Microbial sequences retrieved from environmental samples from seasonal Arctic snow and meltwater from Svalbard, Norway

International audience 16S rRNA gene (rrs) clone libraries were constructed from two snow samples (May 11, 2007 and June 7, 2007) and two meltwater samples collected during the spring of 2007 in Svalbard, Norway (79 degrees N). The libraries covered 19 different microbial classes, including Betaprot...

Full description

Bibliographic Details
Published in:Extremophiles
Main Authors: Larose, Catherine, Berger, Sibel, Ferrari, Christophe, P., Navarro, Elisabeth, Dommergue, Aurélien, Schneider, Dominique, Vogel, Timothy, M.
Other Authors: Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement (LGGE), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes Grenoble (LAPM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHANG (CHANG), Laboratoire d'étude des transferts en hydrologie et environnement (LTHE), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), grants from EC2CO/CYTRIX (Programme National INSU), LEFE, IPEV CHIMERPOL program (399)
Format: Article in Journal/Newspaper
Language:English
Published: HAL CCSD 2010
Subjects:
ICE
Online Access:https://hal.science/hal-00476166
https://doi.org/10.1007/s00792-009-0299-2
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collection INSA Lyon HAL (Institut National des Sciences Appliquées)
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CLOSTRIDIA
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ECOLOGY
[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
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[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Larose, Catherine
Berger, Sibel
Ferrari, Christophe, P.
Navarro, Elisabeth
Dommergue, Aurélien
Schneider, Dominique
Vogel, Timothy, M.
Microbial sequences retrieved from environmental samples from seasonal Arctic snow and meltwater from Svalbard, Norway
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Snow bacteria
Biodiversity
Environmental samples
Meltwater
DIVERSITY
ICE
ANTARCTICA
COMMUNITY
BACTERIA
GLACIER
MICROORGANISMS
CLOSTRIDIA
LIBRARIES
ECOLOGY
[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
description International audience 16S rRNA gene (rrs) clone libraries were constructed from two snow samples (May 11, 2007 and June 7, 2007) and two meltwater samples collected during the spring of 2007 in Svalbard, Norway (79 degrees N). The libraries covered 19 different microbial classes, including Betaproteobacteria (21.3%), Sphingobacteria (16.4%), Flavobacteria (9.0%), Acidobacteria (7.7%) and Alphaproteobacteria (6.5%). Significant differences were detected between the two sets of sample libraries. First, the meltwater libraries had the highest community richness (Chao1: 103.2 and 152.2) and Shannon biodiversity indices (between 3.38 and 3.59), when compared with the snow libraries (Chao1: 14.8 and 59.7; Shannon index: 1.93 and 3.01). Second, integral-LIBSHUFF analyses determined that the bacterial communities in the snow libraries were significantly different from those of the meltwater libraries. Despite these differences, our data also support the theory that a common core group of microbial populations exist within a variety of cryohabitats. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1007/s00792-009-0299-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
author2 Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement (LGGE)
Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG)
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes Grenoble (LAPM)
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Ampère (AMPERE)
École Centrale de Lyon (ECL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
CHANG (CHANG)
Laboratoire d'étude des transferts en hydrologie et environnement (LTHE)
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG)
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM)
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
grants from EC2CO/CYTRIX (Programme National INSU), LEFE, IPEV CHIMERPOL program (399)
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author Larose, Catherine
Berger, Sibel
Ferrari, Christophe, P.
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Dommergue, Aurélien
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spelling ftinsalyonhal:oai:HAL:hal-00476166v1 2024-04-28T07:55:54+00:00 Microbial sequences retrieved from environmental samples from seasonal Arctic snow and meltwater from Svalbard, Norway Larose, Catherine Berger, Sibel Ferrari, Christophe, P. Navarro, Elisabeth Dommergue, Aurélien Schneider, Dominique Vogel, Timothy, M. Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement (LGGE) Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes Grenoble (LAPM) Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Ampère (AMPERE) École Centrale de Lyon (ECL) Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon) Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) CHANG (CHANG) Laboratoire d'étude des transferts en hydrologie et environnement (LTHE) Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB Université de Savoie Université de Chambéry )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM) Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro) grants from EC2CO/CYTRIX (Programme National INSU), LEFE, IPEV CHIMERPOL program (399) 2010-03 https://hal.science/hal-00476166 https://doi.org/10.1007/s00792-009-0299-2 en eng HAL CCSD Springer Verlag info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1007/s00792-009-0299-2 hal-00476166 https://hal.science/hal-00476166 doi:10.1007/s00792-009-0299-2 PRODINRA: 245819 WOS: 000275414800006 ISSN: 1431-0651 EISSN: 1433-4909 Extremophiles https://hal.science/hal-00476166 Extremophiles, 2010, 14 (2), pp.205-212. ⟨10.1007/s00792-009-0299-2⟩ Arctic Snow bacteria Biodiversity Environmental samples Meltwater DIVERSITY ICE ANTARCTICA COMMUNITY BACTERIA GLACIER MICROORGANISMS CLOSTRIDIA LIBRARIES ECOLOGY [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology info:eu-repo/semantics/article Journal articles 2010 ftinsalyonhal https://doi.org/10.1007/s00792-009-0299-2 2024-04-09T14:49:27Z International audience 16S rRNA gene (rrs) clone libraries were constructed from two snow samples (May 11, 2007 and June 7, 2007) and two meltwater samples collected during the spring of 2007 in Svalbard, Norway (79 degrees N). The libraries covered 19 different microbial classes, including Betaproteobacteria (21.3%), Sphingobacteria (16.4%), Flavobacteria (9.0%), Acidobacteria (7.7%) and Alphaproteobacteria (6.5%). Significant differences were detected between the two sets of sample libraries. First, the meltwater libraries had the highest community richness (Chao1: 103.2 and 152.2) and Shannon biodiversity indices (between 3.38 and 3.59), when compared with the snow libraries (Chao1: 14.8 and 59.7; Shannon index: 1.93 and 3.01). Second, integral-LIBSHUFF analyses determined that the bacterial communities in the snow libraries were significantly different from those of the meltwater libraries. Despite these differences, our data also support the theory that a common core group of microbial populations exist within a variety of cryohabitats. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1007/s00792-009-0299-2) contains supplementary material, which is available to authorized users. Article in Journal/Newspaper Antarc* Antarctica Arctic glacier glacier Svalbard INSA Lyon HAL (Institut National des Sciences Appliquées) Extremophiles 14 2 205 212