DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA
The sperm whale (Physeter macrocephalus) is a protected marine biota in Indonesia. Molecular identification of sperm whales from the Sawu Sea (East Nusa Tenggara, Indonesia) was carried out using the 16S rRNA gene. This study aims to validate the species of the sperm whale (Physeter macrocephalus) i...
Main Authors: | , , , , , |
---|---|
Format: | Article in Journal/Newspaper |
Language: | English |
Published: |
Pusat Kajian Sumberdaya Pesisir dan Lautan IPB
2023
|
Subjects: | |
Online Access: | http://journal.ipb.ac.id/index.php/coj/article/view/49702 https://doi.org/10.29244/coj.v7i1.49702 |
id |
ftbogoraunivojs:oai:ojs.journal.ipb.ac.id:article/49702 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftbogoraunivojs:oai:ojs.journal.ipb.ac.id:article/49702 2024-01-28T10:08:39+01:00 DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA Hakim, Agus Alim Rahayu, Endah Sri Mashar, Ali Butet, Nurlisa Alias Wardiatno, Yusli Kamal, Mohammad Mukhlis 2023-10-24 application/pdf http://journal.ipb.ac.id/index.php/coj/article/view/49702 https://doi.org/10.29244/coj.v7i1.49702 eng eng Pusat Kajian Sumberdaya Pesisir dan Lautan IPB http://journal.ipb.ac.id/index.php/coj/article/view/49702/26500 http://journal.ipb.ac.id/index.php/coj/article/view/49702 doi:10.29244/coj.v7i1.49702 Copyright (c) 2023 Coastal and Ocean Journal (COJ) Coastal and Ocean Journal (COJ); Vol. 7 No. 1 (2023): COJ (Coastal and Ocean Journal); 52 - 61 Coastal and Ocean Journal (COJ); Vol 7 No 1 (2023): COJ (Coastal and Ocean Journal); 52 - 61 2549-8223 10.29244/coj.v7i1 COI DNA barcoding genetic Sawu Sea sperm whale genetik Laut Sawu paus sperma info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion Peer-reviewed Article 2023 ftbogoraunivojs https://doi.org/10.29244/coj.v7i1.4970210.29244/coj.v7i1 2024-01-01T23:51:55Z The sperm whale (Physeter macrocephalus) is a protected marine biota in Indonesia. Molecular identification of sperm whales from the Sawu Sea (East Nusa Tenggara, Indonesia) was carried out using the 16S rRNA gene. This study aims to validate the species of the sperm whale (Physeter macrocephalus) in Indonesia using the partial cytochrome oxidase subunit I (COI) gene. The specimens used were tissue specimens from laboratory collections taken from Sawu Sea waters in 2014. The three samples were validated as Physeter microcephalus with 100% similarity. The base composition is dominated by the base thymine (31.7–31.8%) with a GC content of 42.7–42.8%. The genetic distance for the same species was 0.0015, while the highest genetic distance for Orcaella brevirostris was 0.2128. Molecular identification using the 16S rRNA gene and COI has validated the species of a sperm whale (Physeter macrocephalus) in Indonesia so that this genetic data can be used as a basis for sperm whale resource management and conservation. Paus sperma (Physeter macrocephalus) merupakan salah satu biota laut yang dilindungi di Indonesia. Identifikasi molekuler paus sperma dari perairan Laut Sawu (Nusa Tenggara Timur, Indonesia) telah dilakukan menggunakan gen 16S rRNA. Penelitian ini bertujuan untuk menvalidasi spesies paus sperma (Physeter macrocephalus) di Indonesia menggunakan gen cytochrome oxidasesubunit I (COI) parsial. Spesimen yang digunakan merupakan spesimen jaringan dari koleksi laboratorium yang diambil dari perairan Laut Sawu tahun 2014. Ketiga spesimen tervalidasi sebagai Physeter microcephalus dengan kemiripan sebesar 100%. Komposisi basa didominasi oleh basa timin (31,7-31,8%) dengan GC konten sebesar 42,7–42,8%. Jarak genetik pada spesies yang sama didapatkan nilai sebesar 0,0015, sedangkan jarak genetik tertinggi dengan spesies Orcaella brevirostris sebesar 0,2128. Identifikasi molekuler menggunakan gen 16S rRNA dan COI telah menvalidasi spesies paus sperma (Physeter macrocephalus) di Indonesia, sehingga data genetik ini ... Article in Journal/Newspaper Physeter macrocephalus Sperm whale Scientific Journals of Bogor Agricultural University Konten ENVELOPE(7.800,7.800,63.483,63.483) |
institution |
Open Polar |
collection |
Scientific Journals of Bogor Agricultural University |
op_collection_id |
ftbogoraunivojs |
language |
English |
topic |
