A high-quality chromosome-level genome assembly of rohu carp,Labeo rohita, and its utilization in SNP-based exploration of gene flow and sex determination ... : تجميع جينوم عالي الجودة على مستوى الكروموسوم لسمك الشبوط روهو،Labeo rohita، واستخدامه في الاستكشاف القائم على SNP لتدفق الجينات وتحديد الجنس ...

• Main Authors: Mark A. Arick, Corrinne E. Grover, Chuan‐Yu Hsu, Zenaida V. Magbanua, Oľga Pecháňová, Emma R. Miller, Adam Thrash, Ramey C Youngblood, Lauren Ezzell, Md. Samsul Alam, John Benzie, Matthew G. Hamilton, Attila Karsi, Mark L. Lawrence, Daniel G. Peterson
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2023
• Subjects: Importance and Conservation of Freshwater Biodiversity; Nature and Landscape Conservation; Environmental Science; Physical Sciences; Sex Determination and Differentiation in Organisms; Genetics; FOS Biological sciences; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Population Genetic Structure and Dynamics; Genetic Structure; Labeo; Genome; Biology; Carp; Gene flow; Catla; Aquaculture; Genome size; Whole genome sequencing; Population; Reference genome; Chromosome; Sequence assembly; Evolutionary biology; Gene; Fishery; Genetic variation; Fish; Gene expression; Demography; FOS Sociology; Transcriptome; Sociology; Halda; Atlantic salmon
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/7vx4v-qcp92; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/7vx4v-qcp92

Labeo rohita (rohu) is a carp important to aquaculture in South Asia, with a production volume close to Atlantic salmon. While genetic improvements to rohu are ongoing, the genomic methods commonly used in other aquaculture improvement programs have historically been precluded in rohu, partially due to the lack of a high-quality reference genome. Here we present a high-quality de novo genome produced using a combination of next-generation sequencing technologies, resulting in a 946 Mb genome consisting of 25 chromosomes and 2,844 unplaced scaffolds. Notably, while approximately half the size of the existing genome sequence, our genome represents 97.9% of the genome size newly estimated here using flow cytometry. Sequencing from 120 individuals was used in conjunction with this genome to predict the population structure, diversity, and divergence in three major rivers (Jamuna, Padma, and Halda), in addition to infer a likely sex determination mechism in rohu. These results demonstrate the utility of the new ... : Labeo rohita (rohu) هو شبوط مهم لتربية الأحياء المائية في جنوب آسيا، بحجم إنتاج قريب من سمك السلمون الأطلسي. في حين أن التحسينات الجينية للروهو مستمرة، فإن الطرق الجينية المستخدمة بشكل شائع في برامج تحسين الاستزراع المائي الأخرى قد تم استبعادها تاريخيًا في الروهو، ويرجع ذلك جزئيًا إلى عدم وجود جينوم مرجعي عالي الجودة. نقدم هنا جينوم دي نوفو عالي الجودة تم إنتاجه باستخدام مزيج من تقنيات التسلسل من الجيل التالي، مما أدى إلى جينوم 946 ميجابايت يتكون من 25 كروموسوم و 2844 سقالة غير موضوعة. والجدير بالذكر أنه في حين أن ما يقرب من نصف حجم تسلسل الجينوم الموجود، فإن جينومنا يمثل 97.9 ٪ من حجم الجينوم المقدر حديثًا هنا باستخدام قياس التدفق الخلوي. تم استخدام التسلسل من 120 فردًا بالتزامن مع هذا الجينوم للتنبؤ بالبنية السكانية والتنوع والاختلاف في ثلاثة أنهار رئيسية (جامونا وبادما وهالدا)، بالإضافة إلى استنتاج آلية تحديد الجنس المحتملة في روهو. تُظهر هذه النتائج فائدة جينوم الروهو الجديد في تحديث بعض جوانب برامج التحسين الوراثي للروهو. ...