.21055/0370-1069-2023-3-59-65 |
| long_lat |
ENVELOPE(35.282,35.282,66.963,66.963) |
| geographic |
Indel’ |
| geographic_facet |
Indel’ |
| genre |
Common vole Microtus arvalis |
| genre_facet |
Common vole Microtus arvalis |
| op_source |
Problems of Particularly Dangerous Infections; № 3 (2023); 59-65 Проблемы особо опасных инфекций; № 3 (2023); 59-65 2658-719X 0370-1069 |
| op_relation |
https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855/1406 Skottman T., Piiparinen H., Hyytiäinen H., Myllys V., Skurnik M., Nikkari S. Simultaneous real-time PCR detection of Bacillus anthracis, Francisella tularensis and Yersinia pestis. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2007; 26(3):207–11. DOI:10.1007/s10096-007-0262-z. Кудрявцева Т.Ю., Попов В.П., Мокриевич А.Н., Куликалова Е.С., Холин А.В., Мазепа А.В., Транквилевский Д.В., Храмов М.В., Дятлов И.А. Эпизоотолого-эпидемиологическая ситуация по туляремии на территории России в 2020 г., прогноз на 2021 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 1:32–42. DOI:10.21055/0370-1069-2021-1-32-42. Sissonen S., Rossow H., Karlsson E., Hemmilä H., Henttonen H., Isomursu M., Kinnunen P.M., Pelkola K., Pelkonen S., Tarkka E., Myrtennäs K., Nikkari S., Forsman M. Phylogeography of Francisella tularensis subspecies holarctica in Finland, 1993–2011. Infect. Dis. (Lond). 2015; 47(10):701–6. DOI:10.3109/23744235.2015.1049657. Водопьянов А.С., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Пичурина Н.Л., Мишанькин Б.Н. Генотипирование методом мультилокусного VNTR-анализа штаммов Francisella tularensis, выделенных из природных очагов туляремии Ростовской области. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004; 2:24–8. Водопьянов А.С., Мишанькин Б.Н., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю. VNTR-генотипирование штаммов Francisella tularensis, выделенных на территории бывшего СССР и некоторых стран Европы во время эпизоотий 1988–1989 годов. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006; 3:22–7. Pandya G.A., Holmes M.H., Petersen J.M., Pradhan S., Karamycheva S.A., Wolcott M.J., Molins C., Jones M., Schriefer M.E., Fleischmann R.D., Peterson S.N. Whole genome single nucleotide polymorphism based phylogeny of Francisella tularensis and its application to the development of a strain typing assay. BMC Microbiol. 2009; 9:213. DOI:10.1186/1471-2180-9-213. Vogler A.J., Birdsell D., Price L.B., Bowers J.R., Beckstrom-Sternberg S.M., Auerbach R.K., Beckstrom-Sternberg J.S., Johansson A., Clare A., Buchhagen J.L., Petersen J.M., Pearson T., Vaissaire J., Dempsey M.P., Foxall P., Engelthaler D.M., Wagner D.M., Keim P. Phylogeography of Francisella tularensis: global expansion of a highly fit clone. J. Bacteriol. 2009; 191(8):2474–84. DOI:10.1128/JB.01786-08. Karlsson E., Svensson K., Lindgren P., Byström M., Sjödin A., Forsman M., Johansson A. The phylogeographic pattern of Francisella tularensis in Sweden indicates a Scandinavian origin of Eurosiberian tularaemia. Environ. Microbiol. 2013; 15(2):634–45. DOI:10.1111/1462-2920.12052. Kevin M., Girault G., Caspar Y., Cherfa M.A., Mendy C., Tomaso H., Gavier-Widen D., Escudero R., Maurin M., Durand B., Ponsart C., Madani N. Phylogeography and genetic diversity of Francisella tularensis subsp. holarctica in France (1947–2018). Front. Microbiol. 2020; 11:287. DOI:10.3389/fmicb.2020.00287. Кудрявцева Т.Ю., Мокриевич А.Н. Молекулярно-генетические основы различий подвидов возбудителя туляремии и типирования штаммов Francisella tularensis subsp. holarctica. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2022; 40(1):12–20. DOI:10.17116/molgen20224001112. