Филогенетический анализ штаммов Helicobacter pylori, циркулирующих в Якутии, по данным трех генов домашнего хозяйства atpA, mutY, ppa : Phylogenetic analysis of Helicobacter pylori strains circulating in Yakutia by three housekeeping genes atpA, mutY, ppa

• Published in: Vestnik of North-Eastern Federal University
• Main Authors: БОРИСОВА, Т.В., ГОТОВЦЕВ, Н.Н., БАРАШКОВ, Н.А., ПАК, М.В., АЛЕКСЕЕВА, М.П., ИННОКЕНТЬЕВА, Н.Н., МОРОЗОВ, И.В., БОНДАРЬ, А.А., ЛОСКУТОВА, К.С., СОЛОВЬЕВ, А.В., ПШЕННИКОВА, В.Г., РАФАИЛОВ, А.М., ЛЕХАНОВА, С.Н., ФЕДОРОВА, С.А.
• Format: Text
• Language: Russian
• Published: Рецензируемый научный журнал «Вестник Северо-Восточного федерального университета имени М. К. Аммосова. Vestnik of North-Eastern Federal University» 2018
• Subjects: Helicobacter pylori; гастродуоденальные заболевания; филогенетический анализ; гены домашнего хозяйства; ген atpA; ген mutY; ген ppa; hpEurope; hpEastAsia; Якутия; Yakutia; Якути*
• Online Access: https://dx.doi.org/10.25587/svfu.2018.67.18653; https://www.s-vfu.ru/universitet/rukovodstvo-i-struktura/strukturnye-podrazdeleniya/unir/vestnik-svfu/pv/Borisova-Gotovtsev-Barashkov-Pak-Alekseeva-Innokentieva.pdf

Генетическое разнообразие бактерии Helicobacter pylori (H. pylori), которая колонизирует слизистую оболочку желудка и двенадцатиперстной кишки человека, вызывая различные гастродуоденальные заболевания, схоже с географической подразделенностью Homo sapiens. Данное явление связывают с коэволюцией анатомически современного человека (Anatomically modern human) и H. pylori со времен расселения из африканского континента. В Якутии исследование происхожденияштаммов H. pylori ранее не проводилось. Этот вопрос является актуальным, поскольку неизвестно, были ли бактерии H. pylori привнесены европейским населением в XVII веке (как, например, в случае с Mycobacterium tuberculosis), или же местные штаммы имеют автохтонное происхождение. Целью данной работы является филогенетический анализ штаммов H. pylori, циркулирующих в Якутии по данным анализа трех генов домашнего хозяйства atpA, mutY и ppa. Исследоваливыборку из 28 образцов ДНК H. pylori, выделенных из биоптатов пациентов с гастродуоденальными заболеваниями, фенольно-хлороформным методом. Филогенетическое дерево, построенное на основе анализа трех генов – atpA, mutY и ppa, включало данные по 1392 штаммам из открытой базы данных «Helicobacter pyloriMLST Databases» (https://pubmlst.org/helicobacter/) и 28 изолятам из Якутии. Выявлен высокий процент европейской популя-ции H. pylori среди якутов (hpEurope – 89,3%). Полученные результаты можно связать с освоением территории Восточной Сибири русскими землепроходцами, начиная с XVII века с последующейэкспансией русскоязычного населения на территорию Якутии. Наличие гаплотипа hpEastAsia было выявлено у 10,7% образцов ДНК. Возможно, это свидетельствует о том, что инфицирование восточноазиатскими штаммами могло произойти недавно, либо эти штаммы являются автохтон- ными и могут быть отнесены к субгаплотипу hspSiberia, относящихся к базовому гаплотипу hpEastAsia. Для однозначной дифференциации якутских штаммов H. pylori, относящихся к гаплотипу hpEastAsia, необходимы дополнительные исследования с увеличением размеров выборки и числа маркерных генов для филогенетического анализа. : №5(67) (2018)