COI DNA barcoding genetic Sawu Sea sperm whale genetik Laut Sawu paus sperma |
spellingShingle |
COI DNA barcoding genetic Sawu Sea sperm whale genetik Laut Sawu paus sperma Hakim, Agus Alim Rahayu, Endah Sri Mashar, Ali Butet, Nurlisa Alias Wardiatno, Yusli Kamal, Mohammad Mukhlis DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA |
topic_facet |
COI DNA barcoding genetic Sawu Sea sperm whale genetik Laut Sawu paus sperma |
description |
The sperm whale (Physeter macrocephalus) is a protected marine biota in Indonesia. Molecular identification of sperm whales from the Sawu Sea (East Nusa Tenggara, Indonesia) was carried out using the 16S rRNA gene. This study aims to validate the species of the sperm whale (Physeter macrocephalus) in Indonesia using the partial cytochrome oxidase subunit I (COI) gene. The specimens used were tissue specimens from laboratory collections taken from Sawu Sea waters in 2014. The three samples were validated as Physeter microcephalus with 100% similarity. The base composition is dominated by the base thymine (31.7–31.8%) with a GC content of 42.7–42.8%. The genetic distance for the same species was 0.0015, while the highest genetic distance for Orcaella brevirostris was 0.2128. Molecular identification using the 16S rRNA gene and COI has validated the species of a sperm whale (Physeter macrocephalus) in Indonesia so that this genetic data can be used as a basis for sperm whale resource management and conservation. Paus sperma (Physeter macrocephalus) merupakan salah satu biota laut yang dilindungi di Indonesia. Identifikasi molekuler paus sperma dari perairan Laut Sawu (Nusa Tenggara Timur, Indonesia) telah dilakukan menggunakan gen 16S rRNA. Penelitian ini bertujuan untuk menvalidasi spesies paus sperma (Physeter macrocephalus) di Indonesia menggunakan gen cytochrome oxidasesubunit I (COI) parsial. Spesimen yang digunakan merupakan spesimen jaringan dari koleksi laboratorium yang diambil dari perairan Laut Sawu tahun 2014. Ketiga spesimen tervalidasi sebagai Physeter microcephalus dengan kemiripan sebesar 100%. Komposisi basa didominasi oleh basa timin (31,7-31,8%) dengan GC konten sebesar 42,7–42,8%. Jarak genetik pada spesies yang sama didapatkan nilai sebesar 0,0015, sedangkan jarak genetik tertinggi dengan spesies Orcaella brevirostris sebesar 0,2128. Identifikasi molekuler menggunakan gen 16S rRNA dan COI telah menvalidasi spesies paus sperma (Physeter macrocephalus) di Indonesia, sehingga data genetik ini ... |
format |
Article in Journal/Newspaper |
author |
Hakim, Agus Alim Rahayu, Endah Sri Mashar, Ali Butet, Nurlisa Alias Wardiatno, Yusli Kamal, Mohammad Mukhlis |
author_facet |
Hakim, Agus Alim Rahayu, Endah Sri Mashar, Ali Butet, Nurlisa Alias Wardiatno, Yusli Kamal, Mohammad Mukhlis |
author_sort |
Hakim, Agus Alim |
title |
DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA |
title_short |
DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA |
title_full |
DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA |
title_fullStr |
DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA |
title_full_unstemmed |
DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA |
title_sort |
dna barcoding untuk validasi spesies paus sperma (physeter macrocephalus linnaeus, 1758) dari perairan laut sawu, nusa tenggara timur, indonesia |
publisher |
Pusat Kajian Sumberdaya Pesisir dan Lautan IPB |
publishDate |
2023 |
url |
http://journal.ipb.ac.id/index.php/coj/article/view/49702 https://doi.org/10.29244/coj.v7i1.49702 |
long_lat |
ENVELOPE(7.800,7.800,63.483,63.483) |
geographic |
Konten |
geographic_facet |
Konten |
genre |
Physeter macrocephalus Sperm whale |
genre_facet |
Physeter macrocephalus Sperm whale |
op_source |
Coastal and Ocean Journal (COJ); Vol. 7 No. 1 (2023): COJ (Coastal and Ocean Journal); 52 - 61 Coastal and Ocean Journal (COJ); Vol 7 No 1 (2023): COJ (Coastal and Ocean Journal); 52 - 61 2549-8223 10.29244/coj.v7i1 |
op_relation |
http://journal.ipb.ac.id/index.php/coj/article/view/49702/26500 http://journal.ipb.ac.id/index.php/coj/article/view/49702 doi:10.29244/coj.v7i1.49702 |
op_rights |
Copyright (c) 2023 Coastal and Ocean Journal (COJ) |
op_doi |
https://doi.org/10.29244/coj.v7i1.4970210.29244/coj.v7i1 |
_version_ |
1789337610726932480 |