Genome-Wide Determination, Characterization and Bioinformatic Analysis of Cold Shock Protein (CSP) Genes In Atlantic Salmon (Salmo salar), Carp (Cyprinus carpio) and Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss)

• Main Authors: ÖZKAN, Büşra, USTAOĞLU, Buket, CAN, Tevfik Hasan, BALOGLU, Mehmet Cengiz, CELİK ALTUNOGLU, Yasemin
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English
• Published: Kastamonu Üniversitesi 2019
• Subjects: Atlantic Salmon,Carp,Rainbow Trout,Cold Shock Protein; Somon Balığı,Sazan Balığı,Gökkuşağı Alabalığı,Biyoinformatik,Soğuk Şoku Proteini; Atlantik; Ön; Atlantic salmon; Salmo salar
• Online Access: https://dergipark.org.tr/tr/pub/kastamonujes/issue/46397/563262

Atlantic salmon (Salmo salar) is the symbol of the underwaterworld; carp (Cyprinus carpio) is a freshwater fish that gives its nameto the Cyprinidae family and rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) is a species of Salmonidae family, like assalmon. These three types of fish are important in the world because they aremade of fish farming. The cold shock proteins (CSP) were first described in Escherichiacoli and are the conserved proteins that have the activity to protect theorganism against cold temperatures. They can be characterized by general stressresponse in fish. There is no comprehensive study related to the identificationof CSPs in fish genomes. In this study,determination, characterization and bioinformatics analysis of CSPs werecarried out in the genomes of salmon, carp and rainbow trout. The study resultsrepresent preliminary knowledge about understanding of the effects of these proteinsin cold tolerance in economically important fish species. Atlantiksomonu (Salmo salar) sualtıdünyasının simgesidir; sazan balığı (Cyprinuscarpio), sazangiller (Cyprinidae)familyasına adını veren tatlı su balığıdır ve gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss)somon gibi Salmonidae ailesine aitbir balık türüdür. Bu üç balık türü dünyada en çok çiftçiliği yapılan balıktürlerinden olduğu için önemlidir. Soğuk şoku proteinleri (CSP) ise ilk kez Escherichia coli'de tanımlanmış olup organizmayısoğuğa karşı koruma aktivitesine sahip olan korunmuş proteinlerdir. Bunlar,balıklardaki genel stres tepkisi ile karakterize edilebilir. Balık genomlarındaCSP proteinlerinin tanımlanması ile ilgili kapsamlı bir çalışma yoktur. Buçalışmada, Atlantik somonu, sazan balığı ve gökkuşağı alabalığı genomlarındaCSP proteinlerinin belirlenmesi karakterizasyonu ve biyoinformatik analizlerigerçekleştirilmiştir. Çalışma sonuçları, ekonomik öneme sahip balık türlerindebu proteinlerin soğuk toleransındaki etkilerinin anlaşılması için ön bilgisunmaktadır.