Diagnosis of vibriosis in the era of genomics: lessons from invertebrates

• Published in: Revue Scientifique et Technique de l'OIE
• Main Author: Le Roux, Frederique
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English
• Published: Office Int Epizooties 2016
• Subjects: Écologie; Émergence; Évolution; Invertébrés marins; Vibriose; Virulence; Ecology; Emergence; Evolution; Marine invertebrate; Vibriosis; Ocean acidification
• Online Access: https://archimer.ifremer.fr/doc/00344/45560/46722.pdf; https://doi.org/10.20506/rst.35.1.2431; https://archimer.ifremer.fr/doc/00344/45560/

Global changes linked to increases in temperature and ocean acidification, but also to more direct anthropogenic influences such as aquaculture, have caused a worldwide increase in the reports of Vibrio-associated illnesses affecting humans and also animals such as shrimp and molluscs. Investigation of the emergence of Vibrio pathogenesis events requires the analysis of microbial evolution at the gene, genome and population levels, in order to identify genomic modifications linked to increased virulence, resistance and/or prevalence, or to recent host shift. From a more applied point of view, the elucidation of virulence mechanisms is a prerequisite to devising prophylactic methods to fight infectious agents. In comparison with human pathogens, fairly little is known about the requirements for virulence in vibrios pathogenic to animals. However, the advent of genome sequencing, especially next-generation technologies,the possibility of genetically manipulating most of the Vibrio strains, and the recent availability of standardised animals for experimental infections have now compensated for the considerable delay in advancement of the knowledge of non-model pathogens such as Vibrio and have led to new scientific questions. Nous assistons actuellement à un accroissement mondial du nombre de maladies imputables à Vibrio rapportées aussi bien chez l’homme que chez des espèces animales comme les crevettes et les mollusques, dû aux changements planétaires liés à l’augmentation des températures et à l’acidification des océans, parmi d’autres influences plus directement associées à l’activité humaine, notamment l’aquaculture. Les études sur la pathogenèse de l’émergence de Vibrio recourent à des analyses de l’évolution microbienne tant au niveau génétique et génomique qu’à l’échelle des populations, de manière à identifier les modifications génomiques associées à l’accroissement de la virulence, de la résistance et/ ou de la prévalence, ainsi que l’extension récente des spécificités d’hôte. D’un point de vue plus pratique, l’élucidation des mécanismes de virulence est une condition préalable à la conception de méthodes prophylactiques permettant de lutter contre les agents infectieux. Les critères de virulence des Vibrio pathogènes pour les animaux sont beaucoup moins connus que ceux des agents pathogènes affectant l’être humain. Néanmoins, l’avènement des techniques de séquençage du génome, en particulier celles de nouvelle génération, la possibilité de soumettre la plupart des souches de Vibrio à des manipulations génétiques et la standardisation récente de modèles animaux pour des essais d’infection expérimentale ont permis de rattraper une grande partie du retard des connaissances sur les agents pathogènes non utilisés comme modèles tels que Vibrio, en suscitant de nouvelles questions scientifiques.