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A.A., Dvorkin M., Kulikov A.S., Lesin V.M., Nikolenko S.I., Pham S., Prjibelski A.D., Pyshkin A.V., Sirotkin A.V., Vyahhi N., Tesler G., Alekseyev M.A., Pevzner P.A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 2012; 19(5):455–77. DOI:10.1089/cmb.2012.0021. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731–9. DOI:10.1093/molbev/msr121. Lärkeryd A., Myrtennäs K., Karlsson E., Dwibedi C.K., Forsman M., Larsson P., Johansson A., Sjödin A. CanSNPer: a hierarchical genotype classifier of clonal pathogens. Bioinformatics. 2014; 30(12):1762–4. DOI:10.1093/bioinformatics/btu113. Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Олейников И.П. Совершенствование методики SNP-типирования штаммов Vibrio cholerae на основе анализа первичных данных полногеномного секвенирования. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020; 97(6):587–93. DOI:10.36233/0372-9311-2020-97-6-9. Нарышкина Е.А., Краснов Я.М., Альхова Ж.В., Баданин Д.В., Осин А.В., Ляшова О.Ю., Саяпина Л.В., Бондарев В.П., Меркулов В.А., Олефир Ю.В., Кутырев В.В. Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ вакцинного штамма Francisella tularensis 15 НИИЭГ . Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:91–7. DOI:10.21055/0370-1069-2020-2-91-97. Цимбалистова М.В., Сорокин В.М., Аронова Н.В., Анисимова А.С., Пичурина Н.Л., Пасюкова Н.И., Селянская Н.А., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Павлович Н.В., Ковалев Е.В., Носков А.К. Биологические свойства и генетическая характеристика штаммов Francisella tularensis, изолированных на территории Ростовской области в 2020 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 3:134–40. DOI:10.21055/0370-1069-2021-3-134-140. https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855 doi:10.21055/0370-1069-2023-3-59-65 |
| op_rights |
Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| op_doi |
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2023-3-59-6510.1007/s10096-007-0262-z10.21055/0370-1069-2021-1-32-4210.3109/23744235.2015.104965710.1186/1471-2180-9-21310.1128/JB.01786-0810.1111/1462-2920.1205210.3389/fmicb.2020.0028710.17116/molgen2022400111210.1089/ |
| _version_ |
1782333202267897856 |
| spelling |
ftjppdi:oai:oai.microbe.elpub.ru:article/1855 2023-11-12T04:16:00+01:00 Comparative Molecular-Genetic Analysis of Francisella tularensis Strains Isolated in the Rostov Region in 2020 and Genome Sequences of the Strains Collected in Various Regions of the World Сравнительный молекулярно-генетический анализ штаммов Francisella tularensis, изолированных в Ростовской области в 2020 г., и последовательностей геномов штаммов, выделенных в различных регионах мира A. S. Vodop’yanov R. V. Pisanov S. O. Vodop’yanov M. V. Tsimbalistova N. L. Pichurina V. M. Sorokin N. V. Pavlovich A. K. Noskov А. С. Водопьянов Р. В. Писанов С. О. Водопьянов М. В. Цимбалистова Н. Л. Пичурина В. М. Сорокин Н. В. Павлович А. К. Носков 2023-09-30 application/pdf https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855 https://doi.org/10.21055/0370-1069-2023-3-59-65 rus rus Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855/1406 Skottman T., Piiparinen H., Hyytiäinen H., Myllys V., Skurnik M., Nikkari S. Simultaneous real-time PCR detection of Bacillus anthracis, Francisella tularensis and Yersinia pestis. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2007; 26(3):207–11. DOI:10.1007/s10096-007-0262-z. Кудрявцева Т.Ю., Попов В.П., Мокриевич А.Н., Куликалова Е.С., Холин А.В., Мазепа А.В., Транквилевский Д.В., Храмов М.В., Дятлов И.