Patterns of Transcript Abundance of Eukaryotic Biogeochemically-Relevant Genes in the Amazon River Plume ... : أنماط وفرة النسخ من الجينات الحيوية الجيوكيميائية حقيقية النواة في عمود نهر الأمازون ...

• Main Authors: Brian L. Zielinski, Andrew E. Allen, Edward J. Carpenter, Victoria J. Coles, Byron C. Crump, Mary K. Doherty, Rachel A. Foster, Joaquim I. Goés, Helga do Rosário Gomes, Raleigh R. Hood, John P. McCrow, Joseph P. Montoya, Ahmed Moustafa, Brandon M Satinsky, Shalabh Sharma, Christa B. Smith, Patricia L. Yager, John H. Paul
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2016
• Subjects: Marine Microbial Diversity and Biogeography; Ecology; FOS Biological sciences; Environmental Science; Physical Sciences; Global Diversity of Microbial Eukaryotes and Their Evolution; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; RNA Sequencing Data Analysis; Phylogenetic Analysis; Plume; Biology; Biogeochemical cycle; Algal bloom; Diatom; Nitrate; Abundance ecology; Diazotroph; Phytoplankton; Environmental science; Nutrient; Genetics; Geography; Nitrogen fixation; Meteorology; Bacteria; North Atlantic
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/q3cst-2j019; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/q3cst-2j019

The Amazon River has the largest discharge of all rivers on Earth, and its complex plume system fuels a wide array of biogeochemical processes, across a large area of the western tropical North Atlantic. The plume thus stimulates microbial processes affecting carbon sequestration and nutrient cycles at a global scale. Chromosomal gene expression patterns of the 2.0 to 156 μm size-fraction eukaryotic microbial community were investigated in the Amazon River Plume, generating a robust dataset (more than 100 million mRNA sequences) that depicts the metabolic capabilities and interactions among the eukaryotic microbes. Combining classical oceanographic field measurements with metatranscriptomics yielded characterization of the hydrographic conditions simultaneous with a quantification of transcriptional activity and identity of the community. We highlight the patterns of eukaryotic gene expression for 31 biogeochemically significant gene targets hypothesized to be valuable within forecasting models. An advantage ... : يتمتع نهر الأمازون بأكبر تصريف لجميع الأنهار على الأرض، ويغذي نظام الأعمدة المعقدة مجموعة واسعة من العمليات الجيوكيميائية الحيوية، عبر مساحة كبيرة من شمال المحيط الأطلسي الاستوائي الغربي. وبالتالي يحفز العمود العمليات الميكروبية التي تؤثر على عزل الكربون ودورات المغذيات على نطاق عالمي. تم التحقيق في أنماط التعبير الجيني الكروموسومي لمجتمع الميكروبات حقيقية النواة من 2.0 إلى 156 ميكرومتر في عمود نهر الأمازون، مما أدى إلى توليد مجموعة بيانات قوية (أكثر من 100 مليون تسلسل mRNA) تصور القدرات الأيضية والتفاعلات بين الميكروبات حقيقية النواة. أدى الجمع بين قياسات المجال الأوقيانوغرافي الكلاسيكي مع ميتاترانسكريبتوميكس إلى توصيف الظروف الهيدروغرافية بالتزامن مع القياس الكمي لنشاط النسخ وهوية المجتمع. نسلط الضوء على أنماط التعبير الجيني حقيقي النواة لـ 31 هدفًا جينيًا مهمًا من الناحية الجيوكيميائية الحيوية يُفترض أنها ذات قيمة في نماذج التنبؤ. تتمثل ميزة هذا النهج المستهدف في أن قاعدة بيانات التسلسلات المرجعية المستخدمة لتحديد الجينات المستهدفة قد تم إنشاؤها بشكل انتقائي وتم تنسيقها بشكل كبير لتحسين التغطية التصنيفية ...