Evaluation of the effectiveness of next generation sequencing in the clinical practice of the medical genetic consultation in Khanty-Mansi region

• Published in: Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika
• Main Authors: M. Yu. Donnikov, R. A. Illarionov, T. A. Izotova, L. N. Kolbasin, L. V. Kovalenko, М. Ю. Донников, Р. А. Илларионов, Т. А. Изотова, Л. Н. Колбасин, Л. В. Коваленко
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: Russian
• Published: Publishing House «Genius Media» LLC 2022
• Subjects: NGS; whole exome sequencing; полноэкзомное секвенирование; khanty; khanty-mansi; Mansi
• Online Access: https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/2145; https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.38-40

Background. NGS-based exome sequencing, accepted as an outsourced service since 2016, is increasingly being used in the routine clinical practice of our medical genetic counseling centre. Evaluation of the diagnostic capabilities of exome sequencing is necessary to substantiate the effectiveness of NGS in situ in regional clinical settings. Aim: to evaluate the effectiveness of diagnosing genetic diseases in children in Khanty-Mansi region using exome sequencing. Methods. Exome sequencing by NGS, validation of NGS data by Sanger sequencing, family segregation analysis by Sanger sequencing. Results. Molecular diagnoses were reported in 27% (27/100) of children, in line with data published elsewhere. The diagnoses were more often diagnosed in persons with anomalies of the nervous, skeletal and respiratory systems. Predominantly autosomal dominant diseases were identified, among which the most common were neurofibromatosis, osteogenesis imperfecta, achondroplasia. Family segregation revealed 5 new variants in the TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1 genes. Актуальность. Полноэкзомное секвенирование на основе NGS, принятое с 2016 г. в качестве аутсорсинговой услуги, все чаще используется в рутинной клинической практике окружной медико-генетической консультации (МГК). Оценка диагностических возможностей полноэкзомного секвенирования необходима для обоснования проведения NGS непосредственно в региональных клинических условиях. Цель: оценить эффективность диагностики генетических заболеваний у детей в ХМАО-Югра методом полноэкзомного секвенирования. Методы. Полноэкзомное секвенирование методом NGS, валидация данных NGS и анализ сегрегации в семье методом секвенирования по Сэнгеру. Результаты. Молекулярные диагнозы были установлены у 27% (27/100) детей, что соответствует данным, опубликованным в других источниках. Наследственные заболевания чаще диагностировались у лиц с аномалиями нервной, костной и дыхательной систем. Были выявлены преимущественно аутосомно-доминантные заболевания, среди которых наиболее частыми ...