Mitogenomic analysis of decapod phylogeny

• Main Author: Shen, Hong
• Other Authors: Scholtz, Gerhard, Stach, Thomas, Podsiadlowski, Lars
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: English
• Published: Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I 2012
• Subjects: Phylogenie; Decapoda; mitochondriales Genom; molekulare Evolution; mitochondrial genome; phylogeny; molecular evolution; 570 Biowissenschaften; Biologie; 32 Biologie; WQ 2850; ddc:570; Homarus gammarus
• Online Access: http://edoc.hu-berlin.de/18452/17157; https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:kobv:11-100202042; https://doi.org/10.18452/16505

Für eine umfassende Untersuchung der Phylogenie der Decapoda wurden von mir die mitochondrialen Genome von 13 Dekapoden sequenziert. Zusammen mit den in der GenBank verfügbaren Sequenzen von 31 Dekapoden und dem von der Universität Bonn zur Verfügung gestellten mitochondrialen Genom von Dromia personata deckt dieser Datensatz alle großen Teilgruppen der Decapoda ab. Maximum likelihood (ML)-Analysen und Bayesian inference (BI)-Analysen der Nucleotidsequenzen und Aminosäuresequenzen ergaben bezüglich der Verwandtschaft der hochrangigen Taxa ähnliche Topologien: (((((((Anomala, Brachyura), Thalassinida: Gebiidea) Thalassinida: Axiidea), Astacidea), Achelata), Stenopodidea), Caridea), Dendrobranchiata). Gleichwohl wurde mit den Polychelida ein problematisches Taxon mit ungewissen Verwandtschaftsbeziehungen identifiziert. Auf der Eben der Unterordnungen sind die Thalassinida paraphyletisch, was mit einigen morphologischen und einigen jüngeren molekularen Studien konsistent ist, alle anderen gebräuchlichen Taxa sind monophyletisch. Es handelt sich um eine Inversion, die sich vom S-E-F tRNA cluster bis zum I-Q-M tRNA cluster erstreckt und in Procambarus fallax f. virginalis und Homarus gammarus auftritt. Im Vergleich mit dem Genarrangement des Limulus polyphemus zeigen beide Astaciden in dieser Region exakt dieselbe Inversion wie der Priapulide Priapulus caudatus, die daher innerhalb der Ecdysozoa als konvergent angenommen werden muss. Auch neben dieser Inversion innerhalb der Astacidea zeigen die Genarrangements aller verfügbaren Dekapoden mehrere interessante Eigenschaften. Um die beobachteten einzigartigen genomischen Eigenschaften zu erklären, schlage ich mit dem „inversion triggered duplication“ Model ein neues Modell für Gen-Rearrangements vor. For a comprehensive study of decapod phylogeny at the mitochondrial genome level, I have sequenced the mitochondrial genome of 13 decapods. Together with available sequences of 31 decapods from GenBank, and the mitochondrial genome of Dromia personata provided by the ...