Obtención y análisis de proteomas en poblaciones de Caligus rogercresseyi:Una nueva estrategia para identificar blancos terapéuticos específicos - Vera - Sepúlveda; Tamara (2023)
3 Generación de una base de datos del proteoma de Caligus rogercresseyi, utilizando como línea base nuestros transcriptomas obtenidos previamente. TOTAL Al analisar los datos obtenidos de los distitos ensayos proteomicos realizados, se genero una gran cantidad e informacion que fue debidamente procesada, identificando proteinas a traves de la identificacionde al menos uno de sus peptidos y posteriormente anotando los numeros de acceso y de GO:gene ontology la cual asigna una clasificacion de las proteinas ya sea por funcion molecular, proceco biologico o componente celular, Tambien se anexo la informacion disponible en InterPro y Pfam. dicha base de datos esta actualmente disponible para elgrupo de trabajo y sus colaboradores y en un futuro, una vez que esten publicados la totalidad del trabajo realizado en este proyecto, se haran publicas. Otro(s) aspecto(s) que Ud. considere importante(s) en la evaluación del cumplimiento de objetivos planteados en la propuesta original o en las modificaciones autorizadas por los Consejos. RESULTADOS OBTENIDOS: Para cada uno de los objetivos específicos, describa o resuma los resultados. Relacione las publicaciones y /o manuscritos enviados a publicación con los objetivos específicos. En la sección Anexos incluya información adicional que considere pertinente para efectos de la evaluación. La extensión máxima de esta sección es de 5 páginas (letra tamaño 10, Arial o Verdana). Para cumplir con el objetivo general de realizar análisis proteómico diferencial en Caligus rogercresseyi, utilizando marcaje isobárico asociado a espectrometría de masa, el primer paso fue optimizar la técnica de extracción de proteínas distintos buffer de extracción, que sea compatible con los análisis de espectrometría de masa, para ello se compararon distintas estrategias para la homogenización del tejido y distintos bufers de extracción de proteínas, obteniendo mejores resultados con el buffer que contiene 50 mM Tris HCl pH7.6, 150 mM NaCl, 5 mM EDTA, 4% SDS, 10% glycerol, 10 mM TCEP, 2 mM PMSF, ...