Interpretation of genome-wide infinium methylation data from ligated DNA in formalin-fixed, paraffin-embedded paired tumor and normal tissue ... : تفسير بيانات مثيلة إنفينيوم على مستوى الجينوم من الحمض النووي المرتبط في الورم المقترن المثبت بالفورمالين والمضمن بالبارافين والأنسجة الطبيعية ...

• Main Authors: Farzana Jasmine, Ronald Rahaman, Shantanu Roy, Maruf Raza, Rupash Paul, Muhammad Rakibuz‐Zaman, Rachelle Paul-Brutus, Charlotte Dodsworth, Mohammed Kamal, Habibul Ahsan, Muhammad G. Kibriya
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2012
• Subjects: Epigenetic Modifications and Their Functional Implications; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Protein Arginine Methylation in Mammals; Regulation of Chromatin Structure and Function; DNA Methylation; Methylation Sites; DNA methylation; Concordance; Epigenetics; Methylation; Molecular biology; Biology; Colorectal cancer; DNA; Computational biology; Genetics; FOS Biological sciences; Cancer; Gene; Gene expression; DML
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/f65xf-08p65; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/f65xf-08p65

Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples are a highly desirable resource for epigenetic studies, but there is no suitable platform to assay genome-wide methylation in these widely available resources. Recently, Thirlwell et al. (2010) have reported a modified ligation-based DNA repair protocol to prepare FFPE DNA for the Infinium methylation assay. In this study, we have tested the accuracy of methylation data obtained with this modification by comparing paired fresh-frozen (FF) and FFPE colon tissue (normal and tumor) from colorectal cancer patients. We report locus-specific correlation and concordance of tumor-specific differentially methylated loci (DML), both of which were not previously assessed.We used Illumina's Infinium Methylation 27K chip for 12 pairs of FF and 12 pairs of FFPE tissue from tumor and surrounding healthy tissue from the resected colon of the same individual, after repairing the FFPE DNA using Thirlwell's modified protocol.For both tumor and normal tissue, overall correlation ... : تعد العينات المثبتة بالفورمالين والمضمنة بالبارافين (FFPE) موردًا مرغوبًا للغاية للدراسات الجينية، ولكن لا توجد منصة مناسبة لفحص المثيلة على مستوى الجينوم في هذه الموارد المتاحة على نطاق واسع. في الآونة الأخيرة، أبلغ Thirlwell et al. (2010) عن بروتوكول إصلاح الحمض النووي المعدل القائم على الربط لإعداد الحمض النووي FFPE لفحص مثيلة الإنفينيوم. في هذه الدراسة، اختبرنا دقة بيانات المثيلة التي تم الحصول عليها مع هذا التعديل من خلال مقارنة أنسجة القولون الطازجة المجمدة (FF) و FFPE (الطبيعية والورم) من مرضى سرطان القولون والمستقيم. نبلغ عن الارتباط الخاص بالموضع وتوافق المواضع المميتة التفاضلية الخاصة بالورم (DML)، وكلاهما لم يتم تقييمه مسبقًا. استخدمنا رقاقة Infinium Methylation 27K من Illumina لـ 12 زوجًا من FF و 12 زوجًا من أنسجة FFPE من الورم والأنسجة السليمة المحيطة من القولون المقطوع لنفس الفرد، بعد إصلاح الحمض النووي FFPE باستخدام بروتوكول Thirlwell المعدل. بالنسبة لكل من الورم والأنسجة الطبيعية، كان الارتباط العام لقيم β بين جميع المواضع في FF و FFPE المقترنة مشابهًا للدراسات السابقة. وجد أن نوع تخزين ...