А. Эпизоотолого-эпидемиологическая ситуация по туляремии на территории России в 2020 г., прогноз на 2021 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 1:32–42. DOI:10.21055/0370-1069-2021-1-32-42. Sissonen S., Rossow H., Karlsson E., Hemmilä H., Henttonen H., Isomursu M., Kinnunen P.M., Pelkola K., Pelkonen S., Tarkka E., Myrtennäs K., Nikkari S., Forsman M. Phylogeography of Francisella tularensis subspecies holarctica in Finland, 1993–2011. Infect. Dis. (Lond). 2015; 47(10):701–6. DOI:10.3109/23744235.2015.1049657. Водопьянов А.С., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Пичурина Н.Л., Мишанькин Б.Н. Генотипирование методом мультилокусного VNTR-анализа штаммов Francisella tularensis, выделенных из природных очагов туляремии Ростовской области. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004; 2:24–8. Водопьянов А.С., Мишанькин Б.Н., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю. VNTR-генотипирование штаммов Francisella tularensis, выделенных на территории бывшего СССР и некоторых стран Европы во время эпизоотий 1988–1989 годов. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006; 3:22–7. Pandya G.A., Holmes M.H., Petersen J.M., Pradhan S., Karamycheva S.A., Wolcott M.J., Molins C., Jones M., Schriefer M.E., Fleischmann R.D., Peterson S.N. Whole genome single nucleotide polymorphism based phylogeny of Francisella tularensis and its application to the development of a strain typing assay. BMC Microbiol. 2009; 9:213. DOI:10.1186/1471-2180-9-213. Vogler A.J., Birdsell D., Price L.B., Bowers J.R., Beckstrom-Sternberg S.M., Auerbach R.K., Beckstrom-Sternberg J.S., Johansson A., Clare A., Buchhagen J.L., Petersen J.M., Pearson T., Vaissaire J., Dempsey M.P., Foxall P., Engelthaler D.M., Wagner D.M., Keim P. Phylogeography of Francisella tularensis: global expansion of a highly fit clone. J. Bacteriol. 2009; 191(8):2474–84. DOI:10.1128/JB.01786-08. Karlsson E., Svensson K., Lindgren P., Byström M., Sjödin A., Forsman M., Johansson A. The phylogeographic pattern of Francisella tularensis in Sweden indicates a Scandinavian origin of Eurosiberian tularaemia. Environ. Microbiol. 2013; 15(2):634–45. DOI:10.1111/1462-2920.12052. Kevin M., Girault G., Caspar Y., Cherfa M.A., Mendy C., Tomaso H., Gavier-Widen D., Escudero R., Maurin M., Durand B., Ponsart C., Madani N. Phylogeography and genetic diversity of Francisella tularensis subsp. holarctica in France (1947–2018). Front. Microbiol. 2020; 11:287. DOI:10.3389/fmicb.2020.00287. Кудрявцева Т.Ю., Мокриевич А.Н. Молекулярно-генетические основы различий подвидов возбудителя туляремии и типирования штаммов Francisella tularensis subsp. holarctica. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2022; 40(1):12–20. DOI:10.17116/molgen20224001112. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A.A., Dvorkin M., Kulikov A.S., Lesin V.M., Nikolenko S.I., Pham S., Prjibelski A.D., Pyshkin A.V., Sirotkin A.V., Vyahhi N., Tesler G., Alekseyev M.A., Pevzner P.A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 2012; 19(5):455–77. DOI:10.1089/cmb.2012.0021. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731–9. DOI:10.1093/molbev/msr121. Lärkeryd A., Myrtennäs K., Karlsson E., Dwibedi C.K., Forsman M., Larsson P., Johansson A., Sjödin A. CanSNPer: a hierarchical genotype classifier of clonal pathogens. Bioinformatics. 2014; 30(12):1762–4. DOI:10.1093/bioinformatics/btu113. Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Олейников И.П. Совершенствование методики SNP-типирования штаммов Vibrio cholerae на основе анализа первичных данных полногеномного секвенирования. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020; 97(6):587–93. DOI:10.36233/0372-9311-2020-97-6-9. Нарышкина Е.А., Краснов Я.М., Альхова Ж.В., Баданин Д.В., Осин А.В., Ляшова О.