Hepatitis C virus genotypes in hemodialysis patients in the Federal District, Brazil Genótipos do vírus da hepatite C em pacientes em hemodiálise no Distrito Federal, Brasil

• Published in: Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
• Main Authors: Regina M.S. Amorim, Tainá Raiol, José E. Trevizoli, Francisco A. R. Neves, Cláudia R.F. Martins, Regina M.B. Martins
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English
• Published: Universidade de São Paulo (USP) 2010
• Subjects: Hepatitis C virus; Hemodialysis; Genotypes; Arctic medicine. Tropical medicine; RC955-962; Infectious and parasitic diseases; RC109-216; Arctic
• Online Access: https://doi.org/10.1590/S0036-46652010000100010; https://doaj.org/article/c0b1b452c8f6482b93ea77a3ba719433

Hepatitis C virus (HCV) genotypes and subtypes were determined in hemodialysis patients in the Federal District, Brazil, by sequencing of the 5' noncoding (NC) and nonstructural 5B (NS5B) regions. From 761 patients, 66 anti-HCV-positive samples were tested for HCV RNA. All 51 HCV RNA-positive samples by PCR of the 5' NC region were genotyped as genotypes 1 (90.2%) and 3 (9.8%). Subtype 1a (82.3%) was the most prevalent, followed by subtypes 3a (9.8%), 1b (5.9%) and 1a/1b (2.0%). Forty-two samples could be amplified and genotyped in the NS5B region: 38 (90.5%) as genotype 1, subtypes 1a, and 8 (9.5%) as genotype 3, subtype 3a. For the 42 samples sequenced in both regions, the genotypes and subtypes determined were concordant in 100% and 95.2% of cases, respectively. Two samples presented discrepant results, with the 5' NC region not distinguishing correctly the subtypes 1a and 1b. These findings indicate that the HCV genotype 1, subtype 1a, is the most prevalent among hemodialysis patients in the Federal District, Brazil. Os genótipos e subtipos do vírus da hepatite C (HCV) foram determinados em pacientes em hemodiálise no Distrito Federal, Brasil, pelo sequenciamento das regiões 5' não codificante (NC) e não estrutural 5B (NS5B). De 761 pacientes, 66 amostras anti-HCV positivas foram testadas para RNA-HCV. Todas as 51 amostras RNA-HCV positivas por PCR para a região 5' NC foram genotipadas como dos genótipos 1 (90,2%) e 3 (9,8%). O subtipo 1a (82,3%) foi o mais prevalente, seguido pelos subtipos 3a (9,8%), 1b (5,9%) e 1a/1b (2,0%). Quarenta e duas amostras puderam ser amplificadas e genotipadas na região NS5B: 38 (90,5%) como genótipo 1, subtipo 1a, e 8 (9,5%) como genótipo 3, subtipo 3a. Para as 42 amostras sequenciadas nas duas regiões, os genótipos e subtipos determinados foram concordantes em 100% e 95,2% dos casos, respectivamente. Duas amostras apresentaram resultados discrepantes, sendo que a região 5' NC não diferenciou corretamente os subtipos 1a e 1b. Estes achados indicam que o genótipo 1, subtipo 1a, ...