Near‐complete genome of SARS‐CoV‐2 Delta variant of concern identified in a symptomatic dog (Canis lupus familiaris) in Botswana ... : الجينوم شبهالكامل لمتغير دلتا فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة الذي تم تحديده في كلب مصاب بأعراض (الذئبة المألوفة) في بوتسوانا ...

• Main Authors: Wonderful T. Choga, Samantha L. Letsholo, Chandapiwa Marobela‐Raborokgwe, Irene Gobe, Mbatshi Mazwiduma, Dorcas Maruapula, John Rukwava, Mary Gorettie Binta, Boitumelo Zuze, Legodile Koopile, Kedumetse Seru, Patience Motshosi, Ontlametse T. Bareng, Botshelo Radibe, Pamela Smith‐Lawrence, Kutlo Macheke, Lesego Kuate‐Lere, Modisa S. Motswaledi, Mpaphi B. Mbulawa, Mogomotsi Matshaba, Kereng V Masupu, Shahin Lockman, Roger Shapiro, Joseph Makhema, Mosepele Mosepele, Simani Gaseitsiwe, Sikhulile Moyo
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2023
• Subjects: Coronavirus Disease 2019 Research; Infectious Diseases; FOS Health sciences; Medicine; Health Sciences; Viral Diseases in Livestock and Poultry; Animal Science and Zoology; Agricultural and Biological Sciences; Life Sciences; Gastrointestinal Viral Infections and Vaccines Development; Genomic Sequencing; Phylogenetic tree; Biology; Genotyping; Genetics; FOS Biological sciences; Virology; Buccal swab; Clade; Genome; Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 SARS-CoV-2; Sanger sequencing; Whole genome sequencing; Amplicon; DNA sequencing; Polymerase chain reaction; Genotype; Coronavirus disease 2019 COVID-19; Gene; Disease; Infectious disease medical specialty; Internal medicine; Canis lupus
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/6xykn-kz006; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/6xykn-kz006

We sought to investigate whether SARS-CoV-2 was present, and to perform full-length genomic sequencing, in a 5-year-old male crossbreed dog from Gaborone, Botswana that presented overt clinical signs (flu-like symptoms, dry hacking cough and mild dyspnoea). It was only sampled a posteriori, because three adult owners were diagnosed with SARS-CoV-2 infection. Next-generation sequencing based on Oxford Nanopore Technology (ONT) was performed on amplicons that were generated using a reverse transcriptase real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR) of confirmed positive SARS-CoV-2 nasopharyngeal and buccal swabs, as well as a bronchoalveolar lavage with mean real cycle threshold (qCt) value of 36 based on the Nucleocapsid (N) gene. Descriptive comparisons to known sequences in Botswana and internationally were made using mutation profiling analysis and phylogenetic inferences. Human samples were not available. A near-full length SARS-CoV-2 genome (∼90% coverage) was successfully genotyped and classified under ... : سعينا إلى التحقيق فيما إذا كان فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة (SARS - CoV -2) موجودًا، وإجراء تسلسل جينومي كامل، في كلب هجين ذكر يبلغ من العمر 5 سنوات من غابورون، بوتسوانا، والذي أظهر علامات سريرية علنية (أعراض تشبه أعراض الأنفلونزا، وسعال القرصنة الجاف، وضيق التنفس الخفيف). تم أخذ عينات فقط من الجزء الخلفي، لأن ثلاثة مالكين بالغين تم تشخيص إصابتهم بعدوى فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة. تم إجراء تسلسل الجيل التالي بناءً على تقنية أكسفورد نانوبور (ONT) على الأمبليكون التي تم إنشاؤها باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي للنسخة العكسية (RT - qPCR) للمسحات البلعومية والشدقية المؤكدة لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة (SARS - CoV -2)، بالإضافة إلى غسل قصبي سنخي بمتوسط قيمة عتبة الدورة الحقيقية (qCt) البالغة 36 بناءً على جين المحفظة النووية (N). أجريت مقارنات وصفية للتسلسلات المعروفة في بوتسوانا وعلى الصعيد الدولي باستخدام تحليل تنميط الطفرات واستدلالات النشوء والتطور. لم تكن العينات البشرية متاحة. تم بنجاح ...