Ю., Саяпина Л.В., Бондарев В.П., Меркулов В.А., Олефир Ю.В., Кутырев В.В. Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ вакцинного штамма Francisella tularensis 15 НИИЭГ . Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:91–7. DOI:10.21055/0370-1069-2020-2-91-97. Цимбалистова М.В., Сорокин В.М., Аронова Н.В., Анисимова А.С., Пичурина Н.Л., Пасюкова Н.И., Селянская Н.А., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Павлович Н.В., Ковалев Е.В., Носков А.К. Биологические свойства и генетическая характеристика штаммов Francisella tularensis, изолированных на территории Ростовской области в 2020 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 3:134–40. DOI:10.21055/0370-1069-2021-3-134-140. https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855 doi:10.21055/0370-1069-2023-3-59-65 Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). Problems of Particularly Dangerous Infections; № 3 (2023); 59-65 Проблемы особо опасных инфекций; № 3 (2023); 59-65 2658-719X 0370-1069 SNP INDEL whole-genome sequencing PCR genotyping полногеномное секвенирование ПЦР генотипирование info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion 2023 ftjppdi https://doi.org/10.21055/0370-1069-2023-3-59-6510.1007/s10096-007-0262-z10.21055/0370-1069-2021-1-32-4210.3109/23744235.2015.104965710.1186/1471-2180-9-21310.1128/JB.01786-0810.1111/1462-2920.1205210.3389/fmicb.2020.0028710.17116/molgen2022400111210.1089/ 2023-10-17T00:19:09Z Six cultures of tularemia microbe from fallen and captured live animals were isolated during epizootiological monitoring in the steppe focus in the south-east of the Rostov Region in 2020 against the background of extensive epizootics in the populations of the common vole Microtus arvalis obscurus and the public vole Microtus socialis.The aim of the work was to develop an SNP-typing scheme and to conduct a comparative study of the phylogenetic relations between Francisella tularensis strains isolated in the Rostov Region (2020) and strains from other regions.Materials and methods. Genome-wide sequencing was performed on the MiSeq Illumina platform. The author’s software GeneExpert, PrimerM and VirtualPCR, written in the Java programming language, were used for the analysis.Results and discussion. The strains of tularemia agent, isolated on the territory of the Rostov Region in 2020, can be allocated to two different clusters. It is established that two strains of tularemia pathogen (F0884 and F0889) isolated in Turkey are genetically close to some isolates circulating in the Rostov Region. A unique INDEL marker characteristic of this group of strains has been identified. The comparison of our proposed typing scheme with the scheme of “canonical” SNPs has showed a fairly good consistency and convergence of results within large clusters, meanwhile using a set of 6626 SNPs allows for differentiating the strains within one canSNP type. It is revealed that the vaccine strain has a common canSNP type with clinical and natural strains. A set of SNP markers has been selected for comparative analysis. A new INDEL marker that enables intraspecific typing of F. tularensis has been discovered and the possibility of its application in vitro and in silico has been comfirmed. В 2020 г. при проведении эпизоотологического мониторинга в очаге степного типа на юго-востоке Ростовской области на фоне разлитой эпизоотии в популяциях обыкновенной полевки Microtus arvalis obscurus и общественной полевки Microtus socialis изолировано ... Article in Journal/Newspaper Common vole Microtus arvalis Problems of Particularly Dangerous Infections (E-Journal) Indel’ ENVELOPE(35.282,35.282,66.963,66.963) |