Teaching transposon classification as a means to crowd source the curation of repeat annotation – a tardigrade perspective ... : تدريس تصنيف الترانسبوسون كوسيلة للحشد مصدر تنظيم التعليقات التوضيحية المتكررة – منظور بطيء التدرج ...

• Main Authors: Valentina Peona, Jacopo Martelossi, Dareen Almojil, Julia Bocharkina, Ioana Onut Brännström, Brown Mr, F. Alice Cang, Tomás Carrasco-Valenzuela, Jon DeVries, Meredith M. Doellman, D. Elsner, Pamela Espíndola‐Hernández, Guillermo Montoya, Bence Gáspár, Danijela Zagorski, Paweł Hałakuc, Beti Ivanovska, Christopher E. Laumer, Robert Lehmann, Ljudevit Luka Boštjančić, Rahia Mashoodh, Sofia Mazzoleni, Alice Mouton, Maria A. Nilsson, Yifan Pei, Giacomo Potente, Panagiotis Provataris, José Ramón Pardos-Blas, Ravindra Raut, Tomasa Sbaffi, Florian Schwarz, Jessica Stapley, Lewis Stevens, Nusrat Sultana, Radka Symonová, Mohadeseh Sadat Tahami, Alice Urzì, Haoguang Yang, Md Abdullah Yusuf, Carlo Pecoraro, Alexander Suh
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2024
• Subjects: Adaptations of Tardigrades to Extreme Environments; Ecology, Evolution, Behavior and Systematics; Agricultural and Biological Sciences; Life Sciences; Global Diversity of Microbial Eukaryotes and Their Evolution; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Microbial Diversity in Antarctic Ecosystems; Ecology; FOS Biological sciences; Environmental Science; Physical Sciences; Environmental DNA Sequencing; Annotation; Data curation; Context archaeology; Data science; Process computing; Workflow; Computer science; World Wide Web; Biology; Artificial intelligence; Database; Paleontology; Operating system; Antarc*; Antarctic; Tardigrade
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/92ntz-y2939; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/92ntz-y2939

Abstract Background The advancement of sequencing technologies results in the rapid release of hundreds of new genome assemblies a year providing unprecedented resources for the study of genome evolution. Within this context, the significance of in-depth analyses of repetitive elements, transposable elements (TEs) in particular, is increasingly recognized in understanding genome evolution. Despite the plethora of available bioinformatic tools for identifying and annotating TEs, the phylogenetic distance of the target species from a curated and classified database of repetitive element sequences constrains any automated annotation effort. Moreover, manual curation of raw repeat libraries is deemed essential due to the frequent incompleteness of automatically generated consensus sequences. Results Here, we present an example of a crowd-sourcing effort aimed at curating and annotating TE libraries of two non-model species built around a collaborative, peer-reviewed teaching process. Manual curation and ... : خلفية مجردة يؤدي تقدم تقنيات التسلسل إلى الإطلاق السريع لمئات من تجميعات الجينوم الجديدة سنويًا مما يوفر موارد غير مسبوقة لدراسة تطور الجينوم. في هذا السياق، يتم التعرف بشكل متزايد على أهمية التحليلات المتعمقة للعناصر المتكررة، والعناصر القابلة للنقل (TEs) على وجه الخصوص، في فهم تطور الجينوم. على الرغم من وجود عدد كبير من الأدوات المعلوماتية الحيوية المتاحة لتحديد وتعليق TEs، فإن المسافة الوراثية للأنواع المستهدفة من قاعدة بيانات منظمة ومصنفة لتسلسلات العناصر المتكررة تقيد أي جهد آلي للتعليق التوضيحي. علاوة على ذلك، يعتبر التنظيم اليدوي لمكتبات التكرار الأولية ضروريًا بسبب عدم الاكتمال المتكرر لتسلسلات الإجماع التي يتم إنشاؤها تلقائيًا. النتائج هنا، نقدم مثالاً على جهد التعهيد الجماعي الذي يهدف إلى تنسيق وتعليق مكتبات التعليم الفني على نوعين غير نموذجيين مبنيين حول عملية تعليمية تعاونية خاضعة لمراجعة الأقران. التنظيم اليدوي والتصنيف هي عمليات تستغرق وقتًا طويلاً تقدم مكافآت أكاديمية محدودة على المدى القصير وتقتصر عادةً على عدد قليل من مجموعات البحث حيث يتم تدريس الأساليب من خلال الخبرة العملية. لذلك يمكن أن ...