Development of SNP-genotyping arrays in two shellfish species

• Published in: Molecular Ecology Resources
• Main Authors: Lapegue, S., Harrang, E, Heurtebise, S, Flahauw, E, Donnadieu, C, Gayral, P, Ballenghien, M, Genestout, L, Barbotte, L, Mahla, R, Haffray, Pierrick
• Other Authors: Unité Santé, Génétique et Microbiologie des Mollusques (SGMM), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire d'hydrodynamique (LadHyX), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche sur la biologie de l'insecte (IRBI), Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement IRD : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Analyse Génétique pour les Espèces Animales (LABOGENA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), GigADN - FranceAgrimer SIVAL NL: 2010-1021, GAMETOGENES - Agence Nationale de la Recherche 'Genomique animale' Programme ANR-08-GENM-041, SEAFARE (Sustainable and Environmentally Friendly Aquaculture for the Atlantic Region of Europe) 2009-1/123, Atlantic Area Transnational Program; Hi-Flo; Agence Nationale de la Recherche ANR-08-blanc-0334-01, European Research Council ERC PopPhyl 232971, ANR-08-GENM-0041,Gametogenes,Génomiques de la gamétogénèse chez l'huître creuse Crassostrea gigas(2008), ANR-08-BLAN-0334,Hi-Flo,The genetic basis and history of adaptive differentiation in high gene flow marine species(2008)
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English
• Published: HAL CCSD 2014
• Subjects: Oyster; SNP genotyping; Golden Gate technology; Ostrea edulis; Crassostrea gigas; [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE]; Golden Gate; Pacific; Pacific oyster
• Online Access: https://hal.science/hal-01082464; https://hal.science/hal-01082464/document; https://hal.science/hal-01082464/file/Lapegue%20al%20MER%202014.pdf; https://doi.org/10.1111/1755-0998.12230

International audience Use of SNPs has been favoured due to their abundance in plant and animal genomes, accompanied by the falling cost and rising throughput capacity for detection and genotyping. Here, we present in vitro (obtained from targeted sequencing) and in silico discovery of SNPs, and the...