Novel Essential Role of Ethanol Oxidation Genes at Low Temperature Revealed by Transcriptome Analysis in the Antarctic Bacterium Pseudomonas extremaustralis ... : الدور الأساسي الجديد لجينات أكسدة الإيثانول عند درجة حرارة منخفضة تم الكشف عنه من خلال تحليل الترانسكريبتوم في البكتيريا الزائفة في أنتاركتيكا ...

• Main Authors: Paula M. Tribelli, Esmeralda C. Solar Venero, Martiniano M. Ricardi, María Gómez‐Lozano, Laura J. Raiger Iustman, Søren Molin, Nancy I. López
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2015
• Subjects: Biodegradable Polymers as Biomaterials and Packaging; Biomaterials; Materials Science; Physical Sciences; Biological Methane Utilization and Metabolism; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Metabolic Engineering and Synthetic Biology; Microbial Metabolism; Transcriptome; Biochemistry; Biology; Gene; Citric acid cycle; Metabolism; Gene expression; Antarc*; Antarctic
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/73zfd-4ms44; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/73zfd-4ms44

Temperature is one of the most important factors for bacterial growth and development. Cold environments are widely distributed on earth, and psychrotolerant and psychrophilic microorganisms have developed different adaptation strategies to cope with the stress derived from low temperatures. Pseudomonas extremaustralis is an Antarctic bacterium able to grow under low temperatures and to produce high amounts of polyhydroxyalkanoates (PHAs). In this work, we analyzed the genome-wide transcriptome by RNA deep-sequencing technology of early exponential cultures of P. extremaustralis growing in LB (Luria Broth) supplemented with sodium octanoate to favor PHA accumulation at 8°C and 30°C. We found that genes involved in primary metabolism, including tricarboxylic acid cycle (TCA) related genes, as well as cytochromes and amino acid metabolism coding genes, were repressed at low temperature. Among up-regulated genes, those coding for transcriptional regulatory and signal transduction proteins were over-represented ... : درجة الحرارة هي واحدة من أهم العوامل لنمو البكتيريا وتطورها. تنتشر البيئات الباردة على نطاق واسع على الأرض، وقد طورت الكائنات الحية الدقيقة المتسامحة نفسياً والآلفة نفسياً استراتيجيات تكيف مختلفة للتعامل مع الإجهاد الناتج عن درجات الحرارة المنخفضة. Pseudomonas extremaustralis هي بكتيريا أنتاركتيكية قادرة على النمو تحت درجات حرارة منخفضة وإنتاج كميات عالية من polyhydroxyalkanoates (PHAs). في هذا العمل، قمنا بتحليل transcriptome على نطاق الجينوم بواسطة تقنية التسلسل العميق RNA للثقافات الأسية المبكرة لـ P. extremaustralis التي تنمو في LB (مرق Luria) المكمل بأوكتانوات الصوديوم لصالح تراكم PHA عند 8 درجات مئوية و 30 درجة مئوية. وجدنا أن الجينات المشاركة في الأيض الأولي، بما في ذلك الجينات المرتبطة بدورة حمض ثلاثي الكربوكسيل (TCA)، وكذلك جينات ترميز السيتوكروم والتمثيل الغذائي للأحماض الأمينية، تم قمعها عند درجة حرارة منخفضة. من بين الجينات عالية التنظيم، كانت تلك الترميز للبروتينات التنظيمية النسخية وبروتينات نقل الإشارة ممثلة بشكل مفرط في الظروف الباردة. بشكل ملحوظ، وجدنا أن الجينات المشاركة في أكسدة الإيثانول، ...