Metagenomic discovery of lipases with predicted structural similarity to Candida antarctica lipase B ... : اكتشاف ميتاجينومي لليباز مع التشابه الهيكلي المتوقع مع ليباز المبيضات أنتاركتيكا ب ...

• Main Authors: Nongluck Jaito, Nattha Kaewsawat, Suthathip Phetlum, Tanaporn Uengwetwanit
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2023
• Subjects: Enzyme Immobilization Techniques; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Metabolic Engineering and Synthetic Biology; Diversity and Function of Gut Microbiome; Metagenomic Analysis; Candida antarctica; Lipase; Metagenomics; Structural similarity; Biocatalysis; Biology; Thermostability; Enzyme; Biochemistry; Bioprospecting; Computational biology; Chemistry; Botany; Gene; Ionic liquid; Catalysis; Antarc*; Antarctica
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/0mh2d-0fz69; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/0mh2d-0fz69

Here we employed sequence-based and structure-based screening for prospecting lipases that have structural homolog to Candida antarctica lipase B (CalB). CalB, a widely used biocatalyst, was used as structural template reference because of its enzymatic properties. Structural homolog could aid in the discovery of novel wild-type enzymes with desirable features and serve as a scaffold for further biocatalyst design. The available metagenomic data isolated from various environments was leveraged as a source for bioprospecting. We identified two bacteria lipases that showed high structural similarity to CalB with <40% sequence identity. Partial purification was conducted. In comparison to CalB, the enzymatic characteristics of two potential lipases were examined. A candidate exhibited optimal pH of 8 and temperature of 50°C similar to CalB. The second lipase candidate demonstrated an optimal pH of 8 and a higher optimal temperature of 55°C. Notably, this candidate sustained considerable activity at extreme ... : هنا استخدمنا الفحص القائم على التسلسل والقائم على الهيكل لاستكشاف الليباز التي لها تجانس هيكلي مع ليباز كانديدا أنتاركتيكا B (CalB). تم استخدام CalB، وهو محفز حيوي يستخدم على نطاق واسع، كمرجع للقالب الهيكلي بسبب خصائصه الأنزيمية. يمكن أن يساعد التجانس الهيكلي في اكتشاف إنزيمات برية جديدة ذات ميزات مرغوبة وتكون بمثابة سقالة لمزيد من تصميم المحفز الحيوي. تم الاستفادة من البيانات الميتاجينية المتاحة المعزولة من بيئات مختلفة كمصدر للتنقيب البيولوجي. حددنا اثنين من ليباز البكتيريا التي أظهرت تشابهًا هيكليًا كبيرًا مع CalB مع هوية تسلسل <40 ٪. تم التنقية الجزئية. بالمقارنة مع CalB، تم فحص الخصائص الأنزيمية لاثنين من الليبازات المحتملة. أظهر المرشح درجة حموضة مثالية تبلغ 8 ودرجة حرارة 50 درجة مئوية مماثلة لـ CalB. أظهر مرشح الليباز الثاني درجة حموضة مثالية تبلغ 8 ودرجة حرارة مثالية أعلى تبلغ 55 درجة مئوية. والجدير بالذكر أن هذا المرشح حافظ على نشاط كبير في الظروف القاسية، مع الحفاظ على نشاط مرتفع عند 70 درجة مئوية أو درجة الحموضة 9، على النقيض من النشاط المتناقص لـ CalB في ظل ظروف مماثلة. هناك ما يبرر إجراء ...