Statistical Optimisation of Phenol Degradation and Pathway Identification through Whole Genome Sequencing of the Cold-Adapted Antarctic Bacterium, Rhodococcus sp. Strain AQ5-07 ... : التحسين الإحصائي لتدهور الفينول وتحديد المسار من خلال تسلسل الجينوم الكامل للبكتيريا المتكيفة مع البرد في أنتاركتيكا، Rhodococcus sp. سلالة AQ5 -07 ...

• Main Authors: Gillian Li Yin Lee, Nur Nadhirah Zakaria, Peter Convey, Hiroyuki Futamata, Azham Zulkharnain, Kenshi Suzuki, Khalilah Abdul Khalil, Noor Azmi Shaharuddin, Siti Aisyah Alias, Gerardo González-Rocha, Siti Aqlima Ahmad
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2020
• Subjects: Marine Microbial Diversity and Biogeography; Ecology; FOS Biological sciences; Environmental Science; Physical Sciences; Microbial Diversity in Antarctic Ecosystems; RNA Sequencing Data Analysis; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Microorganisms; Catechol; Rhodococcus; Bacteria; Dioxygenase; Biology; Whole genome sequencing; Bioremediation; Genomic island; Arthrobacter; Genome; Biochemistry; Metabolic pathway; Strain injury; Microbiology; Chemistry; Enzyme; Gene; Genetics; Anatomy; Antarctic; King George Island; South Shetland Islands; Antarc*
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/6zay2-msc06; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/6zay2-msc06

Study of the potential of Antarctic microorganisms for use in bioremediation is of increasing interest due to their adaptations to harsh environmental conditions and their metabolic potential in removing a wide variety of organic pollutants at low temperature. In this study, the psychrotolerant bacterium Rhodococcus sp. strain AQ5-07, originally isolated from soil from King George Island (South Shetland Islands, maritime Antarctic), was found to be capable of utilizing phenol as sole carbon and energy source. The bacterium achieved 92.91% degradation of 0.5 g/L phenol under conditions predicted by response surface methodology (RSM) within 84 h at 14.8 °C, pH 7.05, and 0.41 g/L ammonium sulphate. The assembled draft genome sequence (6.75 Mbp) of strain AQ5-07 was obtained through whole genome sequencing (WGS) using the Illumina Hiseq platform. The genome analysis identified a complete gene cluster containing catA, catB, catC, catR, pheR, pheA2, and pheA1. The genome harbours the complete enzyme systems ... : تحظى دراسة إمكانات الكائنات الحية الدقيقة في أنتاركتيكا للاستخدام في المعالجة الحيوية باهتمام متزايد بسبب تكيفها مع الظروف البيئية القاسية وإمكاناتها الأيضية في إزالة مجموعة واسعة من الملوثات العضوية عند درجة حرارة منخفضة. في هذه الدراسة، وُجد أن البكتيريا المتسامحة نفسياً Rhodococcus sp. سلالة AQ5 -07، المعزولة أصلاً عن التربة من جزيرة الملك جورج (جزر جنوب شتلاند، أنتاركتيكا البحرية)، قادرة على استخدام الفينول كمصدر وحيد للكربون والطاقة. حققت البكتيريا تحللًا بنسبة 92.91 ٪ من 0.5 جم/لتر من الفينول في ظل الظروف التي تنبأت بها منهجية سطح الاستجابة (RSM) في غضون 84 ساعة عند 14.8 درجة مئوية، ودرجة الحموضة 7.05، و 0.41 جم/لتر من كبريتات الأمونيوم. تم الحصول على تسلسل الجينوم التجميعي (6.75 ميغابايت في الثانية) للسلالة AQ5 -07 من خلال تسلسل الجينوم الكامل (WGS) باستخدام منصة Illumina Hiseq. حدد تحليل الجينوم مجموعة جينات كاملة تحتوي على catA و catB و catC و catR و pheR و pheA2 و pheA1. يحتوي الجينوم على أنظمة الإنزيم الكاملة المطلوبة لتحلل الفينول والكاتيكول مع اقتراح حدوث تحلل الفينول عبر مسار β - ketoadipate. ...