Análisis filogenético del virus del chikungunya en Colombia: evidencia de selección purificadora en el gen E1

• Published in: Biomédica
• Main Authors: Katherine Laiton-Donato, José A. Usme-Ciro, Angélica Rico, Lissethe Pardo, Camilo Martínez, Daniela Salas, Susanne Ardila, Andrés Páez
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English; Spanish
• Published: Instituto Nacional de Salud 2016
• Subjects: Chikungunya virus; surveillance; genotype; molecular epidemiology; phylogeny; Colombia; Medicine; R; Arctic medicine. Tropical medicine; RC955-962; Arctic; Aguda; Cadena; Fuerte
• Online Access: https://doi.org/10.7705/biomedica.v36i0.2990; https://doaj.org/article/d2f574f7b86b473f8f05613c5ef0288a

Introducción. El virus del chikungunya, perteneciente al género Alphavirus de la familia Togaviridae, es un virus ARN de 11,8 kb, de cadena sencilla y polaridad positiva, transmitido por Aedes spp. Se han identificado tres genotipos a nivel mundial: el de Asia, el del este-centro-sur de África (East/Central/South African, ECSA) y el de África occidental (West African, WA). La fiebre del chikungunya es una enfermedad febril aguda, acompañada principalmente de inflamación en las articulaciones y erupción cutánea. Después de su aparición en las Américas en el 2013, los primeros casos en Colombia ocurrieron en septiembre de 2014 y hasta junio del 2015 se habían notificado 399.932 casos. Objetivo. Identificar el genotipo o los genotipos responsables de la primera epidemia por el virus del chikungunya en Colombia y la variabilidad genética asociada a su dispersión en el territorio nacional. Materiales y métodos. Se seleccionaron muestras de suero de pacientes con síntomas indicativos de fiebre del chikungunya durante 2014 y 2015. Se hizo una transcripción inversa seguida de reacción en cadena de la polimerasa del gen E1, así como su secuenciación, análisis filogenético y análisis de evolución adaptativa. Resultados. Se demostró la presencia exclusiva del genotipo de Asia en Colombia. Se registró un promedio de 0,001 sustituciones de bases por sitio, una identidad de 99,7 a 99,9 % en los nucleótidos y de 99,9 % en los aminoácidos entre las secuencias colombianas y las secuencias de las Américas. Los análisis de evolución adaptativa indicaron una fuerte selección purificadora en el gen E1. Conclusiones. Se determinó la circulación del genotipo de Asia del virus del chikungunya como la causa de la primera epidemia en Colombia. Es necesario continuar con la vigilancia de genotipos, con el fin de detectar posibles cambios en la epidemiología, la eficacia (fitness) viral y la patogenia